После переезда лаборатории .в Москву направление прикладной кристаллографии (изготовление пьезокварцевых пластинок) стало быстро развиваться. Под руководством А. В. Шубникова в 1937 г. была организована новая лаборатория Треста № 13, где широко развернулись различные работы по выращиванию и обработке кристаллов сегнетовой соли, кварца и синтетического корунда. С начала Великой Отечественной войны на основе этой лаборатории возник и успешно работал завод, где главным инженером был один из талантливейших учеников А. В. Шубникова А. С. Шеин. Результаты работ, выполнявшихся на этом заводе, послужили основой для создания целого ряда научно-исследовательских организаций и специальных заводов, действующих и поныне (см. гл. 12).
Работы по выращиванию кристаллов искусственного корунда проводились в течение нескольких лет под непосредственным руководством одного из учеников А. В. Шубникова С. К. Попова и привели к созданию цеха производства кристаллов искусственного корунда и к развитию промышленности часовых камней и нитеводителей. За работы по выращиванию кристаллов искусственного корунда А. В. Шубникову, В. П. Бутузову и С. К. Попову в 1950 г. была присуждена Государственная премия.
По примеру «Фабрики кристаллов» в Ленинградском физико-техническом институте в Москве таким же статическим методом и примерно на такой же аппаратуре сотрудник Кварцевой лаборатории Н. Н. Шефталь — первый московский кристаллограф, ставший учеником Алексея Васильевича, освоил выращивание сначала кристаллов сахарозы, а затем сегнетовой соли. Одновременно выращиванием кристаллов сегнетовой соли динамическим методом занимались Б. В. Витовский и Г. Ф. Добржанский.
Великая Отечественная война потребовала перестройки всего народного хозяйства для нужд фронта. Перестроилась и Академия наук. На базе Кристаллографической лаборатории за три ' месяца в Москве был построен специальный завод по производству аппаратуры с использованием кристаллов сегнетовой соли, для организации работ на котором был командирован Н. Н. Шефталь. Остальная часть лаборатории переключилась на выпуск пьезокварцевых изделий для армии, в связи с чем были организованы производственные мастерские.
Большинство академических учреждений во время войны было эвакуировано, но Кристаллографическая лаборатория осталась в Москве и продолжала работать в условиях частых бомбежек и близости фронта. А. В. Шубников уделял много внимания организации производства, обучению вновь принятых сотрудников, не прекращая также своих научных исследований. Именно в это время осуществлялась разработка технологии разделки кварца, так называемого косого среза, позволяющего использовать кварцевые кристаллы мелких размеров. Одновременно он проводил исследования пьезоэлектрических текстур.
В октябре — ноябре 1941 г. по распоряжению Советского правительства лаборатория была эвакуирована из Москвы в Свердловскую область, где через два месяца уже выпускала пьезокварцевые изделия. Здесь А. В. Шубников создал специальную кварцевую лабораторию, выполнявшую работы, связанные с обороной, и в то же время продолжал исследование по пьезоэлектрическим текстурам, по внутренней морфологии и структуре кристаллов. Результатом этой научной работы А. В. Шубникова явилась книга [149], обобщавшая экспериментальные работы, выполненные в 1940—1941 гг. в Москве и Свердловске. Эта книга была удостоена Государственной премии.
Научная биография А. В. Шубникова весьма многообразна. Об этом свидетельствует библиография его работ, насчитывающая 350 названий. Содержанию и оценке этих работ посвящено много статей, а признанием его заслуг является высокое звание Героя Социалистического Труда и дважды лауреата Государственной премии СССР. Его имя присуждено Ордена Трудового Красного Знамени Институту кристаллографии АН СССР.
Весной 1943 г. Кристаллографическая лаборатория возвратилась в Москву. В нее влилась новая группа по исследованию высокопрочных анизотропных материалов, восстановились работы по росту кристаллов. В 1944 г. лаборатория была преобразована в Институт кристаллографии Академии наук СССР — первый и единственный во всем мире научно-исследовательский кристаллографический институт. Директором института стал его создатель Алексей Васильевич Шубников.