Организовав в 1947 г. кафедру кристаллографии в Горьковском университете, А. В. Шубников не оставил мечты о создании кристаллофизической специализации и в своей Alma mater — на физическом факультете МГУ, где плодотворно трудились ученики Ю. В. Вульфа — профессора С. Т. Конобеевский, А. Б. Млодзеевский, Б. И. Ильин и был создан крупный вузовский центр в области физики твердого тела.
С переездом естественных факультетов МГУ на Ленинские горы мечта А. В. Шубникова осуществилась. Алексей Васильевич принял предложение ректора МГУ акад. И. Г. Петровского возглавить кафедру кристаллографии и кристаллофизики и 11 марта 1953 г. выступил на ученом совете физического факультета с изложением программы работы новой кафедры. Дав развернутые определения кристаллографии, кристаллофизики и физики кристаллов, А. В. Шубников охарактеризовал структуру новой кафедры. Он говорил, что физика кристаллов начинается с роста кристаллов. Необходимо научиться выращивать искусственные кристаллы и иметь в составе кафедры соответствующую лабораторию. Проектировалось создать также лаборатории кристаллооптики, электрических и механических свойств кристаллов. Такая структура определялась, с одной стороны, кругом научных интересов приглашаемых на кафедру ученых, с другой — стремлением не дублировать тематику других кафедр, но в конечном счете — потребностями подготовки соответствующих научных кадров. В заключение А. В. Шубников обратился к членам ученого совета с призывом к проведению совместных комплексных работ.
Уже 19 июня 1954 г. А. В. Шубников докладывал ученому совету о первых итогах работы кафедры, которая к тому времени располагала уже пятью комнатами и некоторым оборудованием. Ее штат состоял из 5 преподавателей и 6 научных сотрудников. Совет принял важное решение о расширении площади новой кафедры и утвердил договор о ее содружестве с Институтом кристаллографии АН СССР. Это был старт. За ним потянулись годы кропотливой и напряженной работы.
В 1954—1955 гг. А. В. Шубников прочитал последовательно для первого потока студентов четыре спецкурса — кристаллографию, образование и рост кристаллов, кристаллооптику и кристаллофизику. Лекции эти были для факультета событием. Они привлекали широкую аудиторию (до 100 человек) — студентов, аспирантов и сотрудников, причем не только физического, но и других факультетов МГУ, а также сотрудников академических и отраслевых институтов. Слушать лекции Алексея Васильевича было очень интересно, как смотреть любимый спектакль. Он никогда не повторялся, а находил даже для ранее читанного новый ракурс, новый язык, новые нюансы и краски.
Спецкурсы А. В. Шубникова заложили основу учебного плана кафедры кристаллографии и кристаллофизики. Но предстояло сделать еще многое: освоить втрое больший годовой объем лекционной и семинарской нагрузки (450 час.), оборудовать студенческий спецпрактикум и научные лаборатории. В решении этой задачи большую помощь оказали Ф. И. Федоров, Б. Н. Гречушников, С. В. Грум-Гржимайло, Е. С. Рудницкая, Г. И. Косоуров, И. С. Желудев, А. А. Чернов, читавшие на кафедре с 1955 по 1960 г. лекции по кристаллооптике, электрическим свойствам и росту кристаллов. В мае 1954 г. на кафедру по конкурсу были избраны Г. Г. Леммлейн и В. В. Регель, в 1959 г. — 3. Г. Пинскер и А. А. Воронков. В 1954 г. в состав кафедры органически влилась лаборатория фазовых переходов во главе с В. К. Семенченко и Н. Л. Покровским. В. К. Семенченцо читал в 1958—1962 гг. спецкурс термодинамики кристаллов, Н. Л. Покровский стал первым заведующим спецпрактикума и лектором по курсу основ кристалографического эксперимента. С 1959 г. сотрудниками кафедры стали Е. Г. Валяшко и А. А. Предводителев, возглавившие лаборатории кристаллооптики и механических свойств кристаллов. В 1963 г. на кафедре была организована проблемная лаборатория роста кристаллов для квантовой электроники. В ее штат вошли Л. Н. Рашкович и В. К. Яновский.