К концу 1913 г. А. В. Шубников сдал все военные экзамены и получил чин прапорщика запаса. Пройдя весной 1914 г. военный сбор, он мечтает вернуться к научной работе. Однако лето 1914 г. застало его уже в действующей армии. В первые дни войны с Германией он был мобилизован и направлен в пограничный город Вержболово.
В опубликованных воспоминаниях А. В. Шубникова о военной службе нет описания геройских подвигов, да он их и не совершал. Ясно одно: свой воинский долг он выполнял неуклонно и добросовестно.
В одном из боев с немцами прапорщик Шубников был тяжело ранен пулею в живот. Он упал и остался лежать на «ничьей» земле, где начиналось наступление немецкой пехоты. Наши солдаты не оставили его в беде, подняли, понесли на руках и при первой возможности попытались перевязать его бинтом из индивидуального пакета. Тут выяснилось, что сапоги и брюки раненого полны крови, а ноги не двигаются. Раздетого и кое-как перевязанного солдаты потащили его дальше, положив на шинель, и сдали в ближайший полевой госпиталь. Там ему была сделана первая настоящая перевязка.
После долгих мытарств ослабевшего от потери крови раненого доставили на носилках в другой полевой госпиталь, где его впервые осмотрел врач. В этом госпитале, лежа с закрытыми глазами, раненый услышал от врача свой смертный приговор, произнесенный по-латыни. «Вот, — сказал врач, — ты лежишь здесь и даже улыбаешься, а не знаешь, что дни твои сочтены». Несмотря на такой приговор, раненого все же погрузили в санитарный поезд и отправили в Варшаву, в госпиталь. Проснувшись на следующее утро на верхней полке вагона, раненый увидел в окно «розовый мир». Это восходящее солнце окрасило в розовый цвет выпавший ночью первый снег. «Тут я почувствовал, — писал в своих воспоминаниях А. В. Шубников, — что буду жить» [350, с. 26].
В варшавском госпитале рану «заштопали», и она более или менее затянулась. Врачебная комиссия предоставила прапорщику Шубникову двухнедельный отпуск для поездки домой. Тут выяснилось, что в отпуск ему ехать не в чем: брюки и сапоги остались на поле боя, госпиталь обмундирования не выдавал, а купить новое было не на что, так как аттестат на деньги затерялся. Тогда сосед по палате толстый полковник отдал прапорщику свои брюки. В этих необъятной ширины брюках, в чужих сапогах и с забинтованной из-за нарыва головой Алексей Васильевич предстал в Москве перед своей матерью, которая, увидев его в дверях в таком виде, едва не упала в обморок.
Вскоре подошел срок возвращаться в действующую армию, в свою прежнюю часть, которая в это время стояла в деревне на отдыхе, ютясь в грязных, холодных, наполненных насекомыми избах. В этой обстановке наспех залеченная рана очень скоро снова открылась,и Шубников снова попал в варшавский госпиталь, где врачебная комиссия признала его на этот раз негодным к строевой службе.
Чем только ни занимался А. В. Шубников на нестроевой военной службе: и наблюдением за военнопленными, и закупкой и доставкой коров для снабжения армии. Под конец он попал на сенопрессовалку. Однако «работать» на ней он категорически отказался, так как и сенопрессовалка и само сено существовали только на бумаге. Тогда Главное артиллерийское управление направило его в качестве войскового химика на частный химический завод «Любимов и Сольве», находившийся в Екатеринославской губернии. На этом заводе, производившем во время войны мелинит, А. В. Шубников проработал около трех лет в качестве приемщика готовой продукции. Там же в специальной заводской школе он преподавал физику и химию и принимал самое деятельное участие в «добровольном обществе» по организации средней школы для детей рабочих и служащих завода.
А. В. Шубников и О. М. Шубникова-Лебедева. 1914 г.
В 1915 г. из Москвы к нему приехала невеста Ольга Михайловна Лебедева, и вскоре была отпразднована их свадьба. Там же на заводской квартире в 1916 г. родилась их старшая дочь Лена, в трехлетием возрасте погибшая от дизентерии. Свою дочку Алексей Васильевич очень любил. Ее смерть была для него большим ударом.
После свержения самодержавия и присяги недолго просуществовавшему Временному правительству начавшаяся на Украине частая смена властей заставила А. В. Шубникова уйти с завода, часто работавшего даже неизвестно на кого. Он уехал в Москву и там вернулся к научной работе в Народном университете им. А. Л. Шанявского под руководством Ю. В. Вульфа.