После отпевания траурная процессия с гробом Патриарха совершила крестный ход вокруг собора. Затем на площадке у Западного крыльца собора была совершена лития и гроб понесли к катафалку. Далее его путь лежал в Елохово — в Богоявленский собор, где Патриарха Алексия ожидали мощи человека, чьё имя ему было наречено при посвящении в монашество, — митрополита Алексия. В Елоховском соборе местоблюститель Кирилл совершил заупокойную литию, и гроб с телом пятнадцатого Патриарха Московского и всея Руси вложили в деревянную раку посреди Благовещенского придела. В дальнейшем деревянное надгробие заменят на бело-мраморное.
Поминальная трапеза проходила в трапезных палатах храма Христа Спасителя.
12 декабря в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя состоялось очередное заседание Епархиального собрания города Москвы. Перед началом собрания участники помолились о упокоении души Святейшего Патриарха Алексия за литией, которую совершил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. На него было возложено управление Московской епархией. Он сообщил о том, что текст доклада был обнаружен на столе усопшего Предстоятеля, и попросил разрешения его зачитать, назвав последний доклад духовным завещанием Святейшего Патриарха Алексия II.
Вот это завещание:
«Единство в вере и любви христиане призваны проявлять всюду, везде и во всём, в великом и малом. Жизнь в современных условиях ставит перед человеком множество вопросов, требующих конкретного своевременного ответа. Всё более актуальной ныне становится тема единства: единства в семье, единства в обществе, единства в Церкви. И этот вопрос отнюдь не праздный... Единству церковному грозит искушении самых разных разделений, в том числе и по национальному признаку, или под предлогом “борьбы за истину” в общецерковном масштабе. Будучи абсолютно чуждыми церковному сознанию, такие течения легко находят себе последователей в социальной среде, по сути далёкой от Православия. Эти явления требуют особого пастырского внимания и терпеливой работы с людьми...