Чтобы обсудить создавшееся положение, бакинские большевики срочно созывают партийное собрание, которое обратилось к рабочим с воззванием: «Пролетарская социалистическая оборона Баку превратилась в войну двух империалистических коалиций.
Революционного фронта в Баку уже нет, а есть фронт империалистический.
Борются две силы, одинаково враждебные Российской рабоче-крестьянской власти.
С этого момента политические и военные представители Российской Советской власти и воинские силы, присланные из России, не могут оставаться в Баку и быть пособниками английских империалистов, быть соучастниками предательства, совершенного под влиянием правых эсеров, меньшевиков и дашнаков».
Несмотря на то что бакинские комиссары вынуждены были уйти в отставку, они не прекратили своей деятельности. Проводились партийные совещания, конференции, издавались листовки и газеты.
Настал наконец час, когда необходимо было покинуть Баку. Все бакинские комиссары и верные Советской власти вооруженные силы расположились лагерем на Петровской площади, на берегу моря, представляя собой как бы «государство в государстве».
Алеша отошел на минуту в сторонку, чтобы бросить прощальный взгляд на город. На душе было тяжело, но он повторял про себя: «Мы еще вернемся! Советская власть будет жить в Баку!..» Он подошел к Шаумяну и тихо сказал:
— Пора, Степан! Надо грузиться на пароходы.
— Да, пора… Но мы еще вернемся. Обязательно вернемся!..
Алеша крепко стиснул ему руку; он был рад, что товарищ произнес вслух то, о чем он сам только что думал.
14 августа на нескольких пароходах большевики отплыли в Астрахань. Однако сильный шторм у острова Жилого помешал дальнейшему продвижению. Здесь их настигли военные суда Центрокаспия и начали жестокий артиллерийский обстрел. Под угрозой потопления советские пароходы вынуждены, были вернуться в Баку.
Едва сошли люди на пристань, как заранее стянутые сюда войска изменников разоружили советские отряды, а руководителей Бакинской коммуны арестовали.
Между тем военная обстановка под Баку еще более обострилась. Из Карса на Азербайджанский фронт были переброшены значительные силы противника.
Начался обстрел города. Снаряды рвались и неподалеку от здания тюрьмы, где находились комиссары. Их тут же перевели в Баиловскую тюрьму.
— Как нас берегут! — с горькой усмешкой сказал Алеша. — Надо же! — и покачал головой.
В момент, когда английские оккупанты оставляли Баку, а турецкие входили в него, арестованных большевиков освободили, и они вновь попытались уйти на пароходе в Астрахань. Но команда этого корабля направила его в Красноводск. Здесь пароход встретили представители местной эсеровской власти, заранее предупрежденные бакинскими предателями. Шаумян, Джапаридзе, Азизбеков, Фиолетов, Зевин и другие бакинские большевики сразу же были заключены в городскую тюрьму. Среди них находились два сына Шаумяна, 16-ти и 14-ти лет, жены Варо Джапаридзе, Ольга Фиолетова и Мария Амирова.
А через три дня члены «закаспийского правительства» во главе с эсером Фунтиковым и двумя агентами английской разведки прибыли в Красноводск для выполнения указаний, полученных от высшего английского командования. Они приехали специальным поездом с тщательно подобранной группой вооруженных белогвардейцев, переодетых в туркменскую военную форму. Машинистом паровоза был эсер Щеголютин.
Впоследствии английский генерал Малессон напишет: «…правда, комиссары были безоружны в том смысле, что огнестрельное оружие у них было отобрано, но они владели более грозным оружием, чем огнестрельное, — силой опытного агитатора, сила которого повелевает толпой и вызывает новые большевистские восстания… Было вполне возможно, что они скоро вновь сделают страну большевистской, и тогда что стало бы с нашими планами».
В ночь с 19 на 20 сентября в тюрьму явились предатели. Комиссаров доставили на вокзал. Специальный поезд состоял всего лишь из двух вагонов. В один из них поместили арестованных, в другой уселись закаспийские эсеры с вожаками Фунтиковым и Дружкиным, а также английский эмиссар капитан Тиг Джонс.
2 часа ночи 20 сентября 1918 года. Поезд с потушенными огнями отправился в сторону Ашхабада. Он остановился на 207-й версте, на перегоне между станциями Ахча-Куйма и Перевал.
Позже машинист Щеголютин на суде покажет: «…первую группу комиссаров — 13 человек — повели из вагона в левую сторону от поезда, шагов за 75-100. Они еще не знали, какая участь их ждет, и взяли с собой вещи. После расстрела первой группы остальные поняли, куда их ведут, и вышли из вагона без вещей. Пьяные палачи выводили комиссаров на гребень песчаного бархана и расстреливали их из пистолетов и винтовок, рубили шашками, убивали штыками и прикладами. Озверевшие бандиты дробили черепа, руки, ноги, отрубали головы своим жертвам».