Ладо Кецховели вводит Джапаридзе и в организацию «Месаме-даси» (третье течение), названную так писателем Георгием Церетели. Прокофий охотно посещает собрания этой организации.
А в конце 1898 года вступает в социал-демократическую рабочую партию. Теперь-то наконец перед ним открывается широкое поле революционной борьбы.
Чем глубже Прокофий изучал марксистскую литературу, вникал в суть животрепещущих вопросов, тем увереннее действовал. Он организует кружки вне института, общается не только со студентами, но и с рабочими фабрик и заводов, железной дороги.
Прокофий повзрослел, возмужал. Он выше стал ростом, раздался в плечах. Выглядел уже более подтянутым, стройным. Юноша с красивым лицом, большими живыми глазами, пышной шевелюрой заметно вырос и в политическом отношении. Давала о себе знать его духовная зрелость: на занятиях в кружках он смело ставит вопросы о социальной несправедливости, принципиально отстаивает взгляды Маркса. Джапаридзе резко спорит с реакционно настроенными учителями.
Более того, как руководитель комитета подпольных студенческих кружков, он пишет прокламации и листовки. В одной из них был разоблачен преподаватель закона божьего, протоиерей Восторгов. До этого священнослужитель слыл в институте тихим и скромным, степенным во всех отношениях. А на самом деле он оказался пошляком-развратником. Можно ли оставить без внимания данный факт? Нет, конечно! И Джапаридзе сразу же выпустил прокламацию, призывавшую уволить из института аморального преподавателя-протоиерея. Сам же он ее и расклеил не только в стенах учебного заведения, но и на улицах города.
Джапаридзе вспоминает, как тогда полицейские бросились на поиски составителя прокламации и того, кто ее напечатал. Естественно, что поиски велись прежде всего в институте. Ротмистр полиции Лавров добрался было и до Прокофия Джапаридзе, предполагая его причастность к этому делу. Но предусмотрительный Прокофий еще днем раньше сбросил в Куру гектограф, на котором печаталась прокламация. Однако во время обыска в общежитии случайно открылась печная дверца, и полицейские заметили полуобгоревшие бумаги… Возникли явные подозрения. Прокофия вместе с его товарищами — Константином и Парменом Джапаридзе и другими — забрали в полицейский участок. Там сравнили их почерк, но, не найдя доказательств, вскоре молодых людей освободили.
Прокофий ликовал: он достиг своей цели! Протоиерею Восторгову пришлось-таки покинуть институт.
Между тем однообразная жизнь в стенах института, его тягостный режим угнетали живого, сообразительного парня. Вечерами он обычно ускользал из пансионата и спешил на тайные собрания к товарищам. Учителя не могли не заметить столь частые отлучки Прокофия. Директору института не раз уже доносили, что видели Джапаридзе то на Михайловской улице, то где-либо в ином месте. К тому же, дескать, он заносчив, чересчур независим, других ни во что не ставит. Директору жаловались также и на то, что Джапаридзе оказывает «дурное» влияние на окружающих, не подчиняется общим правилам и толкает на это студентов.
И Прокофий Джапаридзе был строго наказан. «За дурное поведение», отмечавшееся в продолжение всего последнего учебного года, его лишили казенного содержания, а потом исключили из института.
В тот день он долго бродил по улицам города, много раздумывал. Жить ему теперь будет труднее, нужда, быть может, постоянно станет преследовать его. Но зато ведь он получил возможность с удвоенной энергией взяться за работу в нелегальных кружках!
В Тифлисе тогда находился Филипп Махарадзе. Видный революционер, уже сидевший в тюрьме, он организовал из молодых людей кружок, куда вошел и Прокофий Джапаридзе. Махарадзе стал заниматься с ними. Он рассказывал молодежи о различных революционных группах и партиях, существовавших не только в России, но в еще большем количестве за рубежом, характеризовал каждую из них. Много уделялось внимания на занятиях учению Маркса, его произведениям. Так занимался Джапаридзе в кружке около двух лет. Несомненно, политический кругозор его значительно расширился.
А вскоре Прокофий и сам организует кружок. В него вошли и некоторые студенты Учительского института, которых он лично знал и доверял им распространение запрещенной литературы. Еще в институте он сблизился, например, с Владимиром Чхеидзе. Владимир потом окончил институт и был назначен преподавателем в провинциальный городок Зестафони, что вблизи Кутаиси. Но это не разлучило их, они продолжали поддерживать связь между собой.