В начале 1920-х гг. прекратили свое существование монастыри Алтайской миссии (мужской – Чулышманский Благовещенский, три женских – Улалинский Никольский, Бийский Тихвинский и Чемальская община). Упразднен был и Бийский Архиерейский дом – резиденция начальника Алтайской миссии. Последний начальник миссии – архиепископ Иннокентий (Соколов) – был этапирован с Алтая в 1923 г. В начале 1924 г. священник разоренного Тихвинского монастыря игумен Никита (Прибытков) от Патриарха Тихона принял сан епископа и приехал на Алтай вместо изгнанного архиепископа Иннокентия. Власти не давали покоя и новому епископу Бийскому. Тем не менее вплоть до ареста в 1931 г. преосвященный Никита не покидал паствы бийской, рубцовской, кузнецкой и ойротской – так звучал его титул. В дальнейшем, находясь на Белёвской кафедре Тульской епархии, он был арестован и расстрелян в 1938 г. Епископ Никита (Прибытков) прославлен в лике святых новомучеников в 2001 г.
Не оставляли места своего служения и многие другие священники-миссионеры. Так, в 1920-е гг. окормлял чулышманскую и улаганскую паству иеромонах Валентин (Галитовский). В его личном Часослове, который сохранила одна благочестивая семья, на форзаце было написано, что в 1928 г. на него был возложен наградной крест. Умер он в начале 30-х гг. и похоронен на кладбище в селе Чибит Улаганского района Республики Алтай.
Вплоть до ареста в 1927 г. продолжал служить в Бирюлинской церкви священник-миссионер Стефан Чевалков. В 1929 г. он был арестован вторично, из тюрьмы уже не вернулся. Тогда же был арестован весь причт улалинского храма Всемилостивого Спаса.
К середине 1930-х гг. на территории Горного Алтая не осталось ни одного действующего миссионерского стана или прихода. До революции их насчитывалось более тридцати. Окормлением немногочисленных православных Горного Алтая занималось бийское духовенство: Покровского храма (до разрушения церкви в начале 1960-х гг.) и Успенского.
Хотя храмы были закрыты и уничтожены, но остались люди, которые хранили веру православную. Многие добирались из далеких горных уголков до Бийска на двунадесятые праздники. А если невозможно было доехать до Бийска, то собирались у мест, где стояли некогда храмы (как было, например, в селе Иня Онгудайского района Республики Алтай). Если было опасно собираться на видном месте у закрытых храмов, то ходили к местам, каким-то образом связанным с миссионерами-священниками. Интересен пример жителей с. Матурского. После закрытия стана и женской общины священник (имя его, к сожалению, забыто) удалился в лес, где жил в вырытой собственноручно пещере. Рядом с пещерой он установил и освятил крест. Разумеется, священник вскоре был арестован, но местные жители ежегодно на Пасху приходили к кресту молиться. В годы хрущевских гонений крест сожгли, но верующие продолжали приходить на праздник теперь уже к остаткам сгоревшего креста. Стоит сказать, что и сегодня в наиболее отдаленных и труднодоступных местах Алтайских гор можно увидеть кресты, установленные алтайскими миссионерами. Так, в 2001 г. нам удалось обнаружить миссионерский крест на одной из вершин северного побережья Телецкого озера. Несколько миссионерских крестов находятся в Улаганском районе, где ныне совершает служение игумен Макарий (Чулунов). Таким образом, Церковь сохранилась в Горном Алтае, хотя и вынуждена была существовать в «катакомбных» условиях.
Долгими были годы гонений, но связь времен не прервалась. Сегодня живы еще те, кто помнит, как проповедовали миссионеры, как совершались богослужения в миссионерских храмах, как посещал Алтай святитель Макарий (Невский). Среди них Татьяна Давыдовна Тозыякова (1910) и Петр Степанович Чевалков (1913) – сын священника Стефана Чевалкова; он служил пономарем в храме отца.
Сколь стремительным было разорение, столь же стремительным оказалось и возрождение. В конце ХХ в. Русская Православная Церковь пережила как бы второе рождение. Восстановление приходской жизни в Горном Алтае началось практически сразу после празднования в нашей стране тысячелетия Крещения Руси в 1988 г. Во многих местах стали открываться приходы, возрождаться и строиться храмы. О том, что православие действительно сохранилось в Горном Алтае, свидетельствует протоиерей Ростислав Кирашук, настоятель возрожденного Улалинского (ныне г. Горно-Алтайск) прихода. В 1990 г. он завершил строительство нового Преображенского храма. Отцу Ростиславу первому после лихолетья довелось посещать те места, где некогда проповедовали миссионеры. Что особенно удивляло, верующие алтайцы сохранили благочестивые обычаи обращения со святынями, общения со священнослужителем. В 1990-е гг. инициативу возрождения храмов в Республике Алтай брали на себя местные жители. Причем, получив благословение епархиального начальства, они, не дожидаясь, когда к ним будет назначен священник, начинали восстановительные работы. Так было, в частности, в селах Онгудай, Балыктуюль, Паспаул.