По армянскому языку Амазасп был достаточно силён, и потому для прохождения курса особых усилий не требовалось. Прошёл он историю армянской литературы достаточно основательно, чтобы критически отнестись к творчеству любого автора. Кроме того, изучение армянской историографии дало возможность приобрести некоторые познания в арменистике. Параллельно с этим он прошёл курс древнеармянского языка (грабара).
Под опытным руководством Соколова и Виноградова он достаточно овладел русским языком и познакомился со значительным объёмом русской литературы. Любовь и проникновенное отношение к великим русским писателям он приобрёл именно в эти годы. Амазасп научился писать «сочинения» на литературные темы и серьёзно, грамотно излагать свои мысли. Глубочайшее обаяние русской литературы, внушённое преподавателями, стало нестареющим достоянием его духовной сокровищницы.
Изучение классических языков — латинского и греческого — обогащало интеллект и расширяло кругозор. Овладение этими языками и свободное чтение текстов открыли возможность непосредственного ознакомления с авторами античного мира. Институт дал ему первые основы знания античных авторов и вместе с тем знание истории классического мира и его искусства.
Его мысль по истории народов и государств развивалась под руководством опытного, увлекательного преподавателя, историка Кизеветтера, с которым Амазаспу часто доводилось особо, вне классных уроков, обсуждать и трактовать исторические события.
Особенно одиозным характером отличалась его критическая «агрессия» в области религиозных дисциплин. Дело нередко доходило до скандала, когда он бросал язвительные реплики с пафосом рассказывающему библейские отрывки законоучителю Попову. Протоиерей Попов немедленно же прерывал рассказ, и начинались «суд», грозное расследование и угрозы увольнения.
Так ровно, безмятежно проходили дни его пребывания в институте вплоть до сентября 1900 года, когда ему исполнилось 20 лет. До этого времени он пользовался большим авторитетом среди учеников. Кличка «армянский Ломоносов» ещё продолжала функционировать. Преподаватели и начальство считали его юношей, которого ожидает большое будущее. Столь же положительным было и отношение к нему московской армянской колонии. Умственное и моральное преуспевание продвигалось вперёд гигантскими шагами.
И вдруг в середине сентября случилось нечто неожиданное. Среди учеников пронёсся клич: сторонитесь Амбарцумяна! Он безбожник, развратитель юношества!..
Оказалось, что его травили исподтишка, самым немилосердным образом. Травили его враги — протоиерей Попов, инспектор Халатян, которого Амазасп часто называл «картошкой», и мракобес института Флинк. Оказалось, что за ним, за его беседами с товарищами, за обсуждением вопросов в кружке была установлена регулярная слежка. Содержание его доклада «Дарвинизм и библейская система» было известно высшим политическим органам. Им же были сообщены подробные сведения о прочитанном Амазаспом докладе «Французские предреволюционные материалисты». Ко всему этому присоединилось новое обстоятельство: в спальне под его подушкой были обнаружены крамольные книги — популярная брошюра «Экономическая система Карла Маркса» и «Происхождение человека» Дарвина.
Наконец пришёл день, когда его уволили. Но Амазасп собрался духом и предначертал новый путь обучения.
Помимо товарищей, на новой квартире в первые дни его навестили преподаватели Кизеветтер, Виноградов, Первов, Кусикян и воспитатели Вейнберг и Тагианосян. Это сильно ободряло его, обязывая по-прежнему энергично продолжать учение, не отчаиваться, а идти всё дальше и дальше. Однажды он даже получил приглашение от профессора В. Ф. Миллера, который дал ему дельный совет и помог поступить на подготовительные курсы Д. И. Борейша, обеспечив оплату учёбы.
Амазасп начал готовиться к экзаменам на аттестат зрелости, надеясь опередить своих товарищей по классу.
В 1902 году произошло событие, которое не может быть оставлено без внимания. Оно привело к знакомству с русскими поэтами — К. Д. Бальмонтом и В. Я. Брюсовым.
Однажды в кругу П. Абеляна, В. Манвеляна, В. Терьяна и других происходил оживлённый обмен мнениями о современной русской лирике, о сопоставлении её с армянскими поэтами, о их поэтических опытах. Много было сказано о «вождях» русских декадентов и символистов — о К. Д. Бальмонте и В. Я. Брюсове. Все они безапелляционно признавали большое значение этих поэтов. Подчёркивая это значение, многие говорили о какой-то таинственной, магически волшебной обстановке, в которой живут эти поэты.