9 мая полковник Эмерсон встретился с представителями Совета на железной дороге и проинформировал их о том, что получил приказ ехать в Вологду. Он попросил их выделить ему необходимое для этого транспортное средство. Железнодорожные служащие сказали, что немедленно примут меры, необходимые для того, чтобы полковник с группой мог выехать. Однако позже представители Советов заявили, что, как выяснилось, они не в состоянии в ближайшее время выполнить срочные работы, необходимые для транспортировки, и надеются на помощь Америки, поскольку у них нет людей, способных должным образом организовать работу и руководить ею.
В то же время полковник Эмерсон сообщил, что обнаружил во Владивостоке «большое число чешских солдат 5-го и 8-го полков и получил информацию о том, что в бараках размещены около восьми тысяч человек».
Представители Китайско-Восточной железной дороги во Владивостоке отказались сотрудничать по вопросу транспортировки и решительно заявили, что ни один из их составов не может быть использован. Полковник Эмерсон уведомил об этом советских представителей, и у них возникли трудности с тем, чтобы предоставить ему необходимый состав. В конце концов советские железнодорожники переоборудовали для полковника Эмерсона служебный вагон поезда «Амур» № 1, которым пользовались сами, а себе оставили международный спальный вагон № 2036. Позже полковник Эмерсон заявил, что у Советов возникли трудности с предоставлением вагона с работающей кухней, и, в конце концов, они сказали, что если он доедет в китайско-восточном вагоне № 2015 до Никольска или Хабаровска, то они, Советы, телеграфируют вперед, чтобы туда доставили вагон-ресторан, а вагон № 2015 вернули. В результате Советы сформировали специальный поезд, и полковник Эмерсон с группой выехал из Владивостока 19 мая 1918 года. Этот поезд прибыл в Хабаровск 20-го в 9 утра, но представитель Китайско-Восточной дороги сообщил полковнику, что у них нет для него вагона-ресторана и что вагон № 2015 должен остаться в Хабаровске. Тем же утром в 10:30 посыльный советского комиссара привез полковнику письмо от комиссара с просьбой заехать к нему в комиссариат, для чего за ним был послан автомобиль.
Приехав в комиссариат, полковник Эмерсон обнаружил, что комиссар почти без акцента говорит по-английски. Когда он выразил свое удивление тем, что советский чиновник из сибирской глубинки так хорошо знает английский язык, комиссар ответил: «Достаточно двух месяцев, чтобы скверный адвокат из Чикаго стал комиссаром в Восточной Сибири».
Полковник Эмерсон сообщил комиссару о приказах, которые были ему даны, и его заверили, что вопрос будет решен. Позже так и случилось, и следующим утром с рассветом поезд продолжил движение с вагоном № 2015. Полковник Эмерсон просил, чтобы его поезд двигался только в дневное время и он мог осмотреть железнодорожное полотно, и советские служащие удовлетворили эту просьбу.
Специальный поезд прибыл в Иркутск 26 мая около 13:00. Там полковник Эмерсон обнаружил американского генерального консула мистера Харриса, который находился в городе в течение двух недель, и мистера Макговэна, американского консула, который сообщил мистеру Френсису в Вологду об имеющихся у него свидетельствах активности немцев с целью организовать и вооружить немецких военнопленных, о чем упоминалось выше.
Полковник Эмерсон утверждал, что советские представители встретили его поезд, чтобы удостовериться, что все его пожелания удовлетворены. Им было сказано, что он хотел бы двигаться как можно быстрее, поэтому они немедленно сделали необходимые распоряжения, и в 14:00 полковник уехал. Вечером 27 мая он прибыл в Красноярск, но начальник вокзала сказал, что «впереди на дороге возникли проблемы, и вы не можете продолжать движение». Полковник разыскал американского вице-консула, который познакомил его с председателем Совета, и тот проинформировал Эмерсона, что в трехстах верстах к западу, в Мариинске, чехи ведут бой и что он послал туда тысячу бойцов регулярной Красной армии, чтобы попытаться заключить мир. Он хотел, чтобы чехи без дальнейших проблем добрались до Владивостока. Полковник Эмерсон предложил ему, чтобы он и майор армии США Слотер выступили посредниками. Предложение было принято, и председатель Совета согласился послать офицеру, командовавшему чешскими подразделениями в Мариинске, телеграмму за подписью майора Слотера с просьбой, чтобы чехи прекратили боевые действия до тех пор, пока не переговорят с полковником Эмерсоном. Поезд полковника Эмерсона продолжил движение в Мариинск и примерно в двадцати километрах оттуда обнаружил штаб-квартиру русских войск. Русский командир сказал, что проблема возникла по вине чехов и что русские потребуют, чтобы чехи разоружились, прежде чем им будет разрешено двинуться дальше на восток. Кроме того, для согласования дальнейшего продвижения чехов русские выдвинули следующие дополнительные условия: