— Последующие действия и манипуляции. С момента убийства и почти до 6 часов утра (то есть примерно 2,5 часа) Сэм Шэппард был занят тем, что создавал такую обстановку на месте преступления, которая, по его мнению, должна была соответствовать действиям грабителя: открыл двери в доме, переворошил содержимое стола в гостиной первого этажа, снял со своей руки золотые часы и кольцо, которые сложил в мешок и выбросил за домом и прочее. Он тщательно вымылся, уничтожая следы крови, которых на его теле было множество. Шэппард уничтожил белую футболку, которая вся была в крови убитой им жены, а также орудие убийства (где и каким образом это было сделано, обвинительное заключение не объясняло, что и понятно — никакими данными на сей счёт следствие не располагало). Лишь после этого он позвонил супругам Хоук и вызвал их в дом.
Доводы в пользу виновности Сэмуэля Шэппарда тезисно можно было сформулировать так:
— посторонний человек не мог проникнуть в запертый дом без взлома замков (чего не наблюдалось);
— появление в доме постороннего лица вызвало бы беспокойство собаки (сам Шэппард-старший признавал, что собака не лаяла, кроме того, её лай разбудил бы 7-летнего сына);
— рассказ о крике жены, который услышал Сэм Шэппард, находясь на первом этаже, выглядел крайне неубедительно, поскольку сын, находившийся куда ближе к спальне, этого крика не слышал и продолжал спокойно спать;
— Сэм Шэппард-старший признал, что не может объяснить, когда и как исчезла его футболка (очевидно, что постороннему преступнику не было никакого смысла снимать её и уносить с собой). Между тем окровавленная футболка грозила выдать с головой его причастность к убийству жены;
— действия убийцы-грабителя, если таковой действительно существовал, представлялись крайне нелогичными, ведь фактически из дома Шэппардов не пропало ничего ценного. Даже снятые с руки Сэмюэля часы и кольцо грабитель почему-то выбросил за домом. Как такового ограбления не было, имела место лишь его имитация, а значит, ограбление не могло служить мотивом преступления. Жертва не была изнасилована, что указывало на то, что и сексуальный мотив в этом деле отсутствовал. Наиболее достоверным мотивом представлялась ненависть к жертве, глубокая личная неприязнь, усиленная аффектом, то есть мгновенной бесконтрольной вспышкой ярости;
— в спальне были обнаружены отпечатки пальцев только Мэрилин и Сэмюэля Шэппардов. Убийца, если только им являлся посторонний мужчина, должен был оставить свои отпечатки пальцев на деревянных деталях кровати Мэрилин, так как он явно опирался на кровать при манипуляциях с телом жертвы;
— Шэппард не смог объяснить, по какой причине вызвал в свой дом супругов Хоук, а не полицию. Его объяснения, данные во время допросов после ареста («я надеялся, что, быть может, они что-то сделают для Мэрилин»), звучали неубедительно, поскольку к этому времени он уже точно знал, что его жена мертва (он дважды ощупывал её горло и запястье, проверяя пульс);
— если Сэмюэль Шеппард действительно дважды щупал пульс на шее и запястье Мэрилин, то на его пальцах должны были остаться мазки крови (между тем, этого не наблюдалось, а значит, он успел смыть кровь до появления в доме супругов Хоук);
— у преступника, если только им был посторонний человек, не было нужды уносить с собою орудие преступления, между тем, в данном деле оно отсутствовало. Причина, видимо, крылась в том, что орудие явно указывало на убийцу. Чтобы замаскировать использование медицинского инструмента из своего саквояжа, которым мог воспользоваться прежде всего сам хозяин, Шэппард выбросил лампу-ночник, стоявшую на тумбочке Мэрилин;
— похищение денег из портмоне Сэма Шэппарда и медицинских препаратов из его докторского саквояжа представлялись следователям лишь имитацией действий грабителя-наркомана. Настоящий грабитель, совершивший спонтанное убийство хозяина вещей, скорее всего, не стал бы рассматривать свои «трофеи» на месте преступления, а забрал бы их с собой, дабы спокойно исследовать их содержимое в другой, более безопасной для него обстановке. В этом случае портмоне и саквояж должны были исчезнуть;