В мае 1855 г. войска союзников заняли Керчь, уничтожили русскую батарею на косе Чушка и подвели эскадру в район Темрюка. Появилась угроза окружения, и вице-адмирал Л. М. Серебряков принял решение об оставлении Анапы и Новороссийска и вывел их гарнизоны в район Андреевского поста Черноморской кордонной линии. Уходя из Анапы, русский отряд по приказу генерал-адъютанта М. Г. Хомутова, руководившего войсками на кавказском побережье, выжег крепость Анапу и станицы Николаевскую, Александровскую и Благовещенскую. Крепостные стены в Анапе были взорваны, а сам город превращен в руины.
Оставленную Анапу занимают турецкие войска, численность которых достигала 8 тыс. человек, и черкесские отряды под предводительством Сефер-бея Заноко. Происходил он из знатной шегакской семьи, имевшей владения в окрестностях Анапы. Еще ребенком его передали натухайцы в качестве аманата (заложника) русским властям. В России Сефер-бей получил хорошее образование и после окончания учебы был направлен обратно в Анапу в 22-й егерский полк юнкером. Однако после ссоры с командиром полка он, прихватив полковую кассу, бежал в Турцию. Здесь он получает звание полковника турецкой армии, чин паши и направляется опять в Закубанье для организации черкесского сопротивления русским. Б Анапе Сефер-бей объявляет себя главнокомандующим всеми горскими народами и начальником турецких сил. Для координации действий союзников в ставку Сефер-бея в Анапе часто наведывались английские, французские и турецкие офицеры.
В планы союзников далее входили захват Темрюка и использование его в качестве плацдарма для продвижения на Екатеринодар. Однако русские пластуны сорвали попытку высадки англо-французского десанта в районе Темрюка и Голубицких хуторов, а отрядам Сефер-бея, численность которых составляла 7 тыс. человек, не удалось пробиться к Темрюку через Джигинскую батарею и Варениковское укрепление. Последующие военные операции союзных войск не принесли ощутимого результата. Русские войска оставались в Закубанье. Парижский мирный договор 1856 г. заметно ослабил позиции России в Черноморском регионе. По условиям договора Россия лишалась возможности иметь здесь свой флот, военные базы и укрепления, что в условиях продолжения Кавказской войны делало ее уязвимой от внешнего вмешательства иностранных держав.
Анапа же по окончании Крымской войны была вновь занята русскими войсками, которые вошли в нее 10 июля 1856 г. Отряд Сефер-бея отошел в Новороссийск, где продолжил сопротивление. Так, 22 июля 1857 г. его отряд опять пытался взять Анапу, но гарнизон, которым руководил майор Ф. Ф. Левашов, отразил нападение горцев. Однако, выполняя решения Парижского мирного договора, Россия была вынуждена ослабить свое присутствие на побережье. Царским указом 31 марта 1860 г. города Анапа и Новороссийск были упразднены, а в 1862 г., в связи с переносом линии укреплений в междуречье Большой и Малой Лабы и Белой, были упразднены и черноморские укрепления, включая Анапу, которая становится теперь поселком.
После окончания Крымской войны русским войскам удалось активизировать свои действия на Восточном Кавказе и сломить сопротивление сил Шамиля. Узнав о пленении имама Чечни и Дагестана, прекратил свою деятельность среди черкесов и Мухаммед-Амин. В 1859 г. умирает Сефер-бей. Однако, лишившись лидеров, черкесские племена Закубанья не сложили оружия. Русское командование на Кавказе перебрасывает основные силы на левобережье Кубани.
В сентябре 1861 г. на Кубань совершил поездку император Александр II. Он встретился с представителями племен шапсугов, абадзехов и убыхов и, ясно обозначив цели укрепления России на Кавказе, предложил им дать согласие на прокладку через территории, занятые ими, дорог к Анапе, Новороссийску и Туапсе. Однако черкесская делегация отрицательно отнеслась к предложениям русского царя и потребовала отказаться от планов прокладки дорог, строительства укреплений и основания казачьих поселений на их землях.
В ходе последующих военных операций под командованием генерал-адъютанта Н. И. Евдокимова русские отряды привели к покорности натухайцев (i860 г.), шапсугов и абадзехов (1863 г.), убыхов (1864 г.). В целях ослабления горского движения царское правительство начало политику переселения черкесов с побережья Черного моря. Из-за принуждения русских властей и агитации турецких эмиссаров в течение 1858-1865 гг. в Турцию было вывезено около 493 тыс. человек, из них натухайцев - 45023 чел., абадзехов - 27337 чел., шапсугов - 165626 чел., убыхов - 74567 чел. В целях осуществления контроля за ходом выселения черкесов и соблюдения правил выдачи им пособий при отправке в апреле 1864 г. был определен ряд доверенных лиц, наблюдавших за этой процедурой. Среди них был и полковник Фадеев, направленный с этой миссией в Анапу и Новороссийск.