Одновременно с вытеснением горцев царское правительство организовало заселение этих земель казаками Кубанского, Донского, Азовского, Терского и Уральского казачьих войск и крестьянами-переселенцами из Центральной России. 10 мая 1862 г. было высочайше утверждено «Положение о заселении предгорий западной части Кавказского хребта Кубанскими казаками и другими переселенцами из России». §1 Положения гласил, что «предгория западной части Кавказского хребта занимаются казачьими станицами, с целью окончательного покорения горских племен, остающихся нам враждебными», а §2 определял границы территорий, подлежащих заселению, и в состав их входил «берег Черного моря, от устья реки Мокупсе до устья р. Кубани». Интересно, что §6 определял и сроки проведения этой кампании: «Время, потребное для заселения всего пространства, в §2 означенного, будет зависеть от успехов нашего оружия. Если же сильного сопротивления со стороны неприязненных племен не встретится, то заселение предполагается исполнить в течение 6-ти лет». Переселенцы на эти территории наделялись землей: «предварительно для каждой станицы соразмерно с ее населением и сообразно с местностью, отводить от 20 до 30 десятин на каждую душу мужского пола казачьего семейства и по 200 десятин на каждое офицерское семейство удобной и неудобной земли» (§67), и «обязанности строевых частей в продолжении первых трех лет водворения на передовых линиях состоят исключительно в защите собственных станиц» (§64).
В соответствии с этим Положением в 1862 г. идет заселение и Натухайского округа, на землях которого с наряду уже основанными ранее станицами Благовещенской и Витязевской появляются станицы Анапская, Варениковская, Верхне-Баканская, Гостагаевская, Крымская, Натухайская, Неберджайская, Нижне-Баканская, Новороссийская и Раевская. Выбором мест для станиц и организацией их заселения руководил начальник Натухайского округа генерал-майор П. Д. Бабыч. Командующим войсками Кубанской области графом Н. И. Евдокимовым было принято решение на месте разрушенной крепости Анапы образовать поселок, насчитывающий до 50 дворов, и заселить его азовскими казаками.
В целях организации обороны причерноморских земель Закубанья 17 февраля 1862 г. Александром II был утвержден приказ Военного Министра о создании Адагумского особого казачьего конного полка (командиром полка был назначен полковник П. И. Крюков), в системе которого были образованы две кордонные линии - Адагумская и Анапская. Приказом по Адагумскому полку начальствовать в станице Анапской и Анапском поселке было поручено сотнику Я. Карчевскому, который позже из-за свалившегося на него огромного объема обязанностей выхлопотал себе в подчинение помощника, исполнявшего обязанности по руководству Анапским поселком. Им временно был назначен хорунжий Муратов. Православные службы вел иеромонах отец Арсений, в приход которого входили не только Анапский поселок, но и станицы Анапская, Благовещенская, Витязевская, Варениковская и Гостагаевская.
10 марта 1866 г. Александром II было высочайше утверждено Положение о Черноморском округе, в §1 которого говорилось, что «на северо-восточном берегу Черного моря учреждаются портовые города Анапа и Новороссийск в тех самых местах, на коих существовали в прежнее время города под сими названиями». А в §2 Положения было сказано, что «учреждаемые города, впредь до развития в них населения и торговли причисляются к 5-му классу торговых местностей». При этом «сии города образуют в административном отношении особый округ, именуемый Черноморским, и причисляются к составу земель Закавказского края» (§6).
Кроме того, Положение определяло порядок подачи заявлений и процедуру переселения в города Черноморского округа, объявляло о бесплатном выделении земли под различные постройки, разрешало «водворяющимся в города» безакцизно вести лов рыбы в Черном море в пределах округа, а также «производить торговлю и промыслы» и «устраивать... на пространстве всего округа... мануфактуры, фабрики и заводы». По §38 «все вообще лица, записавшиеся в мещанское или купеческое сословие Анапы и Новороссийска, обязываются поселиться в сих городах, устроив в избранном для того месте дома с хозяйственными заведениями, магазины или лавки», и по §39 «водворяющиеся в учреждаемых городах обязываются кончить упомянутые... постройки в трехгодичный со времени приписки срок».