Такая деятельность возбудила (теперь уже навсегда) враждебное отношение к нему в Интернационале. Этому способствовали как личные промахи Бакунина (в деле с предоставлением С. Нечаеву денег из так называемого Бахметьевского фонда на революционные дела в России), так и не совсем основанные на реальности подозрения среди руководителей Интернационала. Помимо помощи Нечаеву ему инкриминировали еще какие-то злоупотребления финансами, что было просто несправедливо. Возникшая вражда не утихала, то и дело разгораясь на конгрессах, внутри организаций, подогреваясь публикациями в прессе. На конгрессе в Шо де Фон в 1870 году романская федерация Интернационала раскололась по вопросу о принятии в Интернационал женевской секции Альянса. Исключение Бакунина, Жуковского и Перрона из женевской секции Интернационала подлило масло в огонь. Большинство сторонников Бакунина образовало юрскую федерацию, сыгравшую большую роль в истории борьбы марксистского и бакунистского течений в Интернационале. В январе 1871 года Генеральный совет разослал «конфиденциальное сообщение», направленное против Бакунина, а на Гаагском конгрессе в 1872 году был поставлен вопрос вообще о его дальнейшем пребывании в Интернационале. Комиссия, рассмотрев материал о деятельности Бакунина, собранный Николаем Утиным (половина его носила заведомо неверный характер), признала обвинения основательными, и конгресс исключил Бакунина и Гильома. Насколько обвинения Бакунина в дезорганизаторской деятельности, с точки зрения Интернационала, были основательны, настолько несправедливо было обвинение в мошенничестве (история с авансом за перевод «Капитала» Маркса).
Франко-прусская война 1870—1871 гг. вызвала взрыв страстной энергии Бакунина. Вместе с прусскими победами в его глазах одерживал верх государственный принцип насилия над принципами свободы. Спасение Франции, а вместе с ней спасение свободы Бакунин видел в революционном восстании французских крестьян и рабочих, в разрушении государственного механизма, в осуществлении его идеала революции. Он призывает своих сторонников в различных странах организовать помощь французской революции, печатает во Франции брошюру «Письма французу о настоящем кризисе» (сентябрь 1870), принимает личное участие в Лионском восстании, подписывает вместе с другими прокламацию, первый пункт которой объявил упразднение государственной машины, а после неудачи восстания отправляется в Марсель, где безуспешно ожидает нового взрыва, и наконец, спасаясь от полиции, возвращается в Швейцарию, разбитый и разочарованный. Восстание Парижской коммуны 1871 года уже не воодушевило его. Годы и постоянные испытания брали свое…
Вслед за исключением Бакунина и Гильома из Интернационала и переводом Генерального совета в Нью-Йорк бакунисты начинают отчаянную борьбу с Генеральным советом. Они созывают свои конгрессы и создают свой Интернационал, который поддержали весьма многие – в него вошли испанская, бельгийская, юрская, английская, голландская и итальянская федерации. Фактически это означало не просто раскол, но настоящую гибель Марксова Интернационала. Так и произошло: Интернационал закончил свое существование в 1876 году; годом позже на свой последний конгресс собрались и бакунисты.