За тридцать лет Бомбей вырос до 60 000 колониального населения с растущей сетью фабрик, судов, англиканской церковью и большими белыми жилыми домами, окружавшими форт и спускавшимися по склону с Малабарского холма к поместью губернатора на берегу моря. Здесь даже имелась необходимая для любого богобоязненного протестантского сообщества XVII века достопримечательность - эшафот, где "ведьмам" давали последний шанс исповедаться перед казнью. Здесь также был свой небольшой гарнизон из 300 английских солдат , "400 топазов, 500 туземных ополченцев и 300 бхандарисов [дубинщиков], которые присматривают за лесом кокосов". К 1680-м годам Бомбей ненадолго затмил Мадрас "как центр власти и торговли англичан в Ост-Индии".
Тем временем в Лондоне директора Компании впервые начали осознавать, насколько они могущественны. В 1693 году, менее чем через столетие после основания, выяснилось, что компания использует свои акции для покупки благосклонности парламентариев, ежегодно выплачивая 1200 фунтов стерлингов в год видным членам парламента и министрам. Как выяснилось, взятки доходили до генерального солиситора, который получал 218 фунтов стерлингов, и генерального прокурора, который получал 545 фунтов стерлингов.** Парламентское расследование этого первого в мире корпоративного лоббистского скандала признало EIC виновной во взяточничестве и инсайдерской торговле и привело к импичменту лорда-президента Совета и тюремному заключению управляющего компанией.
Лишь однажды в XVII веке Компания попыталась использовать свои силы против Моголов, и то с катастрофическими последствиями. В 1681 году пост директора занял безрассудно агрессивный сэр Джосайя Чайлд, который начал свою карьеру с поставки пива для военно-морского флота в Портсмуте и которого дневник Джона Эвелина описывал как "переросшего и внезапно разбогатевшего человека... самого гнусного скупердяя". В Бенгалии фактории начали жаловаться, как писал в Лондон мастер Стрейншема, что "здесь каждый мелкий офицер делает из нас мольбу, издеваясь над нами в свое удовольствие, чтобы вытрясти из нас все, что можно". Мы, писал он, "презираемы и попираемы" могольскими чиновниками. Так оно и было: наваб Бенгалии Шайста Хан не скрывал своей неприязни к Компании и писал своему другу и племяннику по материнской линии, императору Аурангзебу, что "англичане - это компания низких, ссорящихся людей и нечестных торговцев".
Не понимая масштабов могольского могущества, Чайлд принял глупое решение отреагировать силой и попытаться преподать моголам урок: "У нас не осталось другого средства, - писал он с сайта в здании суда Компании на Лиденхолл-стрит, - кроме как отказаться от торговли, либо мы должны взять в руки меч, который нам доверил Его Величество, чтобы защитить права и честь английской нации в Индии". Как следствие, в 1686 году из Лондона в Бенгалию отплыл значительный флот с 19 военными кораблями, 200 пушками и 600 солдатами. "Мы должны, - писал Чайлд, - захватить все, что можем, и выхватить английский меч".
Но Чайлд не мог выбрать более неудачного момента для ссоры с императором самого богатого королевства на земле. Моголы только что завершили завоевание двух великих деканских султанатов - Биджапура и Голконды, а также, похоже, загнали маратхов обратно в холмы, откуда они пришли. Таким образом, империя Великих Моголов стала непревзойденной региональной державой, и ее армия теперь могла сосредоточиться исключительно на этой новой угрозе. Военная машина Моголов сметала английские десанты так же легко, как отмахивалась от мух; вскоре фабрики EIC в Хьюгли, Патне, Касимбазаре , Масулипатнаме и Визагапатаме были захвачены и разграблены , а англичане были полностью изгнаны из Бенгалии. Суратская фабрика была закрыта, а Бомбей блокирован.
У ИИК не было другого выхода, кроме как просить о мире и умолять о возвращении своих фабрик и с трудом заработанных торговых привилегий. Они также должны были ходатайствовать об освобождении своих пленных факторов, многие из которых шествовали в цепях по улицам или содержались в кандалах в Суратском замке и Даккском Красном форте "в невыносимых и оборванных условиях... как воры и убийцы". Когда Аурангзеб узнал, что ИИК "раскаялась в своих незаконных действиях" и подчинилась власти Великих Моголов, император оставил факторию на некоторое время зализывать раны, а затем в 1690 году милостиво согласился простить их.