Вскоре после войны ds Лейк отправился в Агру , чтобы захватить форт, подавить сопротивление маратхов и одержать последнюю великую победу над Сциндией при Ласвари. Охтерлони, только что назначенный новым резидентом Компании, поселился в развалинах старого здания Моголов, которое когда-то было библиотекой суфийского принца Дара Шукоха, старшего сына Шах-Джахана, а совсем недавно - домом, из которого почти пятьдесят лет назад сбежал Имад-уль-Мульк, молодой принц Шах-Алам. Тем временем у Кашмирских ворот были построены госпиталь и жилье для кавалерии и артиллерии, а хавели Камар аль-Дина у Аджмерийских ворот стало новым таможенным домом. Несколько других старых особняков были переданы в официальное пользование новой администрации Компании, и была создана двойная англо-могольская судебная система. Новая совместная англо-могольская администрация быстро сформировалась.
Завоевание Дели Компанией было, по любым меркам, чрезвычайно значимым моментом. Для незрячего и бессильного Шаха Алама, которого поэт Азад назвал "всего лишь королем на шахматной доске", оно стало окончательным решением проблемы, которая преследовала его всю жизнь: как управлять империей своих предков-тимуридов, откуда и под чьей защитой. Ему шел семьдесят седьмой год. Еще мальчиком он видел, как Надер-шах въехал в Дели и унес с собой Павлиний трон, в который был вмонтирован большой алмаз Кох-и-Нур. Он избежал попытки убийства Имад-уль-Мулька и пережил несколько сражений с Клайвом. Он сражался с Компанией в Патне и Баксаре, наградил Клайва дивани в Аллахабаде и бросил вызов Компании своим походом через всю страну в Дели. Там, вместе с Мирзой Наджаф-ханом, вопреки всему ему почти удалось восстановить империю своих предков, но после преждевременной смерти последнего великого полководца Великих Моголов она исчезла, как мираж. И наконец, в самый низкий момент на императора напал и ослепил его бывший фаворит Гулам Кадир, страдавший психозом. Теперь под защитой Уэлсли и с пенсией от компании он мог, по крайней мере, провести свои последние годы на троне своих предков, в своем любимом Красном форте, в комфорте, безопасности и с некоторым чувством собственного достоинства.
Три года спустя, 1 апреля 1806 года, заместитель Охтерлони , недавно прибывший Уильям Фрейзер, один из первых выпускников нового колледжа лорда Уэлсли в Форт-Уильяме, написал домой своему отцу в Инвернесс о своих впечатлениях от старого императора и его двора: "На одном из последних мусулманских праздников, - писал он, - я сопровождал короля в мечеть и был поражен достоинством и смирением, с которыми весь двор возносил молитвы Всевышнему".
В это время я постоянно находился рядом с королем и не мог не восхищаться крайним благородством его походки, облика и мимики. Потеря глаз ничуть не обезображивает его лик; но история их потери и его несчастья возвышает нашу жалость и почитание. После его смерти, а не раньше, мы можем сказать, что род Тимура угас как династия; начиная с хромого и заканчивая слепым".
Вряд ли это было славное правление, но, тем не менее, его жизнь была отмечена добротой, порядочностью, честностью и образованностью в то время, когда все эти качества были в дефиците. Прежде всего, Шах Алам проявил необычайную решимость, пройдя через череду ужасных испытаний. На протяжении всей своей жизни он пережил длинную череду неудач; но он никогда не сдавался и лишь на короткое время - после изнасилования его семьи и ослепления рохиллами - позволил себе поддаться отчаянию. В самых неблагоприятных обстоятельствах, какие только можно себе представить, - во времена Великой анархии - он правил при дворе, отличавшемся высокой культурой, и, помимо того что сам писал прекрасные стихи, был щедрым покровителем поэтов, ученых и художников.
Более того, он провел свою династию через самые низкие моменты и сумел сохранить пламя Моголов в самые тяжелые времена Великой анархии. Ему также удалось создать новую модель правления Моголов, в которой отсутствие реальной власти было хорошо замаскировано под ореолом божественно назначенного царствования и позолоченной ширмой высокой культуры и придворных манер, доставшихся ему от предков-тимуридов. Это было видение, которое и спустя полвека оставалось достаточно вдохновляющим, чтобы двор его внука стал центром величайшего антиколониального восстания в истории. Это восстание едва не положило конец британскому правлению и вполне могло положить начало новому этапу правления Моголов.