Для Компании это тоже было историческим событием, окончательной развязкой ее долгой борьбы за победу над маратхами и захват у них контроля над бывшей империей Великих Моголов. В то же время это был заключительный акт постепенного проникновения Компании в систему Моголов, когда акционерное общество из лондонского Сити постепенно присваивало себе власть могущественной империи Моголов и в некоторой степени, при Уэлсли, принимало на себя атрибуты могольского величия.
В конце концов, Компания утвердила свое главенство, навязав себя императору Великих Моголов в качестве регента, тем самым обретя определенную легитимность в глазах Индии под зонтиком Великих Моголов. Уже в 1831 году бенгальский реформатор Раджа Раммохан Рой говорил о "большей стабильности власти британского правительства, достигнутой благодаря благодарной дружбе монарха, который, хотя и не имеет территориальных владений, все еще рассматривается народами Индостана как единственное законное основание чести или господства". Компания понимала важность проникновения в систему Моголов, а не просто ее разрушения или упразднения.
Уэлсли заявлял директорам, что он "отшатывается от мысли, что в Англии могут заподозрить", что он хочет "посадить Ост-Индскую компанию, по сути или виртуально, на трон Моголов". Но это, конечно, именно то, что он сделал. Менее чем за пятьдесят лет транснациональная корпорация захватила контроль над почти всей территорией, которая когда-то была Индией Великих Моголов. К этому времени она также создала сложную администрацию и государственную службу, построила большую часть лондонских доков и приблизилась к тому, чтобы генерировать половину британской торговли. Его ежегодные расходы только внутри Британии - около 8,5 миллионов фунтов стерлинговj - равнялись примерно четверти всех годовых расходов британского правительства. Неудивительно, что теперь Компания называла себя "величайшим обществом купцов во Вселенной". Ее армии были больше, чем у почти всех национальных государств, а ее власть теперь охватывала весь земной шар; более того, ее акции к этому времени стали своего рода мировой резервной валютой. Как писал Берк: "Конституция Компании началась с торговли и закончилась империей"; или, как признался один из ее директоров, "империей внутри империи".
Тем не менее, несмотря на все свои огромные ресурсы, для финансирования шести лет непрекращающейся войны Уэлсли почти обанкротил компанию , увеличив ее ежегодный дефицит до 2 миллионов фунтов стерлингов.k в год. Общий долг компании, который составлял 17 миллионов фунтов стерлингов, когда Уэлсли только прибыл в Индию, теперь увеличился до 31,5 миллиона фунтов стерлингов.l В период с 1800 по 1806 год на 3,9 миллиона фунтов стерлингов серебраm было отправлено из Лондона в Бенгалию, чтобы помочь начать погашение огромных долгов, которые накопил Уэлсли. Известие о стоимости нового дворцового Дома правительства в Калькутте, который лорд Уэлсли начал строить с поистине могольским размахом, стало последней каплей для директоров. По их мнению, при Уэлсли правительство Индии "просто превратилось в деспотию".
6 ноября 1803 года суд директоров направил письмо в правительственный совет по контролю, в котором перечислил свои возражения против Уэлсли. Они обвинили его в том, что он
и когда они выразили свои чувства в надежде на то, что он осуществит обещанное сокращение государственных расходов... вместо того, чтобы ответить на их мнение, он приступил, как они считают, без необходимости, к осуществлению обширных планов внешней политики, неизбежно ведущих к войнам, которые... по мнению суда, принесли много серьезных бед, отдалили как никогда перспективу сокращения долга и расходов страны и обменяли надежное положение и уважаемый характер британской власти на неопределенное господство и, как следует опасаться, недовольство всех штатов Индии".
К концу 1803 года было принято окончательное решение: Уэлсли, кукушонок из гнезда компании, строивший империю, должен был быть отозван.
В 1803 году директора добились своего, но в итоге британское правительство одержало верх над Компанией. Несмотря на то что Компания с каждым днем становилась все сильнее и непобедимее, чем когда-либо в Индии, в первой половине XIX века она все больше контролировалась и ограничивалась британским государством, и идея о том, что корпорация должна управлять тем, что теперь стало самой важной колонией страны, стала восприниматься как все большее отклонение от нормы.