Мусульмане - это воплощенные демоны,
Возникли, чтобы затопить землю,
Со своей собственной религией.
Поэтому я уничтожу этих демонов.
Которые приняли облик мусульман,
И я буду бесстрашно распространять путь дхармы.
В течение многих лет могольская армия упорно сопротивлялась, захватывая одно деканское городище за другим, и некоторое время казалось, что имперским войскам постепенно удается подавить сопротивление маратхов так же методично, как и Компанию. 11 марта 1689 года, в тот же год, когда император разгромил Компанию, войска Аурангзеба захватили Самбхаджи, старшего сына и преемника Шиваджи. Несчастного принца сначала унизили, заставив надеть нелепую шапку и ведя в дурбар на верблюде. Затем его жестоко пытали в течение недели. Его глаза были выколоты гвоздями. Ему вырезали язык и содрали кожу когтями тигра, после чего зверски предали смерти. Тело бросили собакам, а голову набили соломой и отправили в турне по городам Декана, после чего повесили на воротах Дели. К 1700 году осадные поезда императора взяли столицу маратхов Сатару. На короткое время показалось, что Аурангзеб наконец одержал победу над маратхами и, по словам великого могольского историка Гулама Хусейн Хана, "изгнал этот беспокойный народ из его собственного дома и заставил его укрываться в норах и крепостях".
Но в последние годы жизни победная серия Аурангзеба начала давать сбои. Избегая сражений, хищные кавалерийские армии маратхов перешли к партизанской тактике, нападая на могольские поезда снабжения и оставляя медленные, сильно обремененные могольские колонны голодать или возвращаться, не справившись с маневром, на свою базу в Аурангабаде. Император лично отправлялся брать форт за фортом, но каждый из них был потерян, как только он поворачивался спиной. "Пока остается хоть один вздох этой смертной жизни, - писал он, - нет освобождения от этого труда и работы".
Империя Великих Моголов достигла своего самого широкого , простираясь от Кабула до Карнатика, но внезапно повсюду начались беспорядки. В конце концов, дело было уже не только в маратхах: к 1680-м годам в имперских центрах усилилось повстанческое движение, вызванное дезертирством крестьян и восстаниями джатов в Гангском Доабе и сикхов в Пенджабе. По всей империи землевладельцы-заминдары поднимали восстания и открыто боролись с налоговыми сборами и попытками государства Великих Моголов проникнуть в сельские районы и регулировать вопросы, которые раньше оставались на усмотрение наследственных местных правителей. Бандитизм стал эндемией: в середине 1690-х годов итальянский путешественник Джованни Джемелли Карери жаловался, что Индия Моголов не обеспечивает путешественникам "безопасность от воров". Даже сын Аурангзеба принц Акбар перешел на сторону раджпутов и поднял восстание.
Эти различные акты сопротивления значительно сократили поток ренты, таможен и доходов в казну, что впервые в истории Моголов привело к тому, что казна с трудом оплачивала расходы на управление империей и выплачивала жалованье своим чиновникам. По мере того как военные расходы росли, трещины в государстве Великих Моголов превратились сначала в разломы, а затем и в расщелины. Согласно чуть более позднему тексту, Ахкам-и Аламгири, сам император признавал: "Нет ни одной провинции или района, где бы неверные не подняли беспорядки, и поскольку их не наказывают, они утвердились повсюду. Большая часть страны пришла в запустение, а если где и есть населенные пункты, то крестьяне, вероятно, договорились с разбойниками".
На смертном одре Аурангзеб признал свои неудачи в печальном и пораженческом письме к своему сыну Азаму:
Я пришел один и ухожу как чужой. Мгновение, прошедшее во власти, оставило после себя лишь печаль. Я не был хранителем и защитником Империи . Жизнь, столь ценная, была растрачена впустую. Бог был в моем сердце, но я не мог его увидеть. Жизнь скоротечна. Прошлое ушло, и нет надежды на будущее. Вся императорская армия похожа на меня: растерянная, взволнованная, оторванная от Бога, дрожащая, как зыбучая пружина. Я боюсь своего наказания. Хотя я твердо надеюсь на милость Божью, но тревога за свои поступки не покидает меня".
Аурангзеб окончательно умер 20 февраля 1707 года. Он был похоронен в простой могиле, открытой небу, не в Агре или Дели, а в Хулдабаде , в центре плоскогорья Декан, на котором он провел большую часть своей взрослой жизни, и потерпел неудачу, чтобы усмирить его. В годы, последовавшие за его смертью, власть государства Великих Моголов начала ослабевать, сначала в Декане, а затем, по мере продвижения армий маратхов на север под предводительством их великого военачальника Баджи Рао, и во все более обширных районах центральной и западной Индии.