В 1893 году во время экспедиции в Китай скончалась жена и друг Потанина Александра Викторовна. Летом следующего года в Барнауле погибает Николай Ядринцев. Еще раньше ушли из жизни другие областники — Николай Щукин, Афанасий Щапов, Серафим Шашков, казачий офицер Федор Усов. Потанин остался один. Не найдя общего языка с новым редактором «Восточного обозрения» Иваном Поповым, он в конце 1901 года уезжает из Иркутска в Красноярск, затем в Томск, где стараниями его покойного друга Ядринцева был открыт первый в Сибири университет. В Томске он заводит знакомства среди политических, эсеров и кадетов, и даже живет на квартире юриста Петра Вологодского, в то время члена партии социалистов-революционеров, а в будущем — премьера сибирского правительства. 12 января 1905 года в сибирских городах отмечался Татьянин день — 150-летие Московского университета. Накануне пришла весть о Кровавом воскресенье — расстреле рабочих в Петербурге. На банкете выступили социал-демократы и эсеры, и банкет превратился в митинг, принявший резолюцию о всеобщей политической забастовке и свержении самодержавия. Потанин как председательствующий на банкете-митинге был арестован. Арестован через 40 лет после своего первого ареста и накануне своего 70-летия. Через месяц старый областник был освобожден и отдан под негласный надзор полиции.
Автономия казалась возможной
Областничество было очень влиятельным течением в Сибири, хотя никогда не было организовано и идеологически оформлено. Потанин многократно заявлял, что областники — не партия, а союз партий. Они были противниками державы с ее сверхцентрализацией, и среди них были представители разных политических сил — социалисты-революционеры, конституционные демократы. Потанин поначалу даже к социал-демократам относился сочувственно, но не к российским, а к сибирским. 28-29 августа 1905 года в Томске на квартире Вологодского состоялся съезд Сибирского областного союза, большинство на котором составляли эсеры. Отделения союза существовали в Томске, Красноярске, Омске, Иркутске, Мариинске. А 20-22 октября в Томске произошел черносотенный погром. Городское «быдло» во имя «Веры, Царя и Отечества» сожгло здание управления железной дороги вместе с забаррикадировавшимися там людьми, разграбило Народный дом и общественную библиотеку. Газеты много дней печатали списки погибших, пропавших, неопознанных. Потанина, к счастью, в эти дни не было в Томске. Он позже писал, что «руководители томских вандалов вдохновились ненавистью к просвещению и науке».
Отношение Потанина к царю и Отечеству известно. Как же он относился к вере? Григорий Николаевич был убежденным противником духовных миссий, их деятельности среди «инородцев». Он считал, что государственная религия стесняет культурное развитие народа, не принимал насаждения любой веры — христианства, ислама или буддизма, ибо это заглушает языческую культуру, обладающую самоценностью для создавших ее народов, для их языка, обычаев, письменности.
Патриарх Сибири жил в Томске в большой нужде. За свою научную работу он получал пенсию в 25 рублей в месяц. Кроме этого, он жил на скромные гонорары от газеты «Сибирская жизнь». А ведь в руках первого почетного гражданина Сибири бывали немалые суммы. После поражения революции 1905 года в Сибирь было сослано около 100 тысяч человек, и Потанин собирал и передавал им деньги. При этом одинокий старец в залатанной шубе кочевал с квартиры на квартиру, и у него часто не было даже куска хлеба. Честная бедность — удел многих достойных людей.
Он не уставал проповедовать свою идею. Желанная автономия Сибири казалась такой возможной. Империя с сотнями миллионов подданных неспособна обеспечить развитие каждой личности, нужно преобразовать крупные централизованные государства в союзы регионов, областей, общин, создать конфедерацию свободных земель. У него было немало последователей. В Третьей Государственной Думе интересы Сибири представляли 14 депутатов во главе с Н.В. Некрасовым. Для сравнения, только Киевская губерния была представлена 15-ю депутатами, а ведь ее масштаб и население не идут с Сибирью ни в какое сравнение. Депутаты-сибиряки пришли к выводу, что их Родине нужен собственный парламент.
В 1915 году Сибирь отмечала 80-летие своего вождя. Томск и Красноярск избрали его почетным гражданином. Он был провозглашен также почетным гражданином Сибири вместе с томским городским головой А.И. Макушиным и эсером-юристом П.В. Вологодским. Восьмой сибирский врачебно-санитарный отряд, уходивший на германский фронт в день рождения сибирского патриарха, был назван Потанинским. Его именем назвали улицы в Томске и Новониколаевске (Новосибирске).