В Горном Алтае развернулось мощное партизанское движение, возникло партизанское соединение под командованием И.Я. Третьяка.
Небольшая группа анархистов действовала также и в столице Колчака — Омске. Она появилась весной 1919 года и действовала в тесном контакте с большевистским подпольем. В апреле 1919 года антиколчаковское подполье для добычи средств на свою деятельность разработало план совершения экспроприаций. Для этой цели в Омск из Иркутска прибыл анархист-коммунист Лосин (Александров), из Челябинска — анархисты Пермяков, Китаенко, Костин и из Тары — анархист Васильев. В ночь с 31 мая на 1 июня 1919 года ими был осуществлен «экс» конторы «Продпуть», откуда они изъяли до 400 тысяч рублей. В документах колчаковской контрразведки об этом сказано: «.грабители собственных денег служащих не брали, так как они идейные анархисты, а когда их попросили оставить расписку о похищении 285 тысяч рублей, то главарь шайки заявил, что свидетелей слишком много, а потому деньги попадут по назначению и расписка излишняя». Несмотря на удачное завершение экспроприации, 2 июня Пермяков и Лосин (Александров) были арестованы. В пьяном виде они устроили дебош в трактире, отстреливаясь, пытались скрыться, но были задержаны милицией. В ходе допросов они признали свое участие в ограблении, но категорически отказались выдать товарищей.
В рядах партизанской армии Е.М. Мамонтова анархисты были в отрядах зиминских (алейских) и камень-ских партизан, а также в Четвертом крестьянском корпусе М.В. Козыря. Политические взгляды самого Козыря были расплывчаты и представляли собой нечто среднее между левоэсеровскими и анархистскими, но многие командиры и даже комиссары в его корпусе были анархистами.
Среди руководителей вспыхнувшего в августе 1919 года Зиминского восстания двое были анархистами, причем один из них — И.И. Царев — входил в штаб повстанцев. По словам коммунистов, повстанцы «крепко усвоили анархистский демократизм» в Алейском партизанском отряде П.К. Чаузова. Целями борьбы руководители алей-ских партизан называли «свободу, равенство и братство», что, с точки зрения большевиков, было «искажением политических лозунгов».
В южном Прибайкалье организатором первого бурятского партизанского отряда стал анархист П.С. Бал-тахинов.
На северном участке партизанской зоны Е.М. Мамонтова действовала группа сторонников активного организатора партизанского движения, начальника штаба Северного фронта З.С. Воронова (Трунтова).
В период борьбы против белых цели анархистов были предельно ясны и конкретны: сопротивление белогвардейскому режиму, организация с этой целью партизанского движения и подполья, свержение колчаковщины или содействие Красной Армии в ее разгроме. Большинство анархистов Сибири боролось за эти цели без всякого руководства, сообразуясь с реальной обстановкой и революционной совестью. А вот вопрос о том, что делать после победы над Колчаком, вызывал затруднения и разногласия. Но большинство анархистов и находившихся под их влиянием повстанцев отрицали всякую государственную власть как угнетение народа. Поэтому и Советскую власть они воспринимали не по-коммунистически: они видели в Советах негосударственные органы местного самоуправления независимых ассоциаций тружеников — «вольные советы». Они выражали желание большинства сибирских крестьян: «Ни Ленина, ни Колчака!» Несколько десятков тысяч сибирских партизан из более чем 140-тысячной партизанской армии разделяли подобные взгляды.
К началу 1920 года с Красной Армией в Сибирь вернулась Советская власть. К этому времени она стала еще более жесткой, централизованной и, фактически, однопартийной. В связи с этим, между большевиками и анархистами сразу же начались разногласия.
Приказом Сибирского походного ревкома все Советы, возникшие в партизанских районах, объявлялись распущенными. Вместо них назначались ревкомы до выборов новых Советов. В ревкомы не допускались представители других партий, кроме большевистской. Также большевики потребовали разоружения партизанских частей, ликвидации их самостоятельности и замены выборных командиров назначенными. Неподчинившиеся отряды и их командный состав предлагалось беспощадно карать. Главным автором этого приказа был председатель Реввоенсовета Л.Д. Троцкий. Большевики не учли, что большинство партизанских вожаков были анархистами, и за год войны крестьяне накрепко усвоили «анархистский демократизм». Уже в конце 1919 года командир Четвертого крестьянского корпуса М. Козырь, находясь в Семипалатинске, выдвинул лозунг: «За Советы без коммунистов! Да здравствует вольный труд!» Красные знали, что в окружении Козыря много анархистов, и поэтому отстранили его от командования. Он не подчинился, прибыл с частью своего корпуса в Усть-Каменогорск и призвал крестьян к неповиновению ревкомам. Состоялось общее собрание гарнизона, на котором была принята антикоммунистическая резолюция: «Мы отдадим все наши силы на создание истинной рабоче-крестьянской Социалистической Советской власти! Крестьянская армия твердо заявляет, что она никому не позволит посягнуть на свои права — права самостоятельного устройства жизни. Нам, крестьянам, не нужно никакой власти, нам нужно народное право!» Конфликт не перешел в вооруженное столкновение — партизаны и красноармейцы все еще считали себя братьями по оружию. Но недовольство осталось. Оно постоянно подогревалось систематическими просчетами большевиков. Например, во многих ревкомах на руководящие должности большевиками были назначены кулаки, которые во времена колчаковщины помогали белым против партизан. Во многих частях вновь назначенные красными командиры сплошь и рядом оказывались бывшими колчаковцами, и мало того — бывшими карателями! Например, в Семипалатинске на командные должности были назначены бывшие офицеры, подавлявшие повстанческое движение в Славгородском уезде. А в Минусинске начальником конного запаса стал Черкашин, хорошо известный партизанам как жестокий палач. Вызывали недовольство партизан-красноармейцев и высокие оклады, установленные командирам и комиссарам.