Негодовали на произвол ЧК, преследовавший всех хоть в чем-то недовольных новой властью. Пытаясь оторвать признанных вожаков от основной массы партизан, большевики надеялись подкупить их высокими постами в госаппарате, причем, как правило, связанными с отъездом из родных мест, но крестьянские вожди не клюнули на эту приманку. Рогов, Мамонтов, Лубков, Третьяк и другие отказались от предложенной чести, ссылаясь на слабое здоровье. На самом деле народные вожди не хотели сотрудничать с притеснителями народа — красными комиссарами. У крестьян к тому времени сложилось впечатление о новой власти: «Это не большевики, а волки в овечьей шкуре. Это агенты Колчака!»
Имевшие собственное мнение, большой авторитет в массах и постоянно протестующие против произвола партизанские вожди неоднократно арестовывались ЧК, что вызывало недовольство, а часто и открытый протест рядовых партизан. Так, в 1919-1920 годах аресту подвергались Г.Ф. Рогов, И.П. Новоселов, П.К. Лубков, А.Д. Кравченко, Е.М. Мамонтов, И.Я. Третьяк.
В конце декабря 1919 года за отказ подчиниться приказам начдива 35-й дивизии Неймана были арестованы и под конвоем отправлены в Кузнецк Рогов и Новоселов, а Первая Томская партизанская дивизия в окрестностях деревни Барачаты разоружила их отряд — своих товарищей по оружию — анархистов. Из Кузнецка в начале января 1920 года Рогова и Новоселова отправили в Ново-николаевск. По дороге Новоселову удалось договориться с конвойными — бывшими партизанами — и вместе с ними бежать. Рогов же после избиений в Новониколаевской тюрьме был выпущен до суда, чему способствовали массовые протесты его бывших подчиненных.
В феврале 1920 года в Мариинском уезде был арестован Лубков. Причиной ареста послужил отказ Лубкова и части партизан сдать оружие и попытка сохранить отряд как отдельную боевую единицу. За это он был приговорен к пяти годам принудительных работ с отсрочкой приговора на шесть месяцев. Надо полагать, этот «мягкий» приговор был «благодарностью» коммунистов за борьбу Лубкова против Колчака.
В конце концов все это привело к тому, что в 1920 году по всей Западной Сибири один за другим начали вспыхивать антисоветские мятежи. Бывшие партизаны составили ядро формирований Г.Ф. Рогова, И.П. Новоселова, П.К. Лубкова, Ф.Д. Плотникова — своих партизанских командиров периода борьбы против белых.
Первыми восстали в Причернском крае. Подготовила восстание группа известных партизанских командиров-анархистов — Г.Ф. Рогов, И.П. Новоселов, И.Е. Сизиков, П.Ф. Леонов. Затем в конце июня восстали селения степного Алтая. Далее произошли Колыванский мятеж и восстание в Усть-Каменогорске, в 20-х числах сентября — восстание в Мариинском уезде.
В отличие от других крестьянских выступлений времен гражданской войны, большинство из этих мятежей не были вызваны продовольственной политикой большевиков. В то время Советская власть в Западной Сибири была еще слаба и, видимо, не рисковала широко распространять продразверстку. На волости, ставшие исходным пунктом роговского выступления, разверстка хлебофуража либо не назначалась, либо была в них минимальной. Восстание было реакцией на принудительное разоружение и расформирование партизанских отрядов Причернского края, а также на создание назначенных сверху ревкомов вместо выборных Советов, использование в ревкомах и армии буржуазных спецов, бывших колчаковцев и карателей. Добавилось также нежелание партизан служить в Красной Армии, воевать на советско-польском фронте, а затем уже отказ принять продразверстку.