Именно Павел Яковлев провел мобилизацию офицеров гарнизона, казаков и юнкеров для борьбы с большевиками. Началась организация сил вокруг двух центров. За созданный большевиками орган власти Центросибирь стояли полки гарнизона, городской Совет и организованная им Красная Гвардия, за меньшевистско-эсеровскую Думу — казаки, юнкерское училище, школы прапорщиков. Противостояние не могло не привести к конфликту, хотя думцы, и Яковлев в том числе, делали все, чтобы не допустить кровопролития. Эсеры все еще надеялись, что вопрос о власти будет мирно решен выборами в Учредительное Собрание.
Начало Гражданской войны в Иркутске положил приказ Центросибири о разоружении офицеров гарнизона и казаков и о роспуске юнкеров и школ прапорщиков. В ответ на этот наглый ультиматум юнкера, прапорщики и казаки избрали свой объединенный комитет и приготовились к сопротивлению. Восьмого декабря 1917 года артиллерия Центросибири открыла огонь по зданиям, где размещались юнкера и казаки. Кровопролитие продолжалось девять дней.
Во время боев Яковлев находился в помещении школы прапорщиков, затем в юнкерском училище. 12 декабря в училище пробрались члены Комитета Защиты Родины и Революции — эсер Филиппов и социал-демократ Патлых, которые предложили посредничество в мирных переговорах с большевиками. Со стороны юнкеров возражений против мира не было, и на успех делегации возлагали большие надежды. Попытка миротворцев кончилась неудачей — меньшевик Патлых был убит на улице, а Филиппов скрылся. Только к 17 декабря Яковлеву и его соратникам удалось связаться с вожаками Центросибири Янсоном, Постышевым, Сташевским и другими и добиться созыва совещания, которое окончилось прекращением огня, роспуском вооруженных формирований с обеих сторон и созданием народного Совета, в который вошли представители Центросибири, Думы, Земства, городского Совета, Крестьянского Совета. Казалось, что гражданский совет восстановлен, но уже через несколько дней народный Совет распался, и власть полностью перешла к большевикам. Позже Яковлев утверждал, что не принимал активного участия в декабрьских событиях и был самым горячим сторонником мира. Однако есть сведения, что он был одним из руководителей юнкерских и офицерских отрядов, и его роль была гораздо более значительна. По понятным причинам он не хотел, чтобы о ней знали большевики.
С ведома советских комиссаров Яковлев заканчивал работу по подготовке к выборам в Учредительное Собрание и готовил Крестьянский съезд. В конце февраля 1918 года он был избран председателем губернского Земского съезда, который принял эсеровские резолюции. Делегатами были крестьяне и кооператоры. В марте большевики созвали Крестьянский съезд, но его председателем опять-таки был избран Павел Яковлев.
Почти одновременно с Центросибирью в Томске было создано Сибирское правительство во главе с эсером Дербером. После декабрьского кровопролития в Иркутске это правительство приступило к созданию по всей территории Сибири военных отрядов и губернских эмис-сариатов. В Иркутске созданием военной организации занялся бывший политкаторжанин, социалист-революционер, ставший после Февраля прапорщиком, Николай Калашников. В воздухе опять запахло кровью. Из Петрограда уже пришли известия о разгоне большевиками Учредительного Собрания и о расстреле ими народной демонстрации в его поддержку. В марте большевики закрыли редактируемую Яковлевым газету «Наша деревня». Яковлев по постановлению Крестьянского Совета организовал подпольную типографию на своей квартире, но не успел выпустить ни одного номера. Первого апреля 1918 года он был арестован и брошен в тюрьму. Он окончательно убедился, что с большевиками не сработаешься. В Сибири началась борьба с большевизмом.
Гуманист среди штыков
В марте 1918 года Временное правительство автономной Сибири, находившееся в Харбине, назначает Яковлева эмиссаром, то есть руководителем подпольных организаций эсеров в Восточной Сибири.
Эмиссар Временного правительства автономной Сибири Павел Яковлев был арестован с группой офицеров-под-польщиков на даче купца Сукачева и провел в тюрьме два
с половиной месяца. В Иркутске, как и по всей Сибири, уже действовала разветвленная и строго законспирированная сеть эсеровских подпольных организаций. Военный руководитель иркутского подполья и друг Яковлева Николай Калашников с офицерами-эсерами окопался недалеко от города в населенном пункте Пивовариха. В ночь на 14 июня военная организация, опираясь на фрон-товиков-безработных, подняла восстание. Калашниковцы ворвались в Иркутск, захватили тюрьму и освободили Яковлева и других заключенных товарищей. Уже днем 14 июня восстание было подавлено, но большая часть повстанцев сумела уйти в Пивовариху.