Яковлев уехал в село Усолье в 60 верстах от Иркутска, где жил на нелегальном положении. Через три недели в Иркутск вступили части Сибирской армии Пепеляева и чешские легионеры. Власть большевиков пала.
В Усолье Яковлев встретился с уполномоченным Сибирского правительства, эсером Е.Е. Колосовым, который предложил ему вернуться в Иркутск и приступить к исполнению своих обязанностей — возрождать земские организации. Земское и городское самоуправление Яковлев считал единственными органами, способными вести руководство хозяйством. Сибирское правительство не собиралось выносить войну за пределы Сибири и после создания независимой Сибирской республики предполагало начать переговоры с ленинским Совнаркомом.
Яковлев вместе с Колосовым приехал в Иркутск на другой день после прибытия туда чешского генерала Гайды. Расстрелов в это время не было, только обыватели устраивали самосуд над красногвардейцами и советскими чиновниками. Яковлев с удивлением узнал, что совещание представителей органов самоуправления, партий, Крестьянского Совета и профсоюзов единогласно выдвинуло его кандидатуру на пост правительственного комиссара. Ему не хотелось отрываться от земской работы, но после долгих уговоров он согласился и 13 июля 1918
года был назначен Губернским комиссаром, то есть вновь стал фактическим губернатором Иркутской губернии.
Странное было время: по всей Сибири рыскали карательные отряды казачьих атаманов, зверствовала колчаковская контрразведка, а в Иркутске сохранялись профсоюзы, отмечались революционные праздники, включая Первомай, бескровно проходили забастовки, во время которых губернатор всегда брал сторону рабочих. Монархические организации, наоборот, преследовались, их газеты закрывались. Пользуясь своей властью, Яковлев отменил смертные приговоры для сотен осужденных, в том числе большевиков, освободил всех несовершеннолетних политзаключенных и сохранил жизнь даже комиссарам и чекистам Чудновскому, Янсо-ну, Минскеру, переправив их во Владивосток, подальше от военного суда.
По всей стране лилась кровь, а в Иркутске молодой губернатор возрождал земское самоуправление, кооперацию, а уже через неделю после свержения большевиков провел совещание представителей городской интеллигенции, на котором предложил создать Иркутский университет. Совещание проходило 20 июля 1918 года, а уже 29 сентября в здании бывшего училища благородных девиц было торжественно объявлено об открытии университета с историко-филологическим и физико-химическим факультетами. Ректором университета стал приват-доцент Московского университета М.М. Рубинштейн, а 16 ноября крупнейший исследователь В.И. Окладников начал читать курс лекций по истории Сибири. Вопреки утверждениям многочисленных фальсификаторов истории нашего края, «сибирский Вашингтон» Колчак не имеет к открытию Иркутского университета никакого отношения. Его открыл еще до колчаковского переворота бывший социалист-революционер Павел Яковлев.
В ноябре 1918 года происходит колчаковский переворот. Осуществлена мечта правых о военно-монархиче-
ской диктатуре. Яковлев не поддержал переворот и подал прошение об отставке. Но ему ответили, что программа правительства остается прежней, и попросили отказаться от отставки. Яковлев остался, чтобы сделать все возможное для смягчения реакционного режима.
Колчаку неоднократно докладывали о независимом поведении иркутского губернатора, но за Яковлева горой стояли председатель Сибирского правительства бывший эсер Вологодский, министр внутренних дел кадет Виктор Пепеляев и его брат—командующий Сибирской армией генерал Анатолий Пепеляев. В Сибирской армии к тому времени уже зрел антиколчаковский заговор, возглавлявшийся эсерами, которых Колчак отстранил от власти.
Эсеры со всей Сибири и Дальнего Востока стремились в Иркутск, ставший их политическим убежищем. Колчаковская контрразведка вела за ними слежку, и в целях их безопасности Яковлев создал специальное охранное отделение, которое работало против колчаковцев.
При эсеровской охранке был сформирован вооруженный отряд под командой капитана Решетника, который нес охрану губернского комиссариата, земства, кооперативных учреждений. В эту часть, представлявшую из себя армейский батальон, если не полк, вместе с эсерами входили бывшие красноармейцы, освобожденные Яковлевым из «эшелонов смерти», следовавших из Самары на расправу к атаману Семенову. Вскоре в нее влились и сдавшиеся в плен партизаны из отряда анархиста Каландаришвили. Отряд Решетника участвовал в усмирении крестьянских волнений, доходя даже до карательных акций. Там, где побывал отряд, партизанское движение усиливалось. Когда осенью 1919 года анархисты Нестора Каландаришвили захватили Александровскую тюрьму и освободили заключенных, решетниковцы преследовали беглецов. Из 600 бежавших более половины было уничтожено отрядом Решетника. Хотя Яковлев запрещал применять оружие и даже отдал под суд нескольких