Сведения, добытые людьми Яковлева, были использованы в подготовке боевых действий Народно-Революционной Армии под Волочаевкой и при освобождении Хабаровска от белых и японцев. Заслуги Яковлева были высоко оценены главкомом Уборевичем, но о полном прощении за его «колчаковское прошлое» речи не шло. Осенью 1921 года Яковлев пережил сильный душевный кризис и пытался покончить с собой. Он очень хотел вернуться на Родину, хотя соратники предупреждали его, что он будет арестован и расстрелян сразу после перехода через границу.
И все же весной 1922 года ему разрешили вернуться в Советскую Россию и гарантировали безопасность. Он был назначен заместителем начальника разведуправления Народно-Революционной Армии, а позже избран руководителем политпросвета Пятой Красной армии.
Разбросала жизнь сибирских эсеров-областников. Командующий Сибирской армией генерал Анатолий Пепеляев жил в Харбине и готовил высадку на Охотское побережье, чтобы в последний раз померяться силами с большевиками. Бывший председатель Временного правительства автономной Сибири П.Я. Дербер тихо прозябал в Москве, работая в кооперации. Бывший начальник контрразведки Сибирской армии Николай Калашников махнул на все рукой и уехал в Америку, а его друг, бывший министр Сибирского правительства по военным делам Аркадий Краковецкий работал в советской разведке
и вовсю старался для новых хозяев, предавая своих вчерашних соратников-эсеров.
12 марта 1923 года в Чите Яковлева арестовали. Его отвезли в Иркутск, где начали следственное дело по событиям 1918-1919 годов. Вскоре его перевозят в Новони-колаевск, откуда он по совету «доброжелателя»-чекиста написал покаянное письмо во ВЦИК с признанием своей вины и просьбой о помиловании. 23 декабря 1923 года его освободили и отправили в Москву, в распоряжение ОГПУ Тогда он вспомнил предостережения своих соратников — подумывал о побеге за границу, но осуществить план уже не было душевных сил. ОГПУ крепко держало его в своих руках, и он покорно выполнял все задания чекистов.
В столице Яковлев вел шпионскую работу против Дербера и других эсеров-областников, волею судеб оказавшихся в Москве, а также был секретным сотрудником экономического отдела ОГПУ в «Экспортхлебе».
Для ОГПУ он оставался врагом, и никакие положительные отзывы и рекомендации сибирских и приморских чекистов, обязанных ему спасением от смерти в 1918-1919 годах, не помогли. 26 сентября 1924 года Яковлев был арестован, а в январе 1925 года расстрелян без суда. Итог следствия был однозначен: «Вина не может быть заглажена ни раскаянием, ни работой в пользу Советской власти». Было ему 33 года. Его эсеровским сподвижникам по освободительному движению в Сибири Пепеляеву, Краковецкому и Дерберу сталинский режим даровал жизнь до 1938 года и казнил их вместе с их противниками Уборевичем, Блюхером, «сибирским Чапаевым» Иваном Стродом и многими другими.
В судьбе Анатолия Николаевича Пепеляева отразилась трагедия русского демократического офицерства, с восторгом принявшего Февральскую революцию и свержение монархии и поднявшегося против большевиков под лозунгом Учредительного Собрания. В условиях Гражданской войны офицеры-демократы были вынуждены выбирать из двух зол меньшее и оказались между двух огней. Убежденный монархист Василий Шульгин с жестокой душевной болью сказал: «Белое движение было начато почти что святыми, а кончили его почти что разбойники». Пепеляев верил в белое дело до тех пор, пока не понял, что плодами его побед воспользовались разбойники из окружения Колчака.
За независимую Сибирь
Анатолий Пепеляев родился в Томске 15 августа 1891 года в семье офицера. В 19-летнем возрасте он окончил Павловское военное училище в Петербурге и во время Германской войны командовал батальоном, три с лишним года не вылезал из окопов. После развала русской армии под Барановичами храбрый подполковник Пепеляев в конце декабря 1917 года приехал в Сибирь. Политически он был близок к эсерам — партии, выражавшей интересы крестьянства. После разгона большевиками Учредительного Собрания и заключения ими Брестского мира Пепеляев создал в родном Томске подпольную офицерскую организацию и установил связь с местными эсерами. Весной 1918 года начался мятеж Чехословацкого корпуса, и руководимая Пепеляевым организация при помощи чешских легионеров свергла томский Совет.
Беспредельно смелый, очень популярный в войсках, Пепеляев быстро сформировал из томичей полк и повел его на Красноярск. После взятия Красноярска к Пепеляеву присоединились дивизии барнаульцев, новониколаев-цев и красноярцев, и полк превратился в корпус, который подошел к Иркутску под бело-зеленым знаменем автономной Сибири. Местное эсеро-офицерское подполье ждало Пепеляева, он взял столицу Восточной Сибири без боя и отправился на Прибайкальский фронт. К тому времени корпус, пополненный иркутянами, вырос в Сибирскую армию, а сам Пепеляев стал генералом, освободителем Сибири от большевиков. Сибирскому генералу было всего 27 лет.