В то же время, раздав оружие населению, правительство в одночасье потеряло свою самостоятельность от общественных организаций. Теперь каждая партия и профсоюз имели свои вооруженные формирования. В июле во многих регионах страны возникли местные центры власти – Центральный комитет антифашистской милиции Каталонии, правительство Страны Басков, Совет Астурии и Леона, Арагонский Совет, Хунта Сантандера и др. В эти органы входили представители партий Народного фронта и анархисты. Советы и хунты пользовались широчайшей автономией. Особенное значение среди этих автономных районов играла Каталония, где было сосредоточено около 70% промышленного потенциала республиканской зоны. Колонны каталонский анархо-синдикалистов заняли большую часть провинции Арагон, где был создан Арагонский совет (первоначально – совет обороны, то есть военный, а не административный орган) во главе с Х.Аскасо, двоюродным братом погибшего анархистского лидера Ф.Аскасо. Арагонцы вдохновлялись опытом Махновского движения.
Истинным вождем движения здесь был Б.Дуррути. По его предложению Арагонский Совет принял собственную конституцию.
Анархо-синдикалисты практически безраздельно доминировали в столице Каталонии Барселоне. Перед анархо-синдикалистами встал выбор – добить всю старую социально-политическую и социально-экономическую систему и попытаться «установить» анархический коммунизм (как этого и требовали решения съезда в Сарагосе) или пойти на сотрудничество с другими антифашистскими силами в Каталонии и вне ее. После долгих и болезненных дискуссий июля-октября лидеры НКТ и ФАИ выбрали второе, отказавшись от установления «собственной диктатуры». По словам Г.Оливера «НКТ и ФАИ решились на сотрудничество и признание демократии, отвергая революционный тоталитаризм, который мог привести к удушению Конфедерации диктатурой анархистов». НКТ вошла в коалиционные органы власти – Центральный комитет Антифашистской милиции (ЦК МАФ) и правительство Каталонии (Генералидад).
С ростом влияния НКТ росла и его численность. В июле она достигла миллиона человек, сравнявшись с численностью ВСТ. К 1938 численность НКТ выросла до двух с половиной миллионов.
Выступая на заседании секретариата ИККИ, А.Марти утверждал: «влияние анархистов имеет решающее значение для всей страны и даже для Мадрида, где находится правительство». Ларго Кабальеро понимал, что привлечение этой силы в единую систему, координируемую правительством, имеет решающее значение для сопротивления франкизму. В октябре эту точку зрения разделяли и коммунисты. А.Марти на заседании ИККИ заявил о необходимости «втянуть в работу государственного аппарата не только Каталонии, но и всей страны, анархистов. Это повысит в них чувство ответственности и сократит безответственную критику с их стороны… Борьба с ними перед лицом фашизма – это конец. Значит, не нужно останавливаться перед тем, чтобы уступить им кое в чем, а после победы мы с ними посчитаемся, тем более, что после победы мы будем иметь сильную армию». Надежды Марти оправдались лишь частично – войдя в систему власти, анархисты продолжали проводить те же преобразования, что и раньше, и остро критиковать коммунистов за стремление остановить социальную революцию. Решающее столкновение между коммунистами и анархо-синдикалистами произошло «до победы» и подорвало шансы на нее.
4 ноября в правительство Испании, сформированное Ларго Кабальеро из социалистов, коммунистов и республиканцев, вошли четыре синдикалиста: Х.Лопес (министерство торговли), Х.Пейро (промышленности), Ф.Монтсени (здравоохранения), Г.Оливер (юстиции). Кабинет Ларго Кабальеро стал правительством широкой антифашистской коалиции, которая просуществует до мая 1937 г.
Несмотря на то, что лидеры НКТ не считали возможным в сложившихся условиях полностью воплотить свою программу, они немедленно приступили к преобразованиям.
Анархо-синдикалисты ввели в Каталонии бесплатное медицинское обслуживание, сохранившее прежнее качество. После прихода к руководству министерством здравоохранения Ф.Монтсени бесплатное медицинское обслуживание стало вводиться по всей стране. Развертывались новые места для больных туберкулезом, укреплялась профилактика эпидемиологических заболеваний (несмотря на войну, в это время Испанию минули эпидемии), создавались детские медицинские учреждения. Вводились новые методы спасения раненых (включая переливание крови), которые предложили медики-интернационалисты. По словам Х.Томаса эти методы «произвели медицинскую революцию».
Оказавшись во главе министерства юстиции (по-испански это слово значит как право, так и справедливость), Г.Оливер начал с сожжения архива обвинительных актов. Министерство вело систематическую работу по наведению порядка в республиканских институтах, предотвращению инфильтрации в них сторонников франкистов. Соответствующее обращение министр отправил и ФАИ. Товарищи по движению, солидаризировавшись с поставленной Оливером целью, напомнили ему, что пока к членам организации не предъявлялось конкретных обвинений в шпионаже.