Следует отметить, что уже немало работников в те годы из Комитета уволились. Непопулярность Бакатина усилила отток кадров. Кроме того, сотрудники, имевшие право на неполную или полную пенсию по приказу нового председателя подлежали увольнению, а у кого выслуги лет не набиралось, списывались по статье «в народное хозяйство». На руководящие должности ставились, в основном, сторонники «демократов». Многие назначения проводились на личной основе. Профессиональные знания мало кого интересовали.
К Комитету госбезопасности Бакатин относился резко отрицательно. Он постоянно подчеркивал, что «традиции чекистов надо искоренять, чекизм как идеология должен исчезнуть». Его деятельность краткая по времени, но весьма разрушительная по содержанию, вызвала широкое недовольство оперативного состава. Впервые за всю историю органов госбезопасности дело дошло до образования в Комитете общественной организации, требовавшей отстранить Бакатина от должности.
В такое смутное время можно было выловить любую рыбку. За ней и бросился Калугин. Первым делом постарался убрать из КГБ тех людей, которые хорошо его знали и могли воспрепятствовать его целям. Он сразу же передал Бакатину перечень, примерно, двадцати фамилий работников, которым можно доверять и значительно больший список тех, кто мог якобы выступить в защиту «старого режима» и кому верить нельзя. Вторым объектом стал архив КГБ — надо срочно уничтожить все компрометирующие материалы на себя и «колумбийского» друга. Эти цели также преследовал подготовленный Бакатиным проект Указа президента о восстановлении Калугина в звании генерала в запасе и возвращении государственных наград. Все материалы, на основе которых готовился прежний Указ того же президента о лишении, были признаны сфальсифицированными «путчистами» и подлежали уничтожению. Через неделю Указ был согласован с Горбачевым и подписан, уголовное дело прекращено за отсутствием события преступления. Но слишком откровенные действия Бакатина по защите своего сторонника получили тайное противодействие. Материалы на Калугина и Яковлева формально были уничтожены, но в целом сохранились. Такой вывод подтверждается известным «Письмом генералов КГБ А.Н. Яковлеву»: …Что касается разоблачительной информации, можете не обольщаться: ваши коллеги по стажировке в США не сумели ее уничтожить. Можете поверить нам на слово: в КГБ никогда и ничего не пропадало. Мы заблаговременно позаботились о том, чтобы ничего не пропало.
5 декабря 1991 года Бакатин передал американскому послу Роберту Страусу схемы расположения техники для съема информации в новом здании посольства США в Москве. Американцы таким действием председателя КГБ были крайне удивлены и долго не могли поверить в искренность намерений, выдвигая различные предположения. Одним из них было то, что часть технических устройств умышленно оставлено для дальнейшего контроля и усыпления бдительности американских спецслужб.
Возмущение многих людей акцией Бакатина, нашедшее выражение в прессе, было настолько сильным, что 23 декабря против Бакатина возбудили уголовное дело по обвинению в измене Родине. На все обвинения он отвечал ссылками на согласие, полученное «наверху», явно намекая на Горбачева. Об одной из версий, объясняющей причины передачи Бакатиным техники, расскажу в последующей главе.
Оперативный состав откровенно беспокоился о том пределе, до которого Бакатин мог дойти в своей «откровенности» со спецслужбами противника. И не напрасно. Олдрич Эймс, находившийся в эти годы на связи в резидентуре советской разведки в Вашингтоне, после ареста и осуждения в 1994 году за шпионаж в пользу России, рассказывал, что он был напуган возможностью своего разоблачения, когда КГБ «для разрушения» возглавил Бакатин. Пока Крючков находился у власти ему ничего не угрожало, но теперь у него такой уверенности не было».
После 107 дней разрушения системы государственной безопасности, раздробления функций Комитета и образования самостоятельных структур, Бакатин был снят с должности председателя КГБ СССР, оставив о себе крайне отрицательное мнение. Он нашел временное пристанище в одном из многочисленных, возникавших как грибы после теплого дождя, фондов — фонда «Реформа».