Маклин исполнил просьбу и весной 1979 года передал ему письмо от Селены. Кук к этому времени был осужден на семь лет и отбывал наказание в одном из лагерей в Сибири. Она писала, что на допросах мужа в Лефортовской тюрьме его “безосновательно подозревали как американского шпиона”. Следователи настойчиво интересовались деталями первой встречи Кука с Калугиным в Нью-Йорке: “Они не могли поверить, что это была случайная встреча, и хотели знать, как мы нашли вас”. Из письма Калугину стало ясно, что Кука не смогли уличить в шпионаже и засадили в тюрьму за валютные операции. Такое осуждение Кука устраивало — он явно опасался своего разоблачения, и отсидка за уголовщину сохраняла ему жизнь.
На Калугина письмо произвело удручающее впечатление. Он понял, что попал вместе с Куком по неизвестным причинам под серьезное подозрение в шпионаже. Он решил обратиться напрямик к своему “покровителю” Андропову, предполагая, что тот в курсе происшедшего, и мог бы решить этот вопрос каким-то образом в пользу Калугина. Надо сказать, что данный шаг Калугина явился настолько ошибочным и роковым для него, что позволяет сделать трудноопровержимый вывод о его просчете как профессионального разведчика, переоценке своих способностей и, как свойственно подобным личностям, недооценке противника.
Переписка Кука с женой велась, как они двое предполагали, по нелегальному каналу, и поэтому излагали свои мысли “открытым текстом”. В действительности же канал был создан контрразведкой, и вся переписка с самого начала негласно контролировалась. В одном из писем Кук сообщил жене, что помочь ему сможет “только студент” — так он условно назвал Калугина.
Маклин, выполняя договоренность с Калугиным, написал письмо Владимиру Крючкову с просьбой ходатайствовать перед Андроповым о пересмотре дела Кука. Калугин, в свою очередь, обратился к Андропову через своего непосредственного руководителя Крючкова с просьбой о помиловании Кука, одновременно настаивая признать подозрение в шпионаже безосновательным.
Здесь следует отметить, что с момента возникновения подозрений в отношении Калугина еще во время разработки Кука все материалы докладывались Андропову — слишком велика опасность иметь действующего агента ЦРУ во главе важнейшего управления разведки.
Андропов согласился вновь заняться делом Кука, хотя это противоречило сложившейся в КГБ практике, и должно было насторожить Калугина — принятое решение без вновь открывшихся обстоятельств не пересматривалось. Он не смог разгадать тонкой уловки главы КГБ, который, как видно, хорошо его понимал и правильно рассчитал, что Калугин может в состоянии безысходности совершить ошибку и невольно дать ответы на многие неясные вопросы. Однако сам Калугин в книге утверждает, что решение Председателя явилось шагом, предоставлявшим ему возможность, как необоснованно заподозренному московскими контрразведчиками во главе с Алидиным, опровергнуть подозрения в свой адрес.
Приняв Калугина у себя в кабинете, Андропов дал ему указание изучить уголовное дело на Кука и доложить свое мнение. Объемистые тома легли на стол Калугина. Из них он понял, что с Куком в Москве поддерживались агентурные отношения, и в последние годы он стал разрабатываться Московским УКГБ по шпионажу в пользу США. Его подозревали в том, что он двойной агент и по заданию ЦРУ вошел в сговор с Калугиным в Нью-Йорке в 1959 году. Переданные им технология производства твердого ракетного топлива и его образец, как было установлено советскими учеными и определено промышленностью уже в 1966 году, оказались ложным путем, тупиковым вариантом и привели к ущербу в размере 80 миллионов рублей. Для того времени весьма значительная сумма. В делах имелись протоколы допроса, из которых было видно, что следователи настойчиво интересовались отношениями Кука и Калугина, деталями их нью-йоркской встречи.
Однажды, в процессе разработки, к Куку был направлен под видом курьера ЦРУ агент КГБ, заявивший ему о том, что он “не выполняет задание ЦРУ, уклоняется от встреч и, вероятно, забыл свои обязанности”. Кук “курьеру” не открылся, но и не доложил о нем оперативному работнику, у которого находился на связи. Подозрения контрразведчиков усилились.