В 1990 году КГБ, как по линии разведки, так и по линии контрразведки, получил от нескольких разных проверенных источников крайне настораживающую информацию. По оценкам западных спецслужб, Яковлев занимает выгодные для Запада позиции, надежно противостоит «консервативным» силам в Советском Союзе и на него можно твердо рассчитывать в любой ситуации. Одному американскому представителю было поручено провести с ним беседу и прямо заявить, что от него ждут большего. Поэтому информация была расценена КГБ как весьма серьезная. Материалы свидетельствовали о том, что американцы рассматривали Яковлева в качестве своего агента. Председатель КГБ СССР Крючков вынужден был доложить Президенту Горбачеву суть дела и получить согласие на тщательную и срочную проверку всех материалов. Самостоятельно Крючков решения принять не мог, так как Яковлев являлся членом Политбюро и Секретарем ЦК КПСС. Реакция Горбачева оказалась неожиданной. Придя в себя от сильного смятения от этого известия и задав Крючкову несколько вопросов, он дал указание «поговорить с Яковлевым напрямую, посмотреть, что он на это скажет». Крючков, возражая, пытался убедить в несуразности такого решения, что это предупредит Яковлева и не позволит никогда узнать истину. Но решение Президентом было принято. Его пришлось исполнять.
Крючков дважды разговаривал с Яковлевым, но в ответ тот только тяжело вздыхал и молчал. Ему было дано время подумать. Горбачев с Яковлевым не разговаривал и мер не принял. Молчал и Яковлев.
Свидетелем встреч Крючкова с Яковлевым по просьбе Горбачева должен быть Болдин. С чувством горечи вспоминая об этом, он пишет, что «генсек» поручил одному члену Политбюро ЦК сообщить о подозрениях в связях со спецслужбами и потребовать объяснений от другого члена Политбюро, Секретаря ЦК. И каким образом? В частном разговоре!
— Признаться, я думал, а что бы сделал сам, оказавшись под подозрением КГБ. Если бы Крючков сказал, что у него имеются материалы такого рода обо мне, я непременно пошел бы к Горбачеву, рассказал о предъявленном обвинении и потребовал разобраться. А до тех пор, пока нахожусь под подозрением, сложил с себя все полномочия. Вот что можно и нужно было сделать в подобной ситуации. Но, когда спустя некоторое время я спросил Горбачева, приходил ли к нему Александр Николаевич для объяснений, тот ответил: Нет, не приходил.
Как далее вспоминает Болдин, первое время Горбачев ограничил количество особо секретных документов, рассылаемых по особому списку Яковлеву. После ухода Яковлева из Политбюро в руководители Группы консультантов при Президенте и вовсе перестал направлять ему сколько-нибудь секретные материалы. Горбачев не дал согласия на проверку агентурных данных, по мнению Крючкова, потому, что «генсек» прочно связал свою судьбу с Яковлевым». Конечно, проверка материалов, полученных от надежной агентуры, только бы их подтвердила и в этом случае от принятия серьезных мер Президенту деваться было бы некуда. Вероятны арест и следствие. Скорее всего, такой поворот дела по каким-то причинам не был выгоден Горбачеву в те смутные для него времена.
История с Яковлевым впервые была опубликована в открытой печати 13 февраля 1993 года. Газета «Советская Россия» поместила статью Крючкова «Посол беды», вызвавшую весьма широкий резонанс в обществе. Прочитав ее, Яковлев по понятным причинам отрицал даже сам факт беседы с ним Крючкова по поводу агентурной информации. В данном случае налицо явное лукавство, грешит Александр Николаевич. Факт беседы прямо подтверждается Болдиным и косвенно Горбачевым.
Начальник Генерального штаба СССР маршал Ахромеев в беседе с тем же Болдиным также подтвердил, что военная разведка располагала по Яковлеву приблизительно такими же данными, что и КГБ. Вопрос о сотрудничестве Яковлева с американскими спецслужбами так и повис в воздухе, ни Горбачев, ни Яковлев в беседах с Крючковым его не поднимали. Отношения между Горбачевым и Яковлевым не претерпели никаких изменений, они по-прежнему оставались в высокой степени доверительными.
Однако в связи с публикацией статьи Генеральная прокуратура Российской Федерации, возглавляемая тогда Валентином Степанковым, провела расследование. Были допрошены в качестве свидетелей Горбачев, Бакатин, Калугин, Шебаршин, другие бывшие работники КГБ. Но уже 18 июля 1993 года Генеральная прокуратура вынесла постановление о прекращении уголовного дела по фактам изложенным в статье Крючкова за отсутствием события преступления.