Кордова переживает время «великой смуты», как называли андалусцы 20-е — 30-е годы XI в. Воспользовавшись отсутствием крепкой власти в Андалусии, на полуостров переправились отряды североафриканских берберов, прельщенные рассказами о богатстве столицы андалусцев. Берберы направились к Кордове и осадили ее. Горожане пытались обороняться, но у них не было ни вооружения, ни продовольствия, ни полководцев, так как все, кто имел оружие и коня, бежали из города. Берберы захватили Кордову, разграбили ее, подожгли и разрушили загородные резиденции халифов — города аз-Захира и аз-Захра, построенные Омейядами и аль-Мансуром. В огне пожаров сгорели знаменитые кордовские библиотеки, где хранились сочинения не только андалусских, но и восточных арабских прозаиков и поэтов, переводы на арабский язык трудов великих античных ученых.
Захват Кордовы берберами, которые вскоре оставили город и вернулись в Северную Африку, положил окончательный конец власти омейядских халифов в Андалусии, где почти каждый город представлял собой отдельный самостоятельный эмират. Среди этих крошечных государств наиболее значительными были Сарагоса, где правили эмиры из рода Бану Худ, Севилья, находившаяся под властью эмиров из рода Бану Аббад, в Кордове установилась своеобразная патрицианская республика, во главе которой был род Бану Джахвар.
В канун XI в. Кордова была захвачена аль-Мутамидом, эмиром Севильи из рода Аббадидов, который сумел объединить под своей властью обширные области юга и центра Андалусии. При аль-Мутамиде, который собрал при своем дворе наиболее известных и талантливых поэтов и ученых Андалусии, бежавших из разоренных смутой областей, Севилья стала крупнейшим культурным центром Андалусии, особенно после захвата Сицилии норманнами, когда в столице Аббадидов нашли приют многие сицилийские мусульмане.
Однако расцвет аббадидского эмирата был недолгим. В это время после бесконечных феодальных усобиц и распрей между различными правителями Магриба (Северной Африки) в Марокко образовалось арабо-берберское государство Альморавидов (от слова «аль-мурабитуна» — борцы за веру). Берберы, казалось бы, естественные союзники андалусцев в их борьбе против христиан, стремились, однако, захватить владения андалусских эмиров.
Когда аль-Мутамид вместе с другими эмирами, потерпев поражение в битве с королем Кастилии, попросил о помощи Юсуфа ибн Ташуфина, предводителя Альморавидов, тот переправился в Андалусию с огромным войском, разбил христиан при Заллаке (1086 г.), а затем овладел землями не только эмира Севильи, которого отправил в изгнание в североафриканский город Агмат, но и многими другими андалусскими городами, и принял титул халифа.
После победы Альморавидов темп реконкисты несколько замедлился, но вскоре христиане вновь захватили Сарагосу (1118 г.), Лиссабон (1147), Алракос (1195) и многие другие города и области.
В XII в., когда короли и князья христианской Испании были заняты внутренними усобицами, мелкие андалусские правители попытались укрепить свою власть и восстали против альморавидского халифа. Образовавшиеся в Кордове, Мурсии, Валенсии, Бадахосе, Альгарве мусульманские государства платили дань королю Кастилии. В 1150 г. эмир Бадахоса, с согласия других андалусских эмиров, призвал на помощь берберов-Альмохадов (от слова «аль-муваххидуна» — сторонники единобожия), сменивших в Северной Африке династию Альморавидов, и войска вождя Альмохадов Ибн Тумарта захватили почти всю Андалусию.
Власть мусульман, казалось бы, надолго упрочилась после их победы в битве при Аларкосе в 1195 году, однако уже в 1212 г. испанцы разбили андалусские войска при Лас Навас де Толоса, и с этого времени уже никакие усилия не могли сдержать натиск реконкисты. С 1236 по 1262 г. мусульмане потеряли почти все свои земли с городами Кордова, Валенсия, Севилья, Кадис, Картахена, Хаэн и другие.
Из всех обширных владений мусульман остался лишь Гранадский эмират, куда, кроме Гранады, входили Малага и Альмерия. Двухсотлетнее правление гранадских Насридов оказалось завершающим этапом развития мавританской культуры. Окруженное со всех сторон врагами, маленькое мусульманское государство то платило дань кастильским королям, то становилось временно независимым, с помощью североафриканских единоверцев одержав верх в многочисленных сражениях с христианами.
И наконец в 1492 году, после объединения Испании Фердинандом и Изабеллой Католическими и победоносного наступления испанских войск, последний мусульманский андалусский правитель эмир Боабдил (сокращенная форма имени Абу Абдаллах) покинул Гранаду.