В 1899 году он кончает гимназию и под влиянием отца поступает на естественный факультет.
С 1899 по 1906 год Белый проводит летние месяцы в имении «Серебряный Колодезь» Тульской губернии. В книге «Записки чудака» (1922) он приписывает этому месту огромное влияние на свою судьбу. Старый дом с девятью окнами, окруженный тополями, стоял на холме; под холмом протекала речка; темная липовая аллея шла от дома вбок; сад кончался канавою; за ней начинался склон, на противоположной стороне которого высились дикие скалы. Дальше расстилались поля золотой ржи.
«Стоя посередине плато, — пишет Белый, — я не видел оврагов; как взор, по равнинам текли мои мысли в разбегах истории; стлались они подо мной. Все „Симфонии“ возникали отсюда — из этого места: в лазури небес, в шумном золоте ржи (и впоследствии написался и „Пепел“ отсюда)… Когда „Серебряный Колодезь“ был продан, изменился от этого стиль моих книг: архитектоника фразы тяжелого „Голубя“ (роман „Серебряный Голубь“) заменила летучие арабески „Симфонии“… Здесь некогда перечитывал я Шопенгауэра… Возникли здесь именно все источники знаний; продумывал я здесь „Символизм“; приходил Заратустра ко мне: посвящать в свои тайны».
Белый 1922 года, прошедший антропософскую школу в Дорнахе, истолковывает свое прошлое как путь к «тайному знанию»: ему кажется, что еще в юности, на равнинах «Серебряного Колодца», он слышал таинственный голос, звавший его к высокой цели. «Переживания летних закатов во мне вызывали: чин службы; справлял литургию в полях, и от них-то пошли темы более поздних „Симфоний“… В эти годы внимательно я изучил все оттенки закатов… До 1900 года светили одни: после вспыхнули новые:
Освобожденный от позднейших антропософских комментариев, этот смутный мистический опыт ранней юности поражает своим сходством с переживаниями Блока тех же годов. Как и Белый, юноша Блок на равнинах Шахматова вглядывался в те же закаты, слышал тот же тайный зов и ждал Ее явления:
Раздвоение — трагическая судьба Белого. В университетские годы раздвоение раскрывается в несоединимости двух миров, в которых он живет: мира искусства и мира науки. «Первый месяц по окончании гимназии, — пишет он, — не месяц отдыха, а месяц труда, сомнений от роста „ножниц“ и ощущения, что „ножницы“ несмыкаемы. С одной стороны — работа над драмами, „симфониями“, „мистериями“, с другой — гистология, сравнительная анатомия, ботаника, химия. Нужно соединить несоединимое, найти примирение противоречий, создать теорию двуединства». Белый хочет обосновать эстетику как точную экспериментальную науку и даже придумывает для себя термины, вроде «эстетико-натуралист» или «натуро-эстет». Эти построения не встречают никакого сочувствия в кругу Соловьевых, а профессора естественного факультета отмечают охлаждение студента Бугаева к лабораторным занятиям Действительно, ему трудно сосредоточиться на гистологии и анатомии, так как в это время он «усиленно самоопределяется как начинающий писатель» и разрабатывает план мистерии «Пришедший». Первый набросок восходит к весне 1898 года. Он был переработан в 1903 году и появился в «Северных Цветах». О происхождении этой мистерии Белый рассказывает в «Записках чудака».
В гимназические годы церковные службы воспринимались им как театральное зрелище: дьякон с дьячком казались какими-то жрецами и стояние в церкви его тяготило. Он всегда думал, что где-то есть иное служение, с которым он связан. И вот раз на Страстной неделе ему было послано видение. «Как будто церковь оборвалась одною стеною в ничто: я увидел конец (я не знаю, чего — моей жизни иль мира?), но будто дорога истории упиралась в два купола— Храма; и толпы народа стекались туда. Увиденный Храм я назвал про себя „Храмом Славы“, и мне показалось, что этому Храму угрожает Антихрист. Я выбежал, как безумный, из церкви… Вечером, в своей маленькой комнатке, набросал я план драмы-мистерии и его озаглавил „Пришедший“; и скоро потом набросал я весь первый отрывок (несовершенный до крайности); драмы я не окончил».
После мистерии были написаны две весьма дикие драмы, которые читались только Сереже, потом начата поэма в прозе в форме «Симфонии» и уничтожена; наконец, стихи.
Но и естествознание «остро врезается» в сознание Белого; он много читает, желая овладеть фактами точных наук. В ноябре 1899 года на физическом семинарии он выступает с рефератом: «О задачах и методах физики»; посещает лекции Мензбира, Тихомирова, Зографа, Сабанеева. С наукой ему не везет: придирчивость одного профессора отталкивает его от занятий микробиологией; в лаборатории другого для него не находится места. Ему навязывают «глупое» зачетное сочинение «Об оврагах». Так срывается двуединство науки и искусства. Химия и анатомия побеждены — философией Ницше.
«С осени 1899 года, — пишет Белый, — я живу Ницше; он есть мой отдых, мои интимные минуты, когда я, отстранив учебники и отстранив философию, всецело отдаюсь его фразе, его стилю, его слогу». Новый, 20-й век начался для Белого под знаком Ницше.
Оглядываясь на последние годы уходящего столетия, поэт характеризует их меняющимся колоритом атмосферы. «С 1896 года, — пишет он, — видел я изменение колорита будней: из серого декабрьского колорита явил он мне явно февральскую синеву… Это было мной пережито на перегибе к 1897 году; предвесеннее чувство тревоги, включающее и радость и боязнь наводнения, меня охватило… Переход же к 1899 году был переходом от февральских сумерек к мартовской схватке весны и зимы. 1899–1900 годы видятся мартом весны моей. С 1901 года я уже вступаю в мой май…»