Когда Пушкарский приказ выделился в самостоятельную структуру, в числе его сотрудников числились: один боярин (руководитель) и два дьяка (управляющие столами). Таких столов сначала два. Один отвечал за изготовление пушек и колоколов в Москве и, буде надобно, в других городах, а второй занимался вопросами формирования «крепостного наряда» – т. е. строительства, вооружения и обеспечения всем необходимым строящихся крепостей. Впоследствии сфера управления Пушкарского приказа была расширена. Как сообщает немецкий путешественник Адам Олеарий в своих «Записках о путешествии в Россию», относящихся ко второй половине XVII в., «Пушкарский приказ, которому подведомственны все, кому приходится заниматься орудийным и колокольным литьем и вообще военными вооружениями. Таковы литейщики, кузнецы, точильщики сабель; пушкари, мушкетёры, мастера ружейные и пистолетные; не только суд и расправа, но и выдача жалованья им производятся здесь. Начальником здесь, на место безбожного Петра Тихоновича, поставлен боярин князь Юрий Алексеевич Долгорукой».
Не следует думать, что под началом всего трех человек находилось управление столь важным для государства производством. Дьякам, которые возглавляли столы, требовались, в свою очередь помощники – подъячие, а тем целый отряд чиновников поменьше рангом – стряпчих. Многочисленные распоряжения этой гвардии бюрократов предавали бумаге и скрепляли печатями писцы. Чтобы разместить где-то такое количество управленцев, требовалось дать им «в приказ» какое-то здание. Пушкарский приказ несколько раз менял свое месторасположение, однако в силу своей значимости для обороны государства в рассматриваемое время он, судя по всему, находился на Ивановской площади в Кремле, вместе с Разрядным, Стрелецким приказами и Оружейной палатой.
Под началом Пушкарского приказа находилось еще несколько мануфактур, обеспечивавших производство вооружений и боеприпасов. Среди них можно назвать т. н. «Ствольную мельницу» – первый в России специализированный завод по производству стрелкового оружия, построенный в 1648 г. на берегу Яузы, особый Гранатный двор, располагавшийся у Никитских ворот в Москве и специализировавшийся на изготовлении снарядов к пушкам и пороховом производстве.
Первый пороховой завод («Зелейная мельница») был построен в Москве в 1494 г. В первой половине XVI в. московский Пороховой двор, подчинявшийся Пушкарскому приказу, находился неподалеку от Пушечного двора на реке Неглинной около Успенского оврага, в «Алевизовском дворе». В то время это был крупнейший в стране центр «зелейного» производства, с большим числом работающих. Свидетельством служит летописный рассказ о произошедшем здесь в 1531 г. пожаре, во время которого погибло «болею двухсот человек» мастеров и работников. Во второй половине XVI в. крупные «зелейные дворы» работали в Пскове, Вороноче, Острове, Костроме, Коломне, Серпухове, Муроме, Боровске, Туле, Переяславле-Рязанском.
Здание Гранатного двора на Большой Никитской улице.
Наконец, именно Пушкарский приказ ведал вопросами подбора и приема на работу мастеров, учеников, утверждением смет на изготовление новых орудий, закупкой необходимых для этого материалов, расчетом с мастерами и учениками, выдачей разного рода «дач» и «царских подарков» сотрудникам своей отрасли.
Процесс производства пушек и колоколов на Пушечном дворе начинался с получения царского указа – отлить такое-то количество изделий такого-то веса и размера. Причем часто в указе содержалось требование изготовить орудие того или иного «чертежа» или «образца». Дело в том, что оправдавшие себя конструкции тех или иных изделий Пушечного двора тщательно фиксировались и вносились в специальный реестр – «Роспись пищальных образцов старого и нового завода» и ряд других аналогичных документов, позволявших копировать уже изготовленные артиллерийские образцы. Затем мастер, которому было поручено выполнение заказа, должен был подготовить детальную смету («сказку») требуемых для изготовления материалов, деталей, механизмов. Изучение этих «сказок», между прочим, показывает, что мастера при их составлении часто пользовались некими справочными материалами, руководствами по литейному делу, которые, по-видимому, имелись в Пушкарском дворе. Это рождает у историков догадку, что в данной мануфактуре имелась своя, не дошедшая до нас подсобная техническая библиотека. Под это «техническое задание» начинали готовить необходимые по размеру плавильные печи и формовочные ямы.