1992. Открытое письмо президенту Борису Ельцину об опасности межнациональных проблем в странах Содружества — бывших республиках СССР. Участие в качестве гостя в работе VI съезда народных депутатов России. Публикации в связи с конституционным кризисом в России.
1993. Выступления в прессе о гражданской войне в Таджикистане, о кризисе власти в России, о роспуске Верховного Совета, о выборах в первую Государственную Думу, о принятии новой Конституции России. Полемика с Владимиром Максимовым. Пресс-конференция в информационном центре ООН в Москве. Личный гость Генерального секретаря ООН Бутроса Гали на Всемирной конференции по правам человека в Вене.
Елена Боннэр: «Смутная ночь с 3 на 4 октября 1993 года. Я тогда лежала в гриппе. За несколько дней до того в „Правде“ были опубликованы фамилии нескольких людей с указанием их номеров телефонов и с почти прямым призывом расправиться с ними. Значилась там и я. И сразу у меня резко возросло число телефонных звонков с угрозами. Андрей и Юрий Самодуров (исполнительный директор Общественной комиссии) решили, что меня надо охранять. Все трое мы провели ночь, уставившись в телевизор…» (подробнее см. в Приложении 10 «Памяти Андрея Малишевского»).
1994. Выступление на научно-практической конференции, посвященной А. Д. Сахарову. Открытие Архива Сахарова. Выход из Комиссии по правам человека при Президенте РФ в связи с началом войны в Чечне. Публикации и выступления против войны в Чечне. Подготовка и издание книги «Дочки-матери» в России.
1995. Выступление по поводу войны в Чечне перед Комиссией США по безопасности и сотрудничеству в Европе. Выступление во Дворце Наций в Женеве на 51-й сессии Комиссии ООН по правам человека. Обращения к российским политикам в связи с захватом заложников в Буденновске. 1994–1995 — исследование родословной А. Д. Сахарова
1996. Подготовка и издание книги «Вольные заметки к родословной Андрея Сахарова» [7]. Открытие Музея и общественного центра им. Андрея Сахарова в Москве. Призывы голосовать на президентских выборах за Григория Явлинского. Выступления против войны в Чечне.
Из книги Елены Боннэр [7] о родословной А. Д. Сахарова:
«Эти заметки — не родословная Андрея Сахарова. В них не использовано многое из собранных материалов, касающееся непрямых его предков. Но я стремилась максимально подробно рассказать о тех, кого он знал, о ком упоминает в книге „Воспоминания“. О том, что, на мой взгляд, взволновало бы его. Мой выбор, моя воля, поэтому они „вольные“. Внутренне — я писала их для него. Внешне — получилось для тех, кому интересна автобиографическая книга Сахарова. Заметки существенно дополняют ее первую главу и исправляют имеющиеся в ней неточности…».
«Екатерина Алексеевна (будущая мать Андрея Сахарова) родилась 23 ноября 1893 года. Крещена 30 ноября в Крестовоздвиженской церкви села Кошары Белгородского уезда». Её родители Алексей Семенович Софиано и Зинаида Евграфовна Муханова. «1 ноября 1890 года А. С. Софиано женится вторично, на Зинаиде Евграфовне Мухановой, которая была моложе его на 16 лет. Ее отец Евграф Николаевич Муханов (прадед Андрея Дмитриевича), отставной штабс-капитан, белгородский мировой судья и уездный предводитель дворянства, происходил из старинного, широко разветвленного рода Мухановых (Тверская линия)… Екатерина Алексеевна училась в Москве в Дворянском институте. Несколько месяцев после революции преподавала гимнастику и в 1918 году вышла замуж за Дмитрия Ивановича Сахарова. До замужества жила в семье родителей в Белгороде и в Москве, кроме двух или трех зимних голодных и холодных месяцев 1918 года, когда она перешла жить в семью Гольденвейзеров…»
Девичья фамилия его матери — Софиано — обсуждалась нами неоднократно, потому что она трижды встречается у Пушкина.
В октябре 1824 года из Михайловского Пушкин пишет Жуковскому: «…8-и летняя Родоес Софианос, дочь Грека, падшего в Скулянской битве Героя, воспитывается в Кишиневе у Катерины Христофоровны Крупенской, жены бывшего Виц-Губернатора Бессарабии. Нельзя ли сиротку приютить? Она племянница Рускаго полковника, следств. может отвечать за дворянку. Пошевели сердце Марии, поэт! и оправдаем провидение». 29 ноября Пушкин вновь обращается к Жуковскому: «Что же, милый? будет ли что-нибудь для моей маленькой гречанки? она в жалком состоянии, а будущее для нее и того жалчее. Дочь героя, Жуковский! Они родня поэтам по поэзии».