Посетовав на неразумные действия предков, которые возводили «хоромы», решил Болотов начать свою деятельность по переустройству хозяйства с дома: сделать его более удобным для жилья, а главное — для работы: нужно было разместить библиотеку, выкроить место для исследования растений и других объектов природы, поставить письменный стол с ящиками, где можно было бы хранить дневники, журналы, записные книжки. Хотелось Болотову построить новый дом по собственному плану на облюбованном им месте, но пока это ему было не по средствам. На первых порах он решил ограничиться переделкой старого дома. Не меняя особенно внутреннюю планировку, прорубил новые окна и двери, превратив подсобные помещения, в основном темные, в жилые комнаты, окна сделал больше. В последующем, до постройки нового дома в 1768—1769 гг., старый дом по мере изменения состава семьи переделывался еще два раза.
Другим необходимым хозяйственным, а вместе с тем и научным мероприятием посчитал Андрей Тимофеевич улучшение сада. Но если с переделкой дома все было ясно и не замедлили сказаться именно те результаты, которые он ожидал, то с садами дело оказалось посложнее. Во-первых, и знаний, а особенно опыта, у Болотова было маловато, а во-вторых, от начала дела до конечного результата здесь ой как далеко, и главное, этот результат (качество плодов) нельзя обнаружить в процессе роста дерева, с тем чтобы можно было вмешаться и кое-что исправить на ходу. Это уже потом Андрей Тимофеевич откроет закономерности, которые позволят ему еще в молодом сеянце видеть качества будущей яблони. А первые годы много труда, и своего, и крестьянского, понапрасну извел он в поисках истины.
Рис. 2. Внешний вид и план родительского дома (рисунок и чертеж А. Т. Болотова)
«Но ах, сколь мало знал я тогда, что я делал, и сколь мало все они [деревья] были того достойны! Мне и в мысль тогда не приходило, что я сажал сущую и такую дрянь, которая саду моему была пагубна и навек его портила, что я в последующее время тысячу раз тужить о том буду, что я ими, а не лучшими деревьями занимал тогда наилучшие места в саду этом... Но как бы то ни было, но я засадил весь мой сад сею, ни к чему годною и такою дряпыо, которая и поныне мне только досаду причиняет, и выросши с дубья, не только приносит плод ни к чему годной, но и дает плода так мало и приходит с ним так редко, что не один уж раз собирался я от досады все их вырубить. И многие действительно, нимало не жалея, рублю, режу и кромсаю, стараясь их, но уже поздно, превратить в лучшие и достойнейшие садов моих деревья. И за счастье себе еще почитаю, что накупил их тогда не так много, чтоб можно было мне напичкать ими весь мой сад часто, и что садил я их так редко, что между ними мог еще после помещать яблонки, воспитанные уже дома и родов лучших» [3 Там же. Стб. 346—347.].
Ошибки, о которых говорит здесь Болотов, были обусловлены следующим. Во-первых, желая ускорить закладку нового сада, произвел он посадку готовыми саженцами яблонь, полученными от посева семян. Во-вторых, в те времена придерживался Андрей Тимофеевич взглядов тех садоводов, которые считали, что яблоня, как и другие растения, строго передает свои признаки и свойства семенному потомству. Печальный опыт посадки сада в 1763 г. вынудил его в последующем изменить этот взгляд. Уже первое плодоношение в новом саду насторожило Болотова: плоды яблони ничем не напоминали плоды Украинской зеленки, из семян которой были выращены саженцы. Дальше — больше, тревога усиливалась: новые деревья, вступавшие в пору плодоношения, тоже не были материнским сортом. Причем все они отличались друг от друга не только плодами, но и строением дерева, формой и окраской листьев и другими признаками. Любознательного Болотова этот факт хотя и огорчил основательно как садовода, но, с другой стороны, весьма заинтересовал как ученого, и он решил провести строгий эксперимент. Собрав с одного дерева сорта Украинская плоскогузая зеленка достаточное количество яблок для получения большой партии семян, он высеял эти семена отдельно от других на специальной грядке. В течение многих лет вел тщательные наблюдения над растениями, с записью результатов в особом журнале.