«Молитве лучше всего учит суровая жизнь. Вот в заключении у меня была истинная молитва, и это потому, что каждый день был на краю гибели. Молитва была той непреодолимой преградой, за которую не проникали мерзости внешней жизни. Повторить теперь, во дни благоденствия, такую молитву невозможно. Хотя опыт молитвы и живой веры, приобретённый там, сохраняется на всю жизнь».
В лагере отец Иоанн многим запомнился внутренней силой, исходившей от него, и постоянством его добра. Один из заключённых вспоминал:
«Я помню, как он шёл своей лёгкой стремительной походкой — не шёл, а летел — по деревянным мосткам в наш барак. Его бледное тонкое лицо было устремлено куда-то вперёд и вверх. Особенно поразили меня его сверкающие глаза — глаза пророка. Но когда он говорил с вами, его глаза, всё его лицо излучали любовь и доброту. И в том, что он говорил, были внимание и участие, могло прозвучать и отеческое наставление, скрашенное мягким юмором. Он любил шутку…»
Его сердечная доброта впечатляла всех, и даже уголовники относились к нему тепло, называли его «наш батя». Сам же отец Иоанн видел в них не преступников, а людей, искалеченных их собственным грехом. Он проникался жалостью к несчастным, молился о них, и большинство из них было настроено к молодому священнику доброжелательно, чувствуя в нём неведомую для них глубину его христианской любви к людям. Вспоминая то время через много лет, уже будучи старцем, отец Иоанн писал: «Я бы Вам пожелал молить и просить о даровании любви. Чтобы любовь была тем компасом, который в любой ситуации покажет верное направление и любого человека превратит в друга. Это ведь тоже мной проверено, даже и в ссылке».
На вопрос о том, не обижался ли он на грубость и несправедливое отношение, чего в заключении было достаточно, батюшка реагировал замечательно: «Да когда же обижаться-то? Мне на любовь времени не хватает, чтобы на обиды его тратить».
Тяжкие труды на лесоповале подорвали его здоровье, и весной 1953 года отец Иоанн без его просьбы был переведён в инвалидное лагерное подразделение. В 1955 году досрочно освобождён.
А потом были годы трудов на разных приходах Псковской и Рязанской епархий, и всюду батюшка нёс в себе свет любви Христовой, согревавшей всех вокруг него. Нигде он долго не задерживался: частые переводы с одного прихода на другой (6 приходов за 10 лет) были связаны с отношением властей, которым, как и прежде, был нежелателен активный священник.
В 1966 году он принял монашество с именем Иоанн и вскоре был переведён в Псково-Печерский монастырь, где и прожил последние сорок лет своей жизни. В 1970 году посвящен в сан игумена, с 1973 года — архимандрит.
Почти сразу после того, как отец Иоанн поселился в Печорах, к нему стали приезжать за советом и духовным наставлением со всех концов страны и из-за границы. И, конечно же, к нему стремились его бывшие многочисленные прихожане.
Каждый день сразу после Литургии он начинал приём и продолжал его, с короткими перерывами на трапезу, до позднего вечера, а иногда и за полночь. По монастырю он не ходил, а почти бегал — впрочем, задерживаясь возле каждого, кто искал его внимания, и за это его с добрым юмором называли «скорый поезд со всеми остановками». Когда батюшка спешил, не имея времени расспрашивать и беседовать долго, то он иногда сразу начинал отвечать на приготовленный, но ещё не заданный ему вопрос и тем самым невольно обнаруживал свою удивительную прозорливость.
Архимандрит Иоанн был почитаем всей православной Россией как старец-духовник. Время его подвижнической жизни, когда он ежедневно принимал и утешал десятки человек, продолжалось более тридцати лет, почти до 90-летнего возраста.
Бывают наставники сдержанные, бывают суровые. А батюшка, как вспоминают видевшие его хотя бы раз, был весь любовь и радость…
С детства слабенького здоровья, часто болевший, всегда недоедавший, он никогда себя не жалел и даже просто не заботился о себе. И прожил 95 лет, причём до 90-летнего возраста был в силах и ещё служил. Сила Божия в немощи совершается (см. 2 Кор. 12, 9) и этим всё сказано. Сам отец Иоанн незадолго до кончины говорил так: «Божественная любовь, поселившаяся в маленьком, слабом человеческом сердце, сделает его великим, и сильным, и безбоязненным пред всем злом обезумевшего отступлением от Бога мира. И сила Божия в нас всё препобедит».
В последние годы из-за болезней отец Иоанн почти не вёл приёма, однако получал множество писем со всего света и на многие из них отвечал — или сам, или с помощью келейников.