Получив в 1681 году отпуск и приехав в Женеву, молодой военный и здесь показал себя отличным наездником и великолепным стрелком из лука. Родственники уговаривали его остаться, но он решительно отказался, заявив, что не может нарушить слово, данное им русскому государю.
Вернувшись в Россию, Лефорт не застал в живых царя Фёдора Алексеевича. Здесь уже от имени малолетних царей-братьев Ивана и Петра Алексеевичей правила их сестра царевна Софья. Его снова взял под своё покровительство фаворит Софьи – князь Голицын, известный своим пристрастием к европейской культуре. В 1683 году Лефорт дважды был повышен по службе: произведен сначала в майоры, а затем в подполковники. Эти события были отмечены шумными пирами в Немецкой слободе.
В 1687 и 1689 годах Лефорт участвовал в двух неудачных походах в Крым, однако после первого похода получил должность полковника и награду. Второй Крымский поход завершился в самый разгар борьбы между Петром и Софьей.
В августе 1689 года молодой царь, опасаясь ареста, уединился в Троице-Сергиев монастырь. 4 сентября вместе со своим родственником генералом Гордоном в монастырь к царевичу Петру пришёл Лефорт. С этого момента его судьба была неразрывно связана с деятельностью юного царя.
После смерти патриарха в 1690 году Пётр начал открыто посещать Немецкую слободу, где бывал в гостях сначала у Гордона, а затем всё чаще у Лефорта. При содействии Лефорта в его доме царь познакомился с Анной Монс, ставшей его фавориткой. «Именно здесь, в доме Лефорта, Пётр научился с дамами иноземными обходиться, и амур первый начал быть», – писал об этом позднее князь Куракин.
Однако небывалое по тем временам поведение русского государя поражало всех приверженцев старых русских обычаев. Но молодого царя это не смущало, его неодолимо тянуло ко всему западноевропейскому. Естественно, что Лефорт в знак дружбы получал различные милости царя. В 1690 году по случаю рождения царевича Алексея Петровича ему был пожалован чин генерал-майора и должность командира Первого Московского выборного полка.
В связи с частыми собраниями и пирами появилась необходимость расширить его небольшой дом на берегу Яузы. Пётр дал деньги на пристройку к зданию большой залы, отделанной с небывалым великолепием. Здесь были изумительные обои, дорогие скульптуры, шикарная мебель, обилие серебряной посуды, оружия, картин, зеркал, ковров и других предметов роскоши.
Лефорт писал родным в Женеву, что в его резиденции есть сад с прудами и парк, где содержатся различные дикие звери. У него было большое количество прислуги, «рабы и рабыни», которые им были «все освобождены». Бывая у своего друга, Пётр чувствовал себя легко и свободно. Здесь он отдыхал от надоевшего ему старого московского уклада.
Соотечественник Лефорта капитан Сенебье писал: «При дворе только и говорят о его величестве и о Лефорте. Они неразлучны… Пока Москва остается Москвой, не было в ней иностранца, который пользовался бы таким могуществом. Он приобрёл бы большое состояние, если бы не был так великодушен. Верно, конечно, что благодаря этому качеству он достиг такой высокой ступени. Его величество делает ему значительные подарки».
Действительно, ни одно дело, задуманное Петром, не обходилось без участия Лефорта. Он сопровождал Петра во всех его многочисленных поездках по стране. Благодаря налаженным связям с Женевой Франц стал по просьбе царя активно приглашать в Московию инженеров, кораблестроителей, оружейников и других специалистов со всей Европы, в которых в России ощущался недостаток.
29 июня 1693 года Лефорт был произведен в полные генералы. Он сопровождал Петра в двух его путешествиях в Архангельск в 1693 и 1694 годах и был назначен капитаном прибывшего из Голландии корабля. Однако «потешные» Кожуховские манёвры под Москвой чуть не обернулись для него трагедией: в плечо ему попал огненный горшок, начинённый четырьмя фунтами пороха, который обжёг ему шею и лицо, но генералу всё же удалось водрузить своё знамя на равелине укрепления «противника».
«Потешные» учения Петра были подготовкой к настоящей войне с Турцией и Крымом – к Азовским походам 1695 и 1696 годов, в которых Лефорт принимал активное участие. Он командовал корпусом во время первого штурма Азова 5 августа 1695 года и лично захватил одно из турецких знамён. После первого похода Пётр назначил его адмиралом русского флота.
Многие современники удивлялись этому новому назначению уроженца «самой сухопутной страны во всей Европе». Лефорт мало понимал в морском деле, но царь Пётр рассчитывал на его активность в создании русского галерного флота, предназначенного перекрыть турецким кораблям доступ к Азову. И эта задача была выполнена в ходе второго похода и взятия крепости 19 июля 1696 года.