В народе стремительное возвышение Меншикова приписывалось его сексуальной связи с царем, но подобные слухи сурово карались. Так, за это были подвергнуты аресту в 1698 году один из богатейших в стране предпринимателей купец Г. Р. Никитин, в 1702 году каптенармус Преображенского полка Бояркинский, а в 1718 году – управляющий имениями вельможи Кикина.
Во время Северной войны 1700–1721 годов Меншиков командовал крупными силами пехоты и кавалерии, отличившись при осаде и штурме крепостей во многих сражениях. В 1703 году, действуя с Петром I в устье Невы и руководя отрядом из 30 лодок, он одержал первую морскую победу над шведами, взяв на абордаж и пленив два неприятельских корабля – галиот «Гедан» и шняву «Астрильд».
За этот подвиг царь выбил медаль с надписью: «Небываемое бывает», а Меншиков получил одновременно с Петром в награду орден Святого Андрея Первозванного № 7, сам Пётр был кавалером ордена № 6. 10 мая 1703 года, за 6 дней до официального основания Санкт-Петербурга, Меншиков стал генерал-губернатором Петербурга.
Он руководил строительством новой столицы и Кронштадта, корабельных верфей на реках Нева и Свирь, Петровского и Повенецкого пушечных заводов. Он сформировал Ингерманландский пехотный и драгунский полки. В 1705 году стал кавалером польского ордена Белого Орла.
Летом 1706 года он командовал всей русской кавалерией и показал себя прекрасным кавалерийским начальником, одержав победу над шведско-польским корпусом под Калишем, ставшую первой победой русских войск в «правильной битве». Шведы потеряли несколько тысяч, а их командующий генерал Мардефельт попал в плен. В награду Меншиков получил жезл с драгоценными камнями и чин подполковника лейб-гвардии Преображенского полка, где полковником был Пётр I.
В 1702 году по ходатайству Петра он был пожалован титулом графа Священной Римской империи, а в 1705 году возведён вместе с потомством в княжеское достоинство Римской империи. 30 мая 1707 года он стал «князем Ижорской земли» с титулом «светлости».
В 1714 году Александр Данилович Меншиков был избран членом Лондонского королевского общества. Письмо о принятии его было написано лично Исааком Ньютоном, став первым русским членом Лондонского Королевского общества. Но Меншикова ни разу не рискнул упомянуть о своей принадлежности к Королевскому обществу не из скромности, а из опасения насмешек.
В первые годы Северной войны двумя ближайшими спутниками царя были Александр Меншиков и Марта Скавронская. Их сближало то, что они возникли из безвестности и познакомились еще до того, как Марта встретилась с Петром.
Возвысились в российском обществе они также вместе: он из придворного конюха превратился во всесильного князя, а Марта из крестьянской сироты стала императрицей, наследницей и преемницей Петра на российском престоле. Оба ненадолго пережили императора Петра I, который сотворил их. После смерти Петра сначала умерла императрица Екатерина, а могущественный светлейший князь Меншиков был низвергнут и вскоре умер в ссылке.
Остались только воспоминания, что это он стал фельдмаршалом, первым сенатором и князем Российской и Священной Римской империи. На известном портрете Меншиков изображен с высоким выпуклым лбом, умными сине-зелеными глазами, крепким носом и тонкими усиками.
«Улыбка его не менее загадочна, чем улыбка Моны Лизы: на первый взгляд открытая и добродушная, она, если присмотреться, кажется скорее холодной и надменной. Его взгляд, улыбка и весь его облик выдают расчетливую натуру и производят весьма неприятное впечатление. Одет этот, как назвал его Пушкин, „полудержавный властелин“ на европейский манер. На нем белый завитой парик, как у вельмож Людовика XIV, поверх стальной кирасы надет белый, расшитый золотом, с золотыми кистями кафтан. Шея повязана красным шелковым шарфом, а поперек груди широкая голубая лента ордена Св. Андрея Первозванного. Звезда этого ордена вместе со звездами польского ордена Белого Орла и других орденов украшают его кафтан. Словом, портрет человека незаурядного ума, неумолимого и властного».
Он был настоящим авантюристом, находчивым и дерзким, поэтому ему удавалось то, что другим невозможно. Эти качества подталкивали его к безудержному расхищению государственной казны, но одновременно спасали его от гнева возмущенного государя, который за это только бранил и бил его палкой, хотя других безжалостно казнил.
Сопровождая Петра I, Меншиков побывал в лабораториях и в мастерских Европы, научился изъясняться на ломаном голландском и немецком, приобрел поверхностный лоск и представление о светском этикете. Он схватывал всё иностранное на лету, он оставался русским до мозга костей – именно таким Пётр и хотел видеть своих подданных. Меншиков всей душой стремился вникнуть в новые идеи царя и порвать вслед за ним со старыми русскими обычаями, искренне помогая государю во всём.