После короткого предварительного расследования он был помещен в одиночную камеру в тюрьме на Шпалерной улице, откуда писал своему отцу. Сдержанно пытаясь утешить его – ведь все письма из тюрьмы внимательно просматривала цензура, – Замятин говорит, правда, без особой уверенности: «Твоя вера поможет тебе, дорогой мой отец, перенести горе. Меня оно, может быть, научит лучше верить». Человек, знавший отца писателя, упоминает, что горе действительно сказалось на Иване Дмитриевиче, здоровье которого ухудшилось в течение последующих лет. В том же письме Замятин сообщает отцу, что, когда его мать – по его просьбе взявшая на себя основные заботы по его освобождению – приедет в Петербург, она сможет узнать точное место его заключения от семьи Усовых, которых он характеризует как «очень симпатичных, простых людей» [Стрижев 1994: 104; Геллер 1997: 60]. Семья Людмилы состояла из ее матери Елизаветы Ивановны и сестры Марии Николаевны. Студентка медицинского факультета Мария Николаевна, как и ее сестра, также входила в состав РСДРП(б), и ее арестовали вместе с Борисом Крыловым, как и еще 70 других людей, на следующий день после Замятина. У Крылова был изъят печатный станок и 500 прокламаций. Людмила также едва избежала ареста в начале апреля 1906 года, и Замятин умолял ее не рисковать без необходимости, так как, если она попадет в тюрьму, он будет очень страдать. 17 апреля 1906 года Людмила обратилась в полицию с просьбой освободить ее сестру Марию, что в итоге и было сделано.
Официальное обвинение было предъявлено Замятину в последний день декабря 1905 года. Как позже выяснилось, его друзьям удалось вынести из его комнаты компрометирующие предметы, и в отчете полиции от 19 января 1906 года было написано следующее:
При обыске Замятина у него ничего предосудительного найдено не было, но ввиду нахождения его в этой квартире, куда он, по его словам, пришел как сотрудник газеты «Новая жизнь», для получения сведений для хроники газеты, из помещающегося здесь же «Бюро союза волокнистых веществ», не дает основания сделать какой-либо вывод о его участии в совершении государственного преступления, впредь до выяснения дознанием всех обстоятельств дела [Замятин 2011: 5, 99, сноска 20].
Тем временем его мать приехала в Петербург. Обратившись за поддержкой к князю А. Г. Гагарину, возглавлявшему Политехнический институт, в конце февраля она написала в Департамент полиции с просьбой о том, чтобы ее сына отпустили под домашний арест. При этом «случайную» связь сына с политическими радикалами она объясняла «молодостью и легкомыслием» [Там же].
В течение трех месяцев одиночного заключения Замятин делал заметки о книгах, которые прочитал. Среди них были философские трактаты и исследования – например, книга популярного немецкого психолога Макса Нордау «В поисках за истиной (Парадоксы)»[16]; он также читал художественную литературу (Золя, Сенкевича), занимался английским языком (который начал изучать в институте) и, по-видимому, написал несколько стихотворений. Опыт тюремного заключения, несмотря на физические неудобства, оказался не таким уж бесполезным. Он чувствовал, что это придало твердости его характеру, и испытал действие мощной стихии: