Предводители восставших в страхе сдались, и король проявил к ним милосердие. Госпатрик и даже убийца нормандцев Вальтеоф получили прощение и свои прежние владения, однако злопамятный Вильгельм ничего не забыл и отомстил им позже. Командиры датской армии так и не отважились на решительное сражение и бесславно скитались возле английских берегов. Зимой нормандское войско двинулось на Честер — последний еще не взятый город на севере Англии. Дожди, холод и отсутствие припасов заставили французских наемников поднять бунт, который король жестоко подавил, повесив зачинщиков. Для него и в самом деле все подданные были равны.
Честер пал, и Пасху 1069 года Завоеватель встретил в Винчестере. В этом году ему пришлось столкнуться с последним крупным восстанием, которое вспыхнуло в Болотном краю — своеобразном «острове» на стыке графств Кембриджшир и Норфолк, со всех сторон окруженном неприступной трясиной. Издавна власть там принадлежала богатым монастырям Или и Питерборо. В декабре 1069 года новый аббат Питерборо Торольд отобрал земли у своего вассала Хереварда. Тот обиделся и напустил на обитель датчан. Питерборо был сожжен, его богатства разграблены, а монахи проданы в рабство. Болотный край стал ареной партизанских подвигов Хереварда, который разбивал все посланные против него нормандские отряды. К нему бежали смещенные эрлы Эдвин и Моркар, которые до этого жили при дворе Вильгельма, получая все подобающие почести. Они уже мечтали о восстановлении англосаксонской монархии, но не могли решить, кому из них стать королем. С этими планами покончил мир Вильгельма с датчанами, которым надоело бесплодное пребывание в Англии. Осенью 1070 года нормандцы явились на болота. Херевард укрылся в Или, был предан монахами и бежал, но потом сдался и получил прощение. По одной версии этот отважный авантюрист мирно почил, дожив до глубокой старости, по другой — вернулся к прежней разбойничьей жизни и погиб в схватке. Моркара взяли в плен и заключили в нормандскую темницу, а молодой Эдвин бежал в Шотландию, но на самой границе его коварно убили три брата-крестьянина, доставившие его голову Вильгельму в надежде на награду. Он велел казнить доброхотов, а сам плакал над головой благородного эрла — неожиданный штрих к характеру грозного Завоевателя. Как многие представители англосаксонской знати, Эдвин пал жертвой затеянных не им интриг, и с ним закончился некогда могучий род Леофрика.
В 1069 году Вильгельм потерпел два поражения на континенте. Его шурин Балдуин Фландрский по неясным причинам разорвал союз с Нормандией и стал нападать на ее порты, существенно затрудняя сношения с Англией. В то же время окрепшие анжуйцы вновь захватили Мен. В 1070 году Вильгельм переправился через Ла-Манш с войском, причем среди его солдат были и англосаксы — впервые они сражались на континенте за дело Нормандской династии. После короткой войны Мен остался за Вильгельмом, но ему пришлось принести графу Анжу оммаж. В Англии в это время все было спокойно, если не считать короткого набега Малькольма Шотландского. На этот раз англосаксы не поддержали своего былого союзника, и даже эрл Госпатрик выступил против него.
К тому времени Вильгельм уже начал предъявлять претензии на английские земли — Лотиан и Камберленд, — захваченные шотландцами еще в 1018 году. В 1072 году Вильгельм собрал большое войско и пересек шотландскую границу. Малькольм не стал воевать: он принял короля как друга, принес ему оммаж за Лотиан и дал в заложники своего сына Дональда. После этого из Шотландии был выслан злосчастный этелинг Эдгар. Он отправился было во Францию, король которой обещал ему феод, но был выброшен бурей на английский беper. Вильгельм простил его и даже даровал тысячу акров земли в Хантингдоне. А вот верного Госпатрика, напротив, лишили владений и выслали — король не простил былой измены. В августе 1070 года умер архиепископ Стиганд, и на его место был избран Ланфранк, который сразу предпринял меры для восстановления былой славы английской церкви.
В 1075 году, когда Вильгельм опять находился на континенте, в Англии вспыхнуло новое восстание. На этот раз его подняли нормандские феодалы — граф Херефорда Рожер фиц Осберн и граф Восточной Англии Ральф де Вадер. Вильгельм старался не допустить объединения крупных владений и поэтому запретил Ральфу жениться на сестре Рожера Эмме. Возмущенные друзья подняли мятеж, но в короткой битве при Фагадуне были разбиты. Рожер попал в плен, а Ральф бежал в Данию и сумел убедить короля Свена вновь отправиться в поход. В это время невеста Ральфа обороняла от королевских войск крепость Норич, продержалась три месяца, но сдалась буквально за неделю до возвращения жениха с датским флотом. На этот раз военные действия были столь же вялыми — скандинавы явно утратили воинственный пыл викингов. Через два месяца Свен умер, а его сын Харальд поспешил заключить мир с Англией.