На момент коронации Генриха архиепископом Кентерберийским являлся честный и неподкупный Теобальд, и между ними царили самые теплые отношения. Тем не менее короля не устраивала та власть и независимость, которую приобрела церковь. По сути дела, она была государством в государстве. Генрих предпочел бы видеть на месте Теобальда более светского и сговорчивого человека. Выбор его пал на Томаса Бекета — как ему казалось, идеального кандидата на роль архиепископа. Бекет занимал должность королевского канцлера, был одновременно исполнительным и импозантным. И, что немаловажно, в вопросах церковной политики полностью солидаризировался с Генрихом. Это и решило дело. Генрих рассчитывал, что Бекет станет совмещать должности канцлера и архиепископа, одновременно занимаясь придворной жизнью, устраивая пышные церемонии и попутно решая все религиозные проблемы в нужном ключе. Чего еще желать?
Итак, в 1162 году с подачи короля Генриха Бекет становится тридцать девятым архиепископом Кентерберийским. Однако короля ждало жестокое разочарование. Сразу же после назначения поведение Бекета коренным образом поменялось. Он отказался от светской должности и полностью превратился в клирика, претендующего на роль духовного лидера страны. Генрих не верил своим глазам! Но чем больше он пытался подтолкнуть Бекета к сотрудничеству, тем ожесточеннее тот сопротивлялся. К 1164 году Генрих окончательно потерял терпение: он порвал с непослушным архиепископом и обнародовал Кларендонские конституции, которые, по сути, утверждали приоритет королевской власти над властью церковной. Поначалу казалось, что Бекет смирился, и Генрих уже праздновал свою победу. Но вдруг последовал неожиданный ход: Бекет отказался признавать конституции и удалился в добровольное изгнание.
Лишившись архиепископа Кентерберийского, Генрих попытался переадресовать его полномочия. В 1170 году он решил короновать старшего сына и объявить его своим преемником. Обычно эту церемонию проводил архиепископ Кентерберийский, но теперь король заменил его Йоркским архиепископом. Реакция Бекета была молниеносной и страшной: он пригрозил отлучением всего английского королевства от церкви (это означало закрытие всех церквей и запрет на функционирование всех религиозных институтов в стране). На сей раз он выиграл и 1 декабря 1170 года с триумфом вернулся в Англию. Нетрудно представить себе настроение Генриха. Атмосфера накалилась до предела, и тремя неделями позже разразилась буря. Бекет таки отлучил от церкви тех епископов, которые принимали участие в коронации, включая архиепископа Йоркского. Ярость Генриха была безмерна, он метался по комнате, сыпал проклятиями и, среди всего прочего, выкрикнул: «Неужели никто не может избавить меня от этого несносного святоши!» Четверо его рыцарей восприняли слова короля буквально. Они тут же поскакали в Кентербери и убили архиепископа прямо перед алтарем Кентерберийского кафедрального собора. Четыре метких удара — и дело сделано. Весь христианский мир содрогнулся в ужасе. По словам Уильяма Фицстивена, биографа Бекета, даже природа отреагировала на это ужасное событие: «Страшное грозовое облако заслонило небесную твердь, затем внезапно хлынул дождь и прогремел гром. После этого небеса окрасились в багровый цвет — ужасный символ страшного злодеяния и невинно пролитой крови».
Это событие имело далеко идущие последствия. Поднялся такой шум, что перепуганный Генрих счел нужным продемонстрировать публичное покаяние. Он босиком отправился в Кентерберийское аббатство и позволил тамошним монахам высечь себя в качестве наказания. Бекет был похоронен в кафедральном соборе Кентербери, и вскоре стали распространяться слухи о чудесах, имевших место на его могиле. Сюда потянулась цепочка пилигримов со всей Англии. Благодаря их щедрым дарам Кентерберийский собор приобрел неслыханное богатство и влияние. В 1172 году папа и вовсе канонизировал Томаса Бекета. Надо сказать, что вся эта шумиха вокруг новоявленного святого не произвела на короля Генриха особого впечатления. Он продолжал воевать с церковью. И не он один, между прочим: в будущем англичанам довелось быть свидетелями еще не одной ссоры между архиепископами и королями. Зато смерть Бекета привела к неожиданным последствиям внутри самой церкви. Кентербери приобрел собственного святого-великомученика, не говоря уж о солидном доходе от паломников-богомольцев. Йорку нечего было противопоставить такому мощному козырю: его святой Уильям никак не мог соперничать с Бекетом. Таким образом, строптивый архиепископ своей мученической гибелью сослужил еще одну, посмертную службу родному аббатству и помог утвердить его приоритет над Йорком.