Б) В философско-теологических дискуссиях между правоверными течениями различие исходных положений касалось не столько положений самих по себе, сколько способа их доказательства. В основополагающей проблеме существования Бога космологическое доказательство в XIII в. взяло верх благодаря Альберту и Фоме, а онтологическое не было признано, и отношение к нему разделило схоластов на противоборствующие направления. Что же касалось характеристик Бога, то спорным, прежде всего, был метод их установления, а также вопрос о том, какая из характеристик является Его главной особенностью («метафизической сущностью Бога»). Наибольшее противоречие имело место между интеллектуалистским пониманием Бога аверроистами и томистами и волюнтаристским пониманием Генриха из Гента и Дунса Скота.
2. Онтологические проблемы наиболее общего характера схоластика поставила только в этот период. Лишь теперь появились проблемы, которые касались понятия бытия как всеобщего, которое включает в себя как Бога, так и творение, а также всеобщие элементы бытия, такие как субстанция и акциденции, сущность и существование, материя и форма. Введение этих понятий, в частности, материи и формы, привело к ряду особых проблем и дискуссий, которые с этого времени стали типичными для схоластики: является ли чистая материя только потенцией? существует ли духовная материя? имеет ли каждая вещь только одну форму или может иметь их несколько? является ли принцип индивидуальности формой или материей, и существуют ли единичные формы или всегда только всеобщие?
В то же время проблема универсалий, которая из всех онтологических проблем больше всего беспокоила предыдущие столетия, нашла в XIII в. благодаря новым онтологическим понятиям такое решение, которое почти всех удовлет ворило. Номиналистов в тот период схоластики уже не было, и спор, который шел до этого и после этого времени, прекратился в XIII в.
3. Эпистемологические проблемы в XIII в. значительно расширились, кстати подобно психологическим и космологическим, но их набор был обусловлен потребностями геоцентрической системы. К проблемам теории познания стали относить уже те из них, которые свидетельствовали о становлении нового типа христианской философии XIII в. Главным новшеством томизма был эмпиризм, противопоставлявшийся старому августиновскому априоризму.
Формальная логика в этом столетии относительно теории познания отошла на второй план. Однако логическое знание, разросшееся в XII в. с помощью новой логики, вновь продвинулось вперед за счет модернистской логики, которая заботилась об «особенностях терминов» и была третьим и последним приобретением средневековья в этой области. В XIII в. пришло время логических компендиумов. Появился самый значительный в средние века компендиум «Небольшая логическая сумма» Петра Испанца (с 1277 г. папы Иоанна XXI). Развивались исследования по семантической логике, называемые спекулятивной грамматикой. Появилась логическая комбинаторика Раймунда Луллия, которая имела целью найти способы механического расширения знания, но в средние века она осталась обособленным явлением.
4. В психологии спорным было даже само определение души, когда, кроме традиционного платоновско-августиновского определения, нашло сторонников в XIII в. и аристотелевское определение. Предметом дискуссии было отношение души к органическим состояниям (с точки зрения множества форм), отношение души к ее деятельности (отличается ли душа в действительности от психических актов), а также классификация психических сил, которая в XIII в. подверглась преобразованию в духе Аристотеля. Предметом затянувшегося спора метафизически-психологического характера была наивысшая сила души — активный разум: является ли он естественным или сверхъестественным? отдельной субстанцией или только силой души? является ли он тем или другим в каждом человеке? В связи с этим (благодаря аверроистам) оживился спор о бессмертии души.
В психологии XIII в. преобладали проблемы общего и спекулятивного характера, однако отдельные разделы психологии, такие как психология зрительного восприятия, получили под влиянием арабов более специальное и эмпирическое понимание.
5. В философии природы дискуссии сосредоточились на двух ведущих теориях строения вещества: на гилеморфизме томистов и теории зародышей августиновской школы. Обе теории были родственны друг другу, имели динамическую природу, атомистические же тенденции арабов не привились, поскольку не соответствовали схоластике.