Второе важное отличие атомистов от Анаксагора состояло в том, что Анаксагор считал материю делимой до бесконечности, атомисты же полагали, что делить можно только пустоту, а материя состоит из неделимых элементов.
Между тем атомистическая теория Демокрита не очень существенно отличается от современных теорий. Отличие основывается лишь на том, что Демокрит усматривал в природе неограниченное количество видов атомов, тогда как более поздняя теория сокращает их число до нескольких десятков. Демокрит не делил атомы на группы, хотя он говорил о «двойных атомах», и его атом выполнял те же функции, которые в современной теории выполняют частицы. Не зная законов тяготения, Демокрит механически понимал связи между атомами: его атомы держались друг за друга различными крючочками, дырочками, усиками. Для него атомы являлись реальным бытием и объектом истинного знания, в то время как более поздняя теория трактует их только гипотетически.
2. Субъективистская теория восприятия. Теорию атомов Демокрит дополнил теорией критической природы: если только атомы обладают математическими качествами и не обладают в то же время чувственно-воспринимаемыми характеристиками, то «на самом деле существуют только атомы и пустота, а сладость и горечь, тепло и цвет являются субъективными, поскольку только в нашем воображении представляется, что существуют ощущаемые характеристики, однако и они в то же время не существуют, а существуют только атомы и пустота». Демокрит еще не использовал термин «субъективный» и, желая подчеркнуть, что какие-то характеристики не присущи самой природе вещи, называл их «условными». Чувственные характеристики были для него субъективными, имели определенные основания в строении атомов. Например, белые предметы состояли из гладких атомов, а черные — из шероховатых и неровных.
Теория субъективных чувственных качеств была разработана ранними греческими философами в то время, когда они отличали бытие от явлений и сомневались в истинности восприятий. В частности, это относится к ранним элеатам, которые утверждали кажимость чувственных данных. Во всяком случае, никто до Демокрита не подумал, что восприятия могут носить субъективный характер. Напротив, все мыслители до него стояли на реалистической позиции, утверждали, что нельзя думать о том и наблюдать то, чего не существует. Результатом такой позиции мог стать только релятивизм: поскольку люди воспринимают реальность различными способами, постольку восприятия являются относительными, а поскольку воспринимается то, что существует, то и само бытие является относительным. Эти следствия по сути продемонстрировал софист Протагор. Демокрит же, не желая соглашаться с ним, искал другой выход. Единственный выход заключался в том, чтобы не придавать всем восприятиям объективного характера. Демокрит пошел этим путем. Восприятия перестали для него быть образом реальности, а оставались лишь состояниями разума. Это был существенный момент в развитии философии: не только элеаты-диалектики, но и эмпирически мыслящие атомисты понимали реальность такой, какой она дается нам в чувствах.
У Демокрита теория субъективных чувственных качеств была сразу сформулирована в окончательной форме и немного отличалась от аналогичных более поздних теорий. Восприятие, которое не приносит пользы для познания реальности, необходимо заменить иной познающей силой. Для этого подходил разум. Демокрит отличал два рода знания: «истинное» и «темное». Истинное знание, по его мнению, постигается разумом, а к «темному» знанию принадлежит все то знание, которое поставляют нам зрение, слух, обоняние, вкус — все чувства. Свидетельства чувств он не отбрасывал полностью, как это делали элеаты, но подчеркивал их неясность, субъективность их характеристик и те границы, которые они переступить не в состоянии. И только разум не имеет границ; когда мы чтолибо не можем чувственно воспринять, например, поскольку оно достаточно мало, мы должны в таком случае полностью довериться разуму, который «обладает большей чувствительностью».
В философии Демокрита возникла особая ситуация: провозглашался лозунг опыта, но критиковалось чувственное знание и шло обращение к разуму. Это происходило потому, что чувственный опыт не считался побуждающим к исследованию и подтверждающим исследование, но он и не управлял исследованием. Его атомы не были объектом опыта, но они объясняли опыт. Эмпиризм в то время связывался с рационализмом и был прототипом той связи, к которой в ходе дальнейшего развития философия неоднократно обращалась, получая наиболее существенные результаты.