6 декабря 1700 г. умер патриарх Адриан, и волею Петра I Ст. Яворский назначается на должность администратора и местоблюстителя патриаршего престола. (В разных источниках время назначения его на эту должность указывается то 1700, то 1702 г. Но 1702 год маловероятен, так как даже если Петр I уже тогда задумывал упразднить патриаршество, то духовенство и сами верующие вряд ли могли допустить, чтобы около двух лет церковь была без ее главы.).
Ст. Яворский оказался во главе церкви в самый драматический период ее истории: в церкви и среди верующих продолжался раскол, готовились и потом были проведены многочисленные реформы церкви, подорвавшие ее экономическую и духовную самостоятельность, впервые в России возникла сильная тенденция к «цезаре — папизму», когда Петр I и светская власть начали активно вторгаться во все дела церкви и руководить ею. Кроме того, духовенство и верующие разделились на сторонников и противников патриаршества. При Петре I резко усилились позиции протестантской церкви в России, так как многие сподвижники царя были выходцами из Германии, Голландии и других протестантских стран. Положение Яворского осложнялось еще и тем, что до конца своей жизни он надеялся, что патриаршество будет восстановлено.
Отношение Яворского ко всем петровским реформам было противоречивым. Он поддерживал все светские реформы Петра I, направленные на развитие промышленности, флота, науки, образования. Но церковные реформы царя не поддерживал, хотя и открыто против них не выступал, он вынужден был стать скрытом сторонником патриаршества.
Самую жестокую борьбу Ст. Яворский повел с раскольниками, здесь он был порою более радикален и более жесток, чем сам царь. Уже в 1701 г. открылось первое крупное для Яворского дело раскольника Григория Талицкого. Переписчик книг, близкий к кругам столичного духовенства, Талицкий в 1700—1701 гг. призывал отступиться от Петра, обличал его в «подметных письмах» как антихриста, призывал не платить податей, не выполнять царские указы, исповедовать «немоление за государя», называл Москву блудницей вавилонской, а ее жителей вавилонянами, слугами антихриста. Свои предсказания о конце мира и приходе антихриста Г. Талицкий основывал, во–первых, на толковании Книги пророка Даниила и Апокалипсиса в соответствии с духом тогдашнего времени; во–вторых, на сложившейся к тому времени раскольнической концепции «чувственного» и «духовного» антихриста. (О раскольническом эсхатологическом мировосприятии, их новой концепции антихриста см.: Гурьянова Н. С. Крестьянский антимонархический протест в старообрядческой эсхатологической литературе периода позднего феодализма. Новосибирск, 1988. С. 17—83.) Талицкий был схвачен, его допрашивали в присутствии Яворского и царя, они даже полемизировали с ним. Он был приговорен к казни «копчением», но раскаялся, отрекся от раскольнических идей и был помилован. Но материалам ереси Талицкого и других раскольников Ст. Яворский написал книгу «Знамения пришествия антихристова и кончины века», изданную впервые в 1703 г. Здесь Яворский, опираясь на Священное Писание и труды отцов церкви, пытается с официально–православной точки зрения доказать несостоятельность раскольнического представления о конце мира и приходе антихриста. Логически у него это сделано очень убедительно. Но, по свидетельству первого серьезного исследователя его творчества Ю. Ф. Самарина, эта «книга не достигла своей цели и распространение ложных (раскольнических. — А. Г.) предсказаний не пресекла» (Самарин Ю. Ф. Стефан Яворский и Феофан Прокопович / Сочинения. Т. 5. М., 1880. С. 265. Здесь же он указывает, что многое в книге Ст. Яворского было заимствовано из книги испанского богослова Мальвенды об антихристе.).