Однако такая стратегическая заданность и особенно нерешительность Куропаткина обернулись тем, что была упущена возможность атаковать разрозненные японские армии в Маньчжурии. Затем война продолжалась с японским перевесом, но не более того. Главное: к лету японский блиц-криг провалился, Русская армия не только не была разгромлена, а с каждым месяцем возрастала живой силой и вооружением. Поэтому именно Япония обратилась через посредников к России с предложением мирных переговоров, а Россия отвергла предложение.
Тем временем, в июле в Жёлтом море произошло сражение русской Тихоокеанской эскадры, которая прорывалась во Владивосток, и японской эскадры. Прорваться не удалось, однако удалось сохранить все корабли.
В августе под Ляояном состоялось сухопутное сражение. Причём Русская армия имела численный перевес (158 тысяч человек против 125 тысяч), двукратный перевес в артиллерии и сражалась героически. Однако Куропаткин не только не решился наступать, но неожиданно отступил сам. Русские потеряли 17 тысяч человек, японцы - 24 тысячи.
Подобное произошло и в сентябре-октябре во время сражения на реке Шахэ. Русская армия имела перевес, перешла в контрнаступление и остановилась. Русские потеряли 42 тысячи, японцы - 30 тысяч человек.
В июле японцы осадили Порт-Артур. Его героическая оборона продолжалась 159 дней. Душой обороны был талантливый генерал Р.И. Кондратенко, погибший в начале декабря. Однако 20 декабря 1904 года генерал А.М. Стессель сдал крепость японцам, которые овладели ключевыми высотами. Русские потери составили 70 тысяч человек, японские - 100 тысяч. Хотя военное положение Японии несколько улучшилось, стратегически она оставалась обречённой на поражение. (В 1908 году Верховный военно-полевой суд России приговорил Стесселя к смертной казни, в 1909 году Император помиловал его и освободил.)
Сдачу Порт-Артура очень болезненно восприняли в России, прошли антиправительственные демонстрации с участием большевиков. Именно на таком психологическом фоне произошли известные трагические события января 1905 года в Петербурге.
В феврале 1905 года состоялось крупное сражение под Мукденом. Опять имелось некоторое численное превосходство: 297 тысяч русских против 271 тысячи японцев. Но Куропаткин допустил угрозу окружения, и пришлось отступать; одновременно у японцев не осталось сил для преследования отступавших. Русские потеряли около 80 тысяч, японцы -примерно 70 тысяч человек. Японская армия выдохлась, а Русская армия не была разбита и постепенно продолжала наращивать свои силы. Поэтому сразу после Мукдена Япония опять запросила мирных переговоров, а Россия отвергла это предложение. Генерал Куропаткин был снят с должности Главнокомандующего, вместо него назначен генерал Н.П. Линевич.
Наконец, 14-15 мая 1905 года произошло знаменитое Цусимское морское сражение (в Цусимском проливе). Японский флот под командованием адмирала Того сокрушил русскую военную эскадру во главе с вице-адмиралом З.П. Рожествен-ским. В целом эскадра перестала существовать, что было первым крупным поражением Русского флота за всю его историю. Эта эскадра из Балтийского моря в октябре 1904 года направилась на помощь осаждённому Порт-Артуру, совершила героический переход (в том числе вокруг Африки); когда Стессель сдал Порт-Артур, эскадре было приказано прорываться во Владивосток.
Цусимское сражение в военно-стратегическом плане ничего не изменило. Япония сохранила преимущество на море и была обречена на поражение на суше, на общее поражение в войне. И противник понимал это, потому всего через два дня Япония опять запросила мирных переговоров, через президента США Теодора Рузвельта. Однако Цусимское поражение было очень болезненно воспринято в России, трактовалось многими (и в первую очередь большевиками во главе с Лениным) как символ общего нашего поражения, что дало Японии психологический перевес при мирных переговорах.
Одновременно с боевыми действиями Россия достраивала транссибирскую магистраль, увеличила её пропускную способность. И к лету 1905 года Русская армия насчитывала около 500 тысяч человек против 385 тысяч у Японии. Причём у нас были подготовленные кадровые части, а Япония восполняла потери за счёт резервистов, в том числе юных и в возрасте.
Япония потеряла более 650 тысяч человек убитыми, ранеными и больными, Россия - 400 тысяч убитыми, ранеными, больными и пленными. Японская сухопутная армия воевать не могла, а русская наращивала свои силы. Экономика Японии исчерпала свои возможности, а Россия развивалась.