Волевой и энергичный, честный и выделяющийся интеллектом губернатор был замечен императором Николаем II и премьер-министром И.Л. Горемыкиным. По рекомендации последнего Столыпин был назначен министром внутренних дел (в апреле 1906 года) и одновременно председателем Совета министров (июль 1906-го).
Столыпин отказывался от самого высокого назначения, ссылаясь на неопытность, но Государь прервал: «Нет, Пётр Аркадьевич, вот образ, перед каким я часто молюсь. Осените себя крестным знамением и помолимся, чтобы Господь помог нам обоим в трудную, быть может историческую минуту». Император чувствовал, что теперь востребован такой лидер правительства; только такой лидер порождал надежды на наведение порядка и поступательное движение вперёд. Россия обрела самого молодого министра и премьер-министра, который вскоре ответил такими словами: «Жизнь моя принадлежит Вам, Государь, все помыслы мои, стремления мои - благо России; молитва моя ко Всевышнему - даровать мне высшее счастье: помочь Вашему Величеству вывести несчастную Россию на путь законности, спокойствия и порядка».
Тем временем в 1906-1907 годах от индивидуального социалистического террора и революционных расправ погибли 4 126 и ранены 4 552 должностных лица. В 1908-1910 годах было совершено 20 тысяч террористических актов и экспроприаций, от которых погибло и ранено более 7 600 человек. Революционеры, прежде всего эсеры, развязали террористическую войну против носителей власти, что подрывало российскую государственность. В вооружённых ограблениях, переименованных эсерами и большевиками в революционные экспроприации, соучаствовал Сталин, добывавший таким путём деньги для партии Ленина.
Как ранее на Царя-освободителя Александра И, так теперь на премьер-министра началась настоящая охота. Премьер пережил 10 покушений, включая взрыв бомбы во время приёма посетителей 12 августа 1906 года (на приём можно было прийти без проблем). Погибло более 30 человек, в том числе разворотило беременную женщину, случайно проходившую мимо дома. Получили серьёзные ранения маленькая дочка и подросток-сын Столыпина, но премьер не пострадал.
Правительство ответило военно-полевыми судами для террористов, участников вооружённых нападений, пойманных с поличным. Учреждённые суды существовали на Кавказе и в Польше до 1909 года, а в остальной части Российской Империи заменены военно-окружными судами в 1907 году. По приговорам военно-полевых и военно-окружных судов казнено свыше 2 800 осужденных.
Иногда судопроизводство за 48 часов и последующий расстрел в течение 24 часов оборачивались трагическими ошибками. Так, в Одесском военном округе казнили двух невиновных юношей, потом нашли настоящих преступников - тоже расстреляли.
На каторгу отправлено было более 26 000 политических преступников; в 1909 году насчитывалось 17 102 ссыльных и 1 909 административно высланных. Эсеров предпочитали отправлять на каторгу, а большевиков, которые не казались столь опасными, - в ссылку. Как свидетельствует эсерка и террористка Спиридонова, «нравы на каторге вообще в первые годы (1906-1909) были патриархальными, и иногда свирепый на вид начальник... обживался с политическим коллективом на славу, оставляя при себе неотъемлемым качеством только способность воровать». Даже на самой суровой Нерчинской каторге революционерам разрешалось свободно ходить из камеры в камеру, уходить на прогулки в лес и жить с супругами в соседней деревне.
Потому не стоит удивляться, что революционеры и вообще оппозиционеры открыто бравировали выражениями «Столыпин» - арестантский вагон, «столыпинские качели» - виселица, «столыпинский галстук» - петля. Причём последнее выражение употребил не недоучившийся и оголтелый террорист, а конституционный демократ Родичев в Государственной Думе в ноябре 1907 года. И премьер-министру пришлось вызвать безответственного депутата на дуэль, однако кадет струсил и извинился. А падкие до сенсаций газеты растиражировали оскорбительное выражение. Всячески опорочивать и только критиковать представителей власти и, в результате, саму власть стало настолько модным, что считалось чуть ли не подвигом.
Да, такого противостояния страна не знала с пугачёвского бунта. Но когда власть захватят сторонники Ленина, количество погибших и репрессированных станет исчисляться не тысячами, а многими миллионами. И историческое сопоставление высвечивает, что столыпинское наведение порядка было оправдано, но недостаточно жёстко. Сам же Столыпин называл совершенно недостаточные меры «крестом тяжёлым».