Чтобы еще больше привлечь внимание властей и общественности к созданию специализированного музея, с 1997 г. на базе Центра был создан Межрегиональный Фонд по созданию Музея «Холокост». [2] Это позволило в 1998 г. в кратчайшие сроки подготовить первую в СНГ экспозицию по истории Холокоста в Москве в Мемориальной синагоге на Поклонной Горе, открытой Президентом России. Здесь была размещена выставка по истории Холокоста на территории СССР, еврейскому сопротивлению и участию евреев в войне. Ее активно посещают московские школьники; проводится ряд общинных мероприятий, в т.ч. и связанных с памятными датами Холокоста; ведется комплектование фондов. Однако, Мемориальная синагога, которая не имеет статус юридического лица (она функционирует как структура РЕК) и достаточных кадровых ресурсов, не ставила целью заменить собой государственный музей, либо стать методическим центром по увековечению жертв Холокоста даже в еврейских общинах России.
Новый импульс для реализации данной идеи сыграла Стокгольмская (2000 г.) конференция глав 47 государств и их представителей по теме Холокоста.
В 2001 г. Фонд «Холокост» предложил создать в Москве государственный Музей «Геноцид — Холокост — Толерантность» и разработал его концепцию. Предварительное согласие поддержать создание такого музея выразил ряд крупных российских бизнесменов. Эта инициатива нашла поддержку у вице-премьера России В.И. Матвиенко, представлявшую нашу страну на Стокгольмской конференции. Именно в ее выступлениях как в России, так и за рубежом, а также в предисловиях к книгам по теме Холокоста было сформировано очень важное положение о том, что признание значения памяти о Холокосте — один из важных критериев признания демократических ценностей цивилизованными государствами. В декабре 2002 г. Правительство России поручило Министерству культуры и другим заинтересованным ведомствам рассмотреть концепцию будущего музейно-образовательного комплекса. И вновь под различными предлогами Министерство культуры не смогло организовать его осуществление. Центр и Фонд «Холокост» попытались подключить к решению этой задачи международную общественность. Состоялись переговоры с исполнявшим в тот период обязанности министра Государства Израиль по делам диаспоры Натаном Щаранским. В итоге, в ноябре 2003 г. Владимир Путин заявил на встрече с премьер-министром Израиля А. Шароном, что в Музее Великой Отечественной войны на Поклонной Горе в Москве, откроется экспозиция по Холокосту. В результате, в июне 2008 г. (через два года после намеченного срока) здесь открылась экспозиция «Геноцид народов», лишь частично посвященная теме Холокоста. В Москве ведется и другой проект. Руководители Федерации еврейских общин России несколько лет назад объявили о строительстве Музея толерантности — Российского Еврейского музея, значительная часть экспозиции которого будет посвящено теме Холокоста. Создание в столице России нескольких экспозиций по данной теме, безусловно, отражают изменения в обществе в осознании темы Холокоста. Но ни один из проектов не предусматривает пока систематическое функционирование учебно-образовательного центра и включение проблематики Холокоста в контекст истории России середины XX века. Потребность в таких программах для педагогов и учащихся продемонстрировал ряд проектов зарубежных организаций в России. Так, большой интерес вызвали выставка и серия образовательных мероприятий о Рауле Валленберге «И один в поле воин», проведенных в Москве и С.-Петербурге в конце 2007 — начале 2008 гг. Посольством Швеции при участии Центра «Холокост», Библиотеки иностранной литературы и ряда других российских организаций. Но такие экспозиции и выставки кардинально не меняют ситуацию. Думается, что лишь создание в Москве специализированного музея, сочетающего в себе функции музейно-методического и образовательного центра, помогло бы существенно продвинуться в сохранении исторической памяти о Холокосте как универсальной трагедии XX века.