Цезарь не заставил себя долго ждать.
Осада прекратилась после успешного маневра Помпея, который вместе с войском на кораблях покинул Италию. Рим к тому времени уже был в руках сторонников Цезаря. Казна также оказалась в его руках.
Стратегия Цезаря состояла в том, чтобы разбить в Испании 7 старых легионов Помпея, а не гнаться за Помпеем на восток. Цезарю также угрожали Катон в Сицилии и Вар в Африке. По пути в Испанию в Галлии Цезаря задержала Массилия, осаждать которую он оставил три легиона. У города Илерды он маневрами заставил сторонников Помпея покинуть свой укрепленный лагерь, обошел их и принудил к сдаче. На обратном пути он принял сдачу Массилии. Тем временем Курион вытеснил из Сицилии Катона и переправился в Африку, где погиб вместе со всем войском под ударами войск Помпея и поддержавшего его мавританского царя Юбы. Сам Помпей утвердился в Греции, заручившись поддержкой македонцев, фракийцев, фессалийцев и др. На его стороне была сильная конница, хорошо организованное снабжение армии и доминирование на море. В Иллирии войска Цезаря (15 когорт) принуждены были сдаться.
Цезарь предпринял внезапную экспедицию – посадил шесть своих легионов на корабли, высадился на побережье, захватил Аполлонию и Орик и двинулся к Диррахию, где хранились основные запасы армии Помпея. Первоначально Цезарь переправился только с небольшим отрядом, оставив все грузы в Италии. Из Брундизия в Диррахий он по морю отправился зимой, проскользнув между вражескими кораблями. Беспокоясь о задержке переправы основного войска, он попытался переправиться обратно на маленьком судне и чуть не утонул в поднявшемся шторме.
Флот Помпея блокировал гавань Брундизия. Он также успел привести своё войско к Диррахию, но не решался начать битву с не очень надежным (состоящим из разнородных сил) войском. Помпей рассчитывал, что голод ослабит войско Цезаря. Это промедление позволило Марку Антонию привести на подмогу Цезарю еще три легиона.
Цезарь отправил часть войска против резерва Помпея в Фессалии, а сам пытался блокировать его основные силы. Но Помпей прорвал блокаду, и Цезарю с большими потерями пришлось уйти на соединение с другой частью своей армии. Помпей бросился в погоню и настиг Цезаря у Фарсала. Преимущество было на стороне Помпея, но выучка легионов Цезаря позволила разгромить превосходящие силы. Войско Помпея сдалось, а сам он бежал в Египет, где был предательски убит.
После сражения при Фарсале, отправив войско в Азию, Цезарь при переправе через Геллеспонт в лодке перевозчика натолкнулся на корабли враждебного ему Луция Кассия. Но не изменил курса и сам потребовал сдачи противника, который подчинился его воле.
Марк Антоний
Цезарь, не зная о смерти Помпея, преследовал его, и с небольшим войском прибыл в Александрию, где повел себя как монарх и вступил в связь с изгнанной царицей Клеопатрой, которой вернул трон. Александрия восстала, одновременно к ней подступило египетской войско. Цезарь был блокирован во дворце. Спасло его только прибытие подкрепления из Азии. Египетское войско было разбито. Цезарь предпочел сохранить Египту формальную независимость под собственным контролем, чем превращать его в провинцию и передавать ее управление наместнику.
Через девять месяцев пребывания в Египте Цезарь решил возвратиться в Рим через Сирию, где восстановил дворец Селевкидов в Даяне. Потом в одном единственном сражении он разбил мятежного понтийского царя Фарнака, сына Митридата Великого (позднее на триумфе появилось известное изречение: «Пришел, увидел, победил»), и только тогда отправился в Италию.
Сопротивление Цезарю в Риме и провинциях продолжалось. Сторонники Помпея были сильны в Иллирике, Испании и Африке. В Италии царила смута. Полновластие Марка Антония не помогало восстановить порядок. В Африке войска Цезаря отказались повиноваться.
В 47 году Цезарь, появившись в Риме, быстро успокоил солдат и навел порядок. Затем переправился в Африку, где в решительной битве, в конце концов, разбил «партию сената» (об этой экспедиции остались отрывочные и неясные сведения). Остатки «помпеянцев» отправились в Испанию, где войско встало на их сторону. Сирия также перешла в руки противников Цезаря. В марте 45 г. до н.э. Цезарь отправился в Испанию и близ Мунды с большим трудом победил армию во главе с сыновьями Помпея. Тем самым его власть утвердилась практически во всех римских провинциях.
Из общепризнанных достоинств Цезаря известно его трезвость, крайняя неприхотливость в пище и пренебрежение суевериями. Марк Катон говорил: «Цезарь один из всех берется за государственный переворот трезвым». Когда Цезарь оступился и упал, сходя с корабля в Африке, он воскликнул: «Ты в моих руках, Африка!» Как полководец он был образцом для солдат – в походе всегда был впереди войска, чаще всего пешим. Пускаясь в путь, он делал длинные переходы в наемной повозке, а реки преодолевал вплавь. В битвах, когда положение было неустойчивым, он отсылал лошадей, чтобы лишить воинов и самого себя возможности бегства. Если войско начинало отступать, он лично восстанавливал порядок, иногда с риском для собственной жизни.