Также настойчиво искоренялись и еретические христианские учения, получившие распространение в Европе, например арианство.
Но постепенно все более усиливались разногласия и между Восточной и Западной церквами. С одной стороны, это было связано с их борьбой за политическое преобладание в европейских государствах. С другой стороны — с особенностями самосознания тех народов, которые попадали в сферу влияния Константинополя и Рима. Например, восточным и южным славянским племенам ближе оказалось христианство в том виде, как его понимали на Востоке, и у них оно утвердилось в виде православия. А германским племенам — западное христианство, которое и поныне существует в его римско-католической версии.
И само христианство, будучи по сути космополитической, вненациональной религией, оказалось в итоге приспособленным к различным национальным особенностям тех или иных народов, что в значительной степени повлияло на окончательный раскол между христианскими церквами, произошедший в 1054 г.
В течение VI–XI вв. на Востоке и Западе формируется разная христианская догматика. Римско-католическая церковь вообще признает принцип догматического развития, согласно которому Церковные Соборы имеют право принимать новые догматы. Православная церковь не принимает этого учения.
Уже говорилось, что на Западе Никео-Цареградский Символ веры был дополнен понятием «филиокве», т. е. признанием того, что Дух Святой происходит не только от Бога-Отца, но «и от Сына». Кроме того, вплоть до XX в. в католической церкви принимались и другие догматы, не признаваемые в православии: догматы о чистилище (1439 г.), о запасе добрых дел, о непорочном зачатии Богородицы (1854 г.), о телесном вознесении Богородицы на небо (1950 г.).
По-разному понимались и отдельные культовые обряды. В католичестве, например, утвердился обряд причащения (т. е. приобщения верующего к телу и крови Христа) в том виде, что обычные верующие причащаются только хлебом, а священники хлебом и вином (хлеб — символ тела Христа, а вино — символ Христовой крови). И вообще на Западе христианство воспринималось более иерархично, ведь сам обряд причащения подчеркивает, что священники — это более «приближенные» к Богу люди, обладающие некими свойствами, недоступными простым смертным.
С этим же связан и тот факт, что в течение нескольких столетий церковные службы в католических церквах велись на латинском языке, Библия разрешалась к публикации и распространению тоже только в латинском переводе, независимо оттого, знает латинский язык местное население той или иной страны или нет. Считалось, что христианские истины могут быть полностью доступны только избранным.
В православии церковные службы разрешалось вести на местных языках и Библия довольно рано переводилась на языки тех народов, среди которых она распространялась.
И сама римско-католическая церковь была организована на жестких иерархических началах, с полным подчинением всех священников своим вышестоящим церковным руководителям. Высшей властью обладал римский папа. И недаром в католичестве был принят догмат о непогрешимости римских пап (окончательно утвержден в 1870 г.).
Римско-католическая церковь, в полном соответствии с учением Аврелия Августина, всегда претендовала на полный политический контроль над светскими государствами. Средневековая история Западной Европы наполнена постоянной борьбой римских пап со светскими государями, с целью их подчинения власти церкви.
Западная, римско-католическая церковь вообще часто обращалась к воинственным методам утверждения христианской веры. Для этой цели, наряду с обычными монашескими организациями, были созданы военно-монашеские ордена, являвшиеся мощной военизированной силой католичества. В православии таковых организаций не было, ибо считалось, что монахам запрещено даже прикасаться к оружию.
На Востоке и Западе сложилось различное понимание и самой сути христианского вероучения. В православии обращалось внимание в большей степени на религиозно-мистические способы постижения Бога, ибо считалось, что понимание Божественных истин недоступно разуму. В католичестве же довольно рано возникает убеждение в том, что истинное познание Бога невозможно без помощи разума, а, следовательно, без помощи науки. Поэтому, на основе трудов отцов церкви, в течение VI–XIII вв. в римско-католической церкви происходит рационализация христианского вероучения, когда догматы веры обосновываются с помощью науки, и, прежде всего, с помощью философии. Так возникла «схоластика».