Внутренняя ситуация прояснилась в июле, когда Молотов получил от Берии письмо, специально посвященное Вавилову и положению в биологической науке. Комиссар государственной безопасности первого ранга сообщал, что, по имеющимся сведениям, после назначения академика Лысенко Т.Д. президентом Академии сельскохозяйственных наук Вавилов Н.И. и возглавляемая им буржуазная школа так называемых «формальных генетиков» организует систематическую кампанию, которая призвана дискредитировать академика Лысенко как ученого. Берия не скрывал цели своего демарша: он ждал от Молотова, ведающего в ЦК наукой, согласия на арест Вавилова. В письме Берии ничего не говорится о троцкистских взглядах Вавилова, о Вавилове-вредителе, пособнике Бухарина и Милюкова. В деловой переписке двух государственных мужей такая мишура была излишней. И Берия, и Молотов знали, что уничтожить академика Вавилова надо потому, что он не приемлет «открытий» Лысенко и тем раздражает товарища Сталина. Такова была голая правда. Облечь же ее в подобающие формы, сфабриковать обвинения против Вавилова — вредителя и шпиона — это уже детали, методика, которой впоследствии займется аппарат НКВД — НКГБ.
…Признав себя вредителем и врагом народа, Николай Иванович обрел покой. С сентября 1940 года по март 1941-го Хват его не вызывал на допросы. Вавилов остался один в камере и мог наконец отдохнуть. Впоследствии он, очевидно, не раз вспоминал эту одиночку добрым словом. Тут было сухо, тепло, камера проветривалась и освещалась. С 11 вечера до 5 утра разрешалось спать на откидной койке. Подследственные не голодали. Им, правда, не давали книг, но зато были бумага и карандаш на тот случай, если охваченный раскаянием заключенный пожелает дать дополнительные показания. Человек деятельный и организованный, Вавилов решил не терять в камере ни дня напрасно. Ему давно уже не терпелось написать книгу, которая подвела бы итоги его раздумий о глобальной эволюции земледелия с древнейших времен. Для работы над такой «узкотеоретической» монографией у директора двух институтов и вице-президента ВАСХНИЛ не хватало времени. Зато у заключенного Вавилова времени оказалось достаточно. Кажется невероятным, чтобы в наше время кто-нибудь писал серьезную научную книгу без помощи энциклопедий, карт, справочников. Николай Иванович Вавилов, может быть, единственный исследователь XX века, который преодолел это «препятствие». Справочной библиотекой для него служила его собственная память. Об этом сочинении мы знаем очень мало. Лишь в одном из писем к Берии Николай Иванович указывает: «Во время пребывания во Внутренней тюрьме НКВД, во время следствия, когда я имел возможность получать бумагу и карандаш, мною написана большая книга «История развития земледелия» (Мировые ресурсы земледелия и использование), где главное внимание уделено СССР». В историю человеческой культуры вошло немало книг, написанных под сводами тюрьмы. Утопия Кампанеллы, романы Достоевского и Чернышевского, труды народовольца Морозова — лишь малая часть того, что подарили потомству великие узники. Книге академика Вавилова была уготована, увы, другая судьба. Но об этом позже.
Пока ученый писал свой последний труд, следователь Хват тоже не бездельничал. С осени 1940 до весны 1941 года он успел арестовать еще четверых «сообщников» Вавилова. В Ленинграде взяли давнишнего, еще со студенческих лет, друга и сотрудника Николая Ивановича — Леонида Ипатьевича Говорова. По воспоминаниям современников, профессор Говоров был очень похож на классический портрет Чехова. В кругах растениеводов его знали как крупнейшего знатока бобовых. О горохе, бобах, фасоли, вике, чине он знал буквально все. Хороший семьянин, серьезный ученый, человек в высшей степени миролюбивый и покладистый, профессор Говоров только однажды дал волю своей горячности. Это произошло в день, когда он узнал об аресте Николая Ивановича. Ни слова не сказав ни домашним, ни сотрудникам, профессор Говоров помчался в Москву искать аудиенции у товарища Сталина. Долгом ученого и гражданина он считал открыть Иосифу Виссарионовичу глаза на то, какого замечательного человека и ученого теряет Россия в лице академика Вавилова. К Сталину его не допустили. Он попытался пройти к Маленкову, и тоже — тщетно. Говорят, что, добиваясь приема в Кремле, Леонид Ипатьевич несколько дней ничего не ел и не спал. А когда физически разбитый, душевно истерзанный добрался он до Ленинграда, его схватили как вавиловского сообщника.