Всегда общительный, жизнерадостный Николай Иванович после «второго цикла» допросов замкнулся, с однокамерниками почти не разговаривал, о том, что происходит в кабинете Хвата, почти не рассказывал. Но однажды в отсутствие Вавилова Филипповскому передали, какие «диалоги» происходят между вице-президентом ВАСХНИЛ и его следователем. Каждый раз, когда ученого вводили, Хват задавал ему один и тот же вопрос:
— Ты кто?
— Я академик Вавилов.
— Мешок говна ты, а не академик, — заявлял доблестный старший лейтенант и, победоносно взглянув на униженного «врага», приступал к допросу.
<…>
Суд состоялся 9 июля 1941 года.
Готовый приговор уже лежал в портфеле председательствующего.
«Именем Союза Советских Социалистических… Предварительным и судебным следствием установлено, что Вавилов с 1925 года является одним из руководителей антисоветской организации, именовавшейся «Трудовая крестьянская партия», а с 1930 года являлся активным участником антисоветской организации правых, действовавших в системе Наркомзема СССР и некоторых научных учреждений СССР… В интересах антисоветских организаций проводил широкую вредительскую деятельность, направленную на подрыв и ликвидацию колхозного строя, на развал и упадок социалистического земледелия в СССР… Преследуя антисоветские цели, поддерживал связи с заграничными белоэмигрантскими кругами и передавал им сведения, являющиеся государственной тайной Советского Союза.
Признавая виновным Вавилова в свершении преступлений, предусмотренных ст. ст. 58— 1а, 58— 7, 58— 9, 58–11 УК РСФСР, Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила:
Вавилова Николая Ивановича подвергнуть высшей мере наказания — расстрелу, с конфискацией имущества, лично ему принадлежащего. Приговор окончательный и обжалованию не подлежит».
Только одна инстанция еще могла остановить действие приговора — Президиум Верховного Совета СССР, во главе которого стоял в те годы всеми любимый и уважаемый, но не располагающий никакой властью «всесоюзный староста» Михаил Иванович Калинин. Вечером того же 9 июля на узкой полоске бумаги, чернилами (они, видимо, специально выдавались в таких случаях) Николай Иванович написал прошение о помиловании:
«В Президиум Верховного Совета СССР
осужденного к высшей мере наказания — расстрелу бывшего члена Академии наук СССР, вице-президента Академии с.-х. наук им. Ленина и директора Всесоюзного института растениеводства Вавилова Николая Ивановича (статья обвинения 58— 1а, 58— 7, 58— 9, 58–11)
Обращаюсь с мольбой в Президиум Верховного Совета о помиловании и предоставлении возможности работой искупить мою вину перед Советской властью и советским народом.
Посвятив 30 лет исследовательской работе в области растениеводства (отмеченных Ленинской премией и др.), я молю о предоставлении мне самой минимальной возможности завершить труд на пользу социалистического земледелия моей Родины.
Как опытный педагог клянусь отдать всего себя делу подготовки советских кадров. Мне 53 года. 20 часов 9.7.1941 г.
Осужденный Н. Вавилов бывший академик, доктор биологических и агрономических наук».
Ответ на свою мольбу Николай Иванович ждал семнадцать дней. Только 26 июля стало известно: Президиум Верховного Совета СССР в помиловании Вавилову отказал. Осужденного перевезли в Бутырскую тюрьму для приведения приговора в исполнение.