Тогда министр приказал привезти Байи к себе и потребовал от него расшифровать свою корреспонденцию с Лесли. Фламандец уверял, что потерял ключ к шифру. Тогда Берли приказал перевезти пленника в Тауэр, чтобы надежно изолировать его от других заговорщиков, и там подвергнуть пытке.
На протяжении апреля и мая 1571 г. Байи подвергали допросу. Дон Герау, следивший за событиями, деловито сообщал, что «Байи более напугали, чем нанесли ему телесные повреждения». Лесли не разделял хладнокровного спокойствия испанца: тому в самом худшем случае угрожала высылка на родину, а для епископа с его сомнительным титулом «посла» арестованной Марии Стюарт вырисовывалась перспектива самому познакомиться с прелестями Тауэра. Поэтому не удивительно, что он всячески старался укрепить дух Байи, посылая ему постельные принадлежности, вкусную пищу и напоминания о том, как вели себя в языческих темницах христианские святые, прославившие церковь.
По-видимому, трюк со «святым» Герли оказался настолько удачным, что Сесиль решил попробовать еще раз. А чтобы преодолеть естественное недоверие Байи, решили обратиться к услугам святого, репутация которого стояла вне всяких подозрений. В Тауэре в это время был заключен доктор богословия Джон Стори. Католический фанатик, призывавший к убийству Елизаветы, после ее восшествия на престол он бежал во Фландрию и стал испанским подданным, продолжая там плести сети заговоров против английского правительства. Герцог Альба поручил Стори богоугодное дело – обыскивание кораблей в Антверпене и конфискацию протестантских книг, которые пытались контрабандой провести во владение испанского короля.
Однажды, когда доктор богословия явился на один из кораблей, команда неожиданно подняла якорь и на всех парусах направилась в английский порт. Это было судно, специально посланное для того, чтобы изловить Стори и доставить его в Англию. Суд приговорил его к смерти. Но Елизавета в эти годы еще играла в милосердие и отказывалась подписывать смертные приговоры за политические преступления (несмотря на то, что тысячи участников восстания на Севере были казнены без суда).
Как бы то ни было, Стори продолжал сидеть в Тауэре, ожидая своей участи. Бали было известно, что почтенный доктор сидит в одной из соседних камер, но фламандец не знал его в лицо. Берли оставалось только найти человека, который мог бы сыграть роль уважаемого святого. Таким человеком стал один из разведчиков Сесиля, некий Паркер (тот самый, который организовал похищение богослова из Антверпена).
Ночью перед Байи возникла худая длинная фигура нового святого. Можно ли было сомневаться в докторе Стори? Тем более, что он ни о чем не спрашивал Байи, а лишь жалел и сокрушался о несчастьях, постигших фламандца. И не только сокрушался, но и дал Байи мудрый совет, как избежать предстоящей ему назавтра более суровой, чем прежние, пытки и вместе с тем верно послужить святой церкви и королеве Марии. Байи следует наняться на службу к лорду Берли и начать за ним шпионить, сообщая добытые сведения епископу Росскому. А поступить к Берли на службу нетрудно, поскольку министр уже узнал каким-то образом ключ к шифру. Так что Байи лучше всего будет раскрыть этот шифр, все равно уже известный, и таким путем войти в доверие к Берли.
Байи поддался на соблазнительное предложение избегнуть пытки и в то же время помочь заговорщикам. На другой день он открыл ключ к шифру и был крайне поражен, когда понял, что полностью выдал своих доверителей. Через несколько лет злополучного фламандца освободили и выслали на родину.
Однако Байи не знал и поэтому не мог выдать самого главного секрета – кто скрывается за номерами 30 и 40. Берли попытался это выведать у самого Лесли с помощью Томаса Герли. Епископ Росский не подозревал о подлинной роли Герли и продолжал поддерживать с ним связь через верных людей. Однако сколько ни жаловался, потрясая кандалами, мученик на преследования со стороны нечестивого министра еретической королевы, посланец епископа не мог ему сообщить значение двух таинственных цифр. Да и письма, которые можно было расшифровать, были фальшивыми, нужно было овладеть подлинными письмами.
Вскоре епископ получил письмо от Герли. Почтенного мученика, как это стало известно Лесли, снова допрашивали и угрожали пыткой. Герли в своем письме просил о помощи и доверии со стороны епископа. Тот, несмотря на полное сочувствие мукам страдальца, все же не видел причин для сообщения ему содержания своей секретной корреспонденции.