По приказу Тайного совета Лесли был арестован и подвергнут допросу. Епископ попытался вывернуться с помощью нового обмана, заявив, что «30» означало дона Герау, а «40» – Марию Стюарт и что оба эти письма он сжег.
Что же касается писем, которые были посланы с Ридольфи, то они, по уверению Лесли, содержали просьбу о помощи со стороны папы римского и герцога Альбы для борьбы против врагов Марии Стюарт в Шотландии. Иначе говоря, епископ отчаянно пытался замести следы своего участия в заговоре против Елизаветы и скрыть самое существование этого заговора. Берли не поверил показаниям епископа. Но министр все еще не знал, кто действительно скрывался за двумя номерами. Епископ был посажен под арест в резиденции одного английского епископа.
Борьба продолжалась. Испанский государственный совет стал обсуждать различные планы убийства Елизаветы. Ридольфи был принят с почетом в Риме и Мадриде. Со своей стороны Берли настойчиво искал нити заговора. Для этой цели был неожиданно использован Джон Хаукинс – один из «королевских пиратов», которые с фактического соизволения Елизаветы вели на море необъявленную войну против Испании, захватывая нагруженные золотом и серебром испанские корабли на пути из колоний на родину.
Чтобы освободить своих матросов, попавших в плен к испанцам и томившихся в тюрьмах инквизиции, Джон Хаукинс изобразил человека, решившего вернуться в лоно католической церкви. Получив аудиенцию у Марии Стюарт, он послал в Мадрид своего агента Джорджа Фитцуильями, который привез с собой рекомендательное письмо от шотландской королевы. Обманутый Филипп II отдал распоряжение освободить английских моряков и выдать каждому из них по 10 дукатов. Испанский король приказал также передать Хаукинсу патент на титул испанского гранда и большую сумму денег. В свою очередь Хаукинс обещал перейти со своим флотом на сторону Испании. Осенью 1571 г. английские корабли должны были уйти во фландрские порты и предоставить себя в распоряжение герцога Альбы. Хаукинс с удовлетворением писал Берли о своих испанских партнерах по переговорам: «Я надеюсь, господь бог разрушит их планы, и они сломают себе шею от собственных умыслов».
Оставалось лишь не до конца ясно, кто должен был, по мнению Хаукинса, ломать шею от его умыслов. Вернее, бравый моряк считал, что это будет зависеть от обстоятельств. Берли знал, что Хаукинс завел переговоры с испанцами по собственному почину, и лишь когда о них стало известно Тайному совету, начал действовать по уполномочию правительства Елизаветы. Но Берли не было ведомо, что Хаукинс сообщил далеко не все ему известное о планах испанского вторжения. Капитан пиратов оставлял себе возможность в случае успеха Альбы выполнить договор с испанцами, который пока что Хаукинс заключил с целью обмануть их по поручению Берли. Однако дела пошли так, что патриотизму Хаукинса не пришлось выдерживать серьезного испытания.
Берли был осведомлен об испанских планах до получения письма Хаукинса. В сообщениях называлось имя Норфолка. В этом время Берли снова пришел на помощь счастливый случай. Мария Стюарт просила французский двор о финансовой помощи для борьбы против своих шотландских врагов. Французский посол передал полученную им из Парижа крупную денежную сумму Норфолку, а тот приказал секретарю Хиджфорду отослать полученные деньги в графство Шропшир, откуда их должны были переправить в Шотландию.
Хиджфорд попросил направлявшегося в Шропшир купца доставить туда небольшой мешок с серебряной монетой для передачи управляющему одного из имений герцога. Однако мешок оказался необычайно тяжелым. По дороге купец сломал печать в мешке. В нем оказалось большое количество золота и шифрованное письмо. Купец повернул обратно и передал мешок Берли. Хиджфорд был немедленно арестован, но утверждал, что не знает ключа к шифру. Однако испуганный слуга Норфолка тут же сообщил о существовании тайника в спальне герцога. Посланные Берли полицейские обнаружили в тайнике шифрованное письмо Марии Стюарт относительно планов Ридольфи. После этого Хиджфорд выдал ключ к шифру письма, обнаруженного в мешке с золотом.
Той же ночью Норфолк был арестован и отправлен в Тауэр. Он обещал рассказать обо всем, но вместо ответа комендант Тауэра принес перехваченное письмо герцога. В нем герцог давал указание сжечь его шифрованную переписку. После этого Берли уже мог действовать более уверенно. Один из секретарей Норфолка сразу же сознался и указал, где хранятся письма Марии Стюарт, у другого секретаря вынудили признание пыткой. Арестованных слуг герцога разместили в тюрьме Маршальси, где их заботливым другом оказался все тот же Томас Герли.